O torneo estivo composto por unha fase de liga regular e unha fase final. A liga regular constou de 22 xornadas. Na primeira volta cada equipo enfrontouse cos restantes 11, e na segunda volta repetiu os enfrontamente, recibindo como local ós equipos que visitou na primeira volta, e visitando ós equipos que recibiu como local na primeira volta. Ó remate da liga regular, os 6 primeiros equipos da táboa clasificatoria disputaron a fase final. A fase final constou de 5 encontros, 2 de cuartos de final, 2 de semifinais, e 1 da final. Nos cuartos de final enfrontáronse entre si os equipos clasificados entre a 3ª e a 6ª posición da táboa, mentres que os 2 primeiros equipos da táboa agardaban en semifinais polos seus rivais. A final dispútouse no estadio do equipo finalista mellor clasificado na liga regular.
O descenso de categoría foille imposto ó último equipo da táboa, mentres que o penúltimo equipo tivo a oportunidade de disputar unha eliminatoria fronte ó segundo clasificado da División de Honra B para acadar a permanencia.
Despois de 13 anos cunha liga de 10 equipos, a edición 2012-2013 volveu novamente a contar cun formato de 12 participantes. O vixente campión, VRAC, foi o encargado de defender o título acadado na anterior tempada. Non obstante, o equipo castelán non aceptou ser o representante español convidado na segunda competición europea, a European Challenge Cup, e foi o Gernika RT o único club que aceptou esa honra, de xeito que o conxunto vasco tivo que compaxinar nesa tempada as competicións domésticas de liga e copa coa competición continental. De seguido amósanse uns datos básicos sobre cada un dos 9 equipos que xa competiron na División de Honra na anterior tempada (entre parénteses, a posición acadada):
Os 3 equipos acabados de ascender eran o CRC Madrid (denominado dende esa tempada "Rugby Atlético de Madrid" tras acadar un acordo co club roxibranco), o CR Cisneros e o Hernani CRE. Estes 3 equipos viñan a cubrir a ausencia do descendido Club Alcobendas Rugby e a encher a 2 prazas novas coas que contaba nesa tempada a División de Honra. De seguido amósanse uns datos básicos sobre os 3 equipos ascendidos o ano anterior:
A liga regular comezou oficialmente o 16 de setembro de 2012, e rematou o 28 de abril de 2013 despois da disputa de 22 xornadas. Para entón xa se sabía calen eran os 6 primeiros equipos da táboa, que disputaron a fase final de eliminatorias polo título de liga. A seguinte táboa amosa a clasificación final da liga regular:
Foi a segunda tempada consecutiva na que o título de campión se decidiu nunha fase final de eliminatorias entre os 6 primeiros equipos da táboa clasificatoria. A final tivo lugar o 13 de maio de 2013 no campo do equipo VRAC por ser o finalista mellor situado ó remate da liga regular.
VRAC Quesos Entrepinares 
Santboiana SEAT
Bizkaia Gernika
Atlético de Madrid 
Ciencias Fundación Cajasol
Blu:Sens Universidade de Vigo
.svg){kind=small}
CR La Vila
