BRENDA

BRENDA (BRaunschweig ENzyme DAtabase) é unha base de datos que contén un sistema de información que é un dos repositorios máis completos de datos sobre encimas.

Introdución

BRENDA é unha fonte de información electrónica que comprende información molecular e bioquímica sobre encimas que foron clasificados pola IUBMB. Cada encima clasificado é caracterizado con respecto á reacción bioquímica que cataliza. Descríbense en detalle as propiedades cinéticas dos reactivos correspondentes, é dicir, substratos e produtos. BRENDA proporciona unha inteface de usuario baseada en páxina web que permite un acceso conveniente e sofisticado aos datos. BRENDA foi fundada en 1987 no anteriormente chamado Centro de Investigación Nacional de Biotecnoloxía alemán (agora chamado Centro Helmholtz para a Investigación de Infeccións) con sede en Braunschweig, e foi publicado inicialmente como unha serie de libros. Desde 1996 a 2007, BRENDA tivo a súa sede na Universidade de Colonia. Alí, BRENDA desenvolveuse nun sistema de información de encimas accesible ao público. En 2007, BRENDA volveu a Braunschweig. Actualmente, BRENDA é mantido e desenvolvido no Departmento de Bioinformática e Bioquímica da Universidade de Tecnoloxía de Braunschweig.

BRENDA contén datos específicos de encimas extraídos manualmente da literatura científica primaria e datos adicionais derivados de métodos de recuperación de información automática como o minado de textos.

Dúas veces ao ano realízase unha actualización principal dos datos de BRENDA. Ademais da actualización do seu contido, incorpóranse tamén á base de datos BRENDA melloras da interface de usuario.

Contidos e características

Base de datos

A base de datos contén máis de 40 campos de datos con información específica de encimas de máis de 4.800 números EC que son clasificados segundo o indicado pola IUBMB. Os difeentes campos de datos comprenden información sobre a nomenclatura de encimas, reacción e especificidade, estrutura de encimas, illamento e preparación, estabilidade de encimas, parámetros cinéticos como o valor K_M e o número de recambio, aparición e localización, mutantes e encimas de enxeñaría, aplicación de encimas e datos relacionados con ligandos. Actualmente, BRENDA contén datos anotados manualmente duns 130.000 artigos científicos distintos. Cada entrada de encima está claramente ligada a polo menos unha referencia na literatura, ao organismo do que procede, e, cando está dispoñible, á secuencia proteica do encima. Unha parte importante de BRENDA representa os máis de 107.000 ligandos de encimas, que están dispoñibles cos seus nomes, sinónimos ou por medio da súa estrutura química. O termo "ligando" úsase neste contexto para referirse a todos os compostos de baixo peso molecular que interaccionan cos encimas. Entre estes están non só os metabolitos do metabolismo primario, co-substratos ou cofactores senón tamén inhibidores de encimas ou ións metálicos. A orixe destas moléculas vai desde os que son antibióticos naturais aos que son compostos sintéticos que foron sintetizados para o desenvolvemento de fármacos ou pesticidas. Ademais, proporciónanse referencias cruzadas con fontes de información externas como bases de datos de secuencias e estruturas en 3D, e ontoloxías biomédicas.

Extensións

Desde 2006, os datos de BRENDA son suplementados con información extraída da literatura científica por medio dun método de coaparición baseado en minado de textos biomédicos. Para este propósito, introducíronse catro repositorios de minado de textos chamados FRENDA (Full Reference ENzyme DAta, Datos de Encimas de Referencias Completas), AMENDA (Automatic Mining of ENzyme DAta, Minado Automático de Datos de Encimas), DRENDA (Disease-Related ENzyme information DAtabase, Base de Datos de Información sobre Encimas Relacionada con Doenzas) e KENDA (Kinetic ENzyme DAta, Datos de Encimas Cinéticos). Estes resultados de minado de textos derívanse dos títulos e resumos de todos os artigos da base de datos de literatura científica PubMed.

Acceso aos datos

Hai varias ferramentas que serven para ