Xene-proteína |
---|
Identificadores |
---|
Indicacións de uso do modelo
Glicosa fosfato isomerase |
---|
|
Estruturas dispoñibles |
---|
PDB | Buscar ortólogos: PDBe, RCSB
|
---|
Identificadores |
---|
Nomenclatura |
Outros nomes
- Fosfohexosa isomerase, fosfohexomutase, oxoisomerase, hexosa fosfato isomerase, fosfosacaromutase, fosfoglicoisomerase, fosfohexoisomerase, fosfoglicosa isomerase, glicosa-fosfato isomerase, D-glicosa-6-fosfato cetol-isomerase, neuroleucina, antíxeno espermático-36
|
---|
Símbolos | GPI (HGNC: 4458) AMF; NLK; PGI; PHI; GNPI; SA-36 |
---|
Identificadores externos |
Bases de datos de encimas
|
---|
Número EC | 5.3.1.9.html 5.3.1.9 |
---|
Locus | Cr. 19 q13.1 |
---|
Taxon | Eukaryota (ID:2759) NCBI UniProt; Bacteria (ID:2) NCBI UniProt; Archaea (ID:2157) NCBI UniProt |
---|
|
---|
Padrón de expresión de ARNm |
---|
|
Máis información |
|
---|
Estrutura/Función proteica |
---|
Tamaño | 558 (aminoácidos) |
---|
Tipo de proteína | Isomerase |
---|
Datos encimáticos |
---|
Actividade catalítica | Isomerización de Glc-6P a Fru-6P |
---|
Datos biotecnolóxicos/médicos |
---|
Enfermidades | Anemia hemolítica por deficiencia de GPI |
---|
Información adicional |
---|
Ruta(s) | Glicólise, Gliconeoxénese, Ruta das pentosas fosfato, Metabolismo de amidón e sacarosa |
---|
Ortólogos |
---|
Especies | |
---|
Entrez | |
---|
Ensembl | |
---|
UniProt | |
---|
RefSeq (ARNm) | |
---|
RefSeq (proteína) NCBI | |
---|
Localización (UCSC) | |
---|
PubMed (Busca) | |
---|
{{Xene-proteína
|nome =
|nomes =
|imaxe =
|imaxe_tamaño =
|imaxe_pé =
|HGNCid =
|MGIid =
|símbolo =
|símbolos_alt =
<!-- Datos xenéticos -->
|Xene =
|Xene_tipo =
|Cromosoma =
|Brazo =
|Banda =
|LocusSupplementaryData =
<!-- Estrutura/función proteica -->
|Longo_proteína =
|Peso_molecular =
|Estrutura =
|Tipo =
|Funcións =
|Dominio =
|Motivo =
|Produtos_alt =
|Función =
|Compoñente =
|Proceso =
<!-- Info adicional -->
|Taxon =
|Célula =
|Localización =
|Modificación =
|Ruta =
|Interaccións =
|Prop_biofisicas =
<!-- Datos encimáticos -->
|Act_catalítica =
|Cofactores =
|Reg_encimática =
|Km =
|Vmax =
<!-- Datos do receptor/ligando -->
|Acción =
|Agonista =
|Antagonista =
<!-- Datos biotecnolóxicos/médicos -->
|Enfermidade =
|Fármaco =
|Biotecnoloxía =
<!-- Bases de datos -->
|Accesión =
|ECnumber =
|ATC_prefix =
|ATC_suffix =
|ATC_supplemental =
|CAS_number =
|CAS_supplemental =
|DrugBank =
|Homologene =
|IUPHAR =
|OMIM =
|GeneAtlas_image1 =
|GeneAtlas_image2 =
|GeneAtlas_image3 =
|PDB =
|Varios_PDB =
|NCBI =
|KEGG =
|Orthologs =
<!-- Ortoloxía -->
|Hs_EntrezGene =
|Hs_Ensembl =
|Hs_RefseqmRNA =
|Hs_RefseqProtein =
|Hs_GenLoc_db =
|Hs_GenLoc_chr =
|Hs_GenLoc_start =
|Hs_GenLoc_end =
|Hs_Uniprot =
|Mm_EntrezGene =
|Mm_Ensembl =
|Mm_RefseqmRNA =
|Mm_RefseqProtein =
|Mm_GenLoc_db = mm9
|Mm_GenLoc_chr =
|Mm_GenLoc_start =
|Mm_GenLoc_end =
|Mm_Uniprot =
<!-- Info relacionada -->
|Artigo =
|Publicación =
}}
- nome: Neste campo débese especificar o nome completo da proteína. O ideal é que proceda dalgunha autoridade en nomenclatura, como por exemplo a HGNC. Non esqueza que hai un campo específico para o símbolo máis adiante.
- nomes: outros nomes que adoita recibir a proteína.
- imaxe: Este campo especifica un dicheiro de imaxe que mostra unha vista bidimensional da estrutura tridimensional, tipicamente creado a partir dun ficheiro de PDB.
- fonte_imaxe: Se o campo anterior se especifica, entón opcionalmente debe utilizarse este parámetro para sinalar a orixe da imaxe, como por exemplo:
Fonte: [[Protein Data Bank]]
.
- imaxe_tamaño: elixe o tamaño da imaxe (hai un tamaño predeterminado).
- imaxe_pé: descrición da imaxe ou foto, que non é o mesmo que fonte_imaxe.
- HGNCid: o número dado á proteína en HUGO.
- MGIid: Este campo lista o identificador único dispoñible no sitio Mouse Genome Informatics.
- Símbolo: é o símbolo da proteína. Usualmente en maiúsculas.
- Símbolo_alt: símbolos alternativos que foron usados para fabar da proteína en cuestión.
- Xene: o xene oficial. No caso dos humanos é posible obtelo en [www.genenames.org HUGO].
- Xene_tipo: seguirse a clasificación obtida de Entrez para este parámetro [1]
- Xene codificante
- Pseudoxene
- ARNr
- ARNt
- ARNmisc
- ARNsc
- ARNsn
- ARNsno
- Outro
- Descoñecido
- Cromosoma: cromosoma no que se encontra o xene que codifica a proteína.
- Brazo: brazo do cromosoma en que se encontra o xene. Pode ser «p» ou «q».
- Banda: banda en que se encontra o xene.
- LocusSupplementaryData.
Estrutura/función proteíca
editar
- Longo_proteína: cantidade de aminoácidos que compoñen a proteína.
- Peso_molecular: peso molecular da proteína, en daltons.
- Estrutura: comentario sobre a súa estrutura, ou enlace a algunha base de datos de estruturas.
- Tipo: tipo de proteína.
- Funcións: función ou funcións da proteína.
- Dominio: dominios proteicos que presenta a proteína. Máis información en Dominio proteico.
- Motivos: motivos proteicos que existen na proteína. Máis información en en:Structural motif (en inglés).
- Produtos_alt: outros produtos que poidan ser xerados na transcrición do xene.
- Este campo ofrece un enlace a unha imaxe que mostra o dominio estrutural da proteína. (Opcional)
- Este campo lista as funcións moleculares, que son tipicamente extraídas de Ontoloxía Xénica. Esta entrada pode encherse utilizando unha lista cos modelos GNF_GO.
- Por exemplo, para anexar dentro do artigo TAS2R38 a Actividade transdutora de sinais como función molecular, entón debe redactarse o seguinte:
{{GNF_GO|id=GO:0004871 |text = Actividade transdutora de sinais}}
, o dará lugar ao seguinte: • Actividade transdutora de sinais
- Neste campo debe ir a función compoñente do xene, preferentemente extraídos desde Ontoloxía Xénica. Esta entrada pode ser cuberta utilizando unha lista coas modelos GNF_GO.
- Por exemplo, para anexar dentro do artigo TAS2R38 a Membrana como compoñente celular, entóns debe redactarse o seguinte:
{{GNF_GO|id=GO:0016020 |text = Membrana}}
, o que dará lugr ao seguinte: • Membrana
- Neste campo debe figurar a función proceso do xene, preferentemente extraído de Ontoloxía Xénica. Esta entrada pode completarse utilizando unha lista coas modelos GNF_GO.
- Por exemplo, para anexar dentro do artigo TAS2R38 a Resposta a estímulos como proceso biolóxico, entón debe redactarse o seguinte:
{{GNF_GO|id=GO:0050896 |text=Resposta a estímulos}}
, o que dará lugar ao seguinte: • Resposta a estímulos
- Taxon: especies, xéneros ou filos que expresan a proteína. Pode facerse uso do modelo {{AutotaxID}}, o modelo contén unha base de datos sobre algúns organismos modelo e categorías taxonómicos, e orixina enlaces ao artigo local de wikipedia sobre ese taxon e as bases de datos NCBI e UniProt con información sobre o mesmo.
- Por exemplo, para anexar ao artigo o taxon Homo sapiens, debe redactase o seguinte:
{{AutotaxID|Homo sapiens}}
, o que orixinará o seguinte: Homo sapiens (ID:9606) NCBI UniProt
- Do mesmo xeito, para anexar ao artigo o taxon Eukaryota, debe redactarse da seguinte maneira:
{{AutotaxID|Eukaryota}}
, o que orixinará o seguinte: Eukaryota (ID:2759) NCBI UniProt
Nota: Actualmente, Prokaryota non se considera que teña categoría taxonómica, considere en todo caso facer uso de Bacteria ou Archaea segundo o caso.
- Célula: células que expresan esta proteína.
- Localización: parte da célula en que se encontra a proteína.
- Modificación: as modificacións postraducionais que sofre a proteína.
- Prop_biofisicas: datos físico-químicos sobre a proteína e a súa función.
- Ruta: rutas metabólicas nas que a proteína participa.
- Interaccións: interaccións que ten esta proteína con outras proteínas, orgánulos, ligandos etc.
- Act_catalítica: reacción catalizada polo encima.
- Cofactores: se o encima necesita de cofactores, anotaros aquí.
- Reg_encimática: regulación encimática; explicar como se regula o encima.
- Km: a constante de Michaelis dunha proteína. Revisar Cinética de Michaelis-Menten.
- Vmax: a velocidade máxima dun encima, predita pola cinética de Michaelis-Menten.
Datos de receptor/ligando
editar
- Acción: descrición da acción do receptor.
- Agonista: os agonistas do receptor.
- Antagonista: os antagonistas do receptor.
Datos biotecnolóxicos/médicos
editar
- Enfermidade: enfermidades asociadas á proteína.
- Fármaco: fármaco relacionado coa proteína.
- Biotecnoloxía: usos biotecnolóxicos que posúa a proteína.
- Accesión: número de Entrez no NCBI, para buscar información sobre a proteína.
- ECnumber: número EC de clasificación de proteínas. Non se escribe EC; só se poñen os números.
- ATC_prefix.
- ATC_suffix.
- ATC_supplemental.
- CAS_number.
- CAS_supplemental.
- ChEMBL. Este campo mostra o identificador único na base de datos ChEMBL.
- DrugBank.
- EntrezGene: o número dado á proteína en EntrezGene.
- IUPHAR. Se nese parámetro se anexa yes, entón proporcionarase un enlace sobre esta proteína da entrada dispoñible na International Union of Basic and Clinical Pharmacology.
- OMIM: o código OMIM da proteína.
- PDB.
- Varios_PDB: se hai máis dun PDB dispoñible (usar
{{PDB2}}
).
- RefSeq.
- UniProt.
- NCBI.
- KEGG.
- Artigo: artigos de Wikipedia, relacionados coa proteína.
- Publicación: lista de publicacións recentes sobre a proteína.
{{Xene-proteína
| encima=si
| nome =
| nomes =
| imaxe =
| imaxe_tamaño =
| imaxe_pé =
| fonte_imaxe =
| EC_number =
| CAS_number =
| GO_code =
}}
- encima: S desexas utilizar o modelo para describir un encima, este campo é obrigatorio. Por exemplo, podes colocar
|encima = si
, que recoñecerá automaticamente algúns campos vinculados especificamente a encimas.
- nome: Nome aceptado da clase de encima. Recoméndse utilizar como fonte unha autoridade en Nomenclatura de Encimas como a International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) (véxase en IUBMB).
- nomes: outros nomes que doita recibir o encima.
- imaxe: Este campo especifica un ficheiro de imaxe que mostra unha vista do encima.
- fonte_imaxe: Se o campo anterior se especifica, entón opcionalmente debe utilizarse este parámetro para sinalar a orixe da imaxe, como por exemplo:
Fonte: [[Protein Data Bank]]
.
- imaxe_tamaño: elixe o tamaño da imaxe (hai un tamaño predeterminado).
- imaxe_pé: descrición da imaxe ou foto, que non é o mesmo que fonte_imaxe.
- EC_number: Número EC de clasificación de proteínas (tamén se recomenda obter en IUBMB).
- CAS_number: Número CAS, identificación numérica única para compostos químicos, polímeros, secuencias biolóxicas, preparados e aliaxes.
- GO_code: O código de Ontoloxía Xénica para unha reacción encimática pode obterse na páxina de GO.
Este recadro non aparecerá no artigo.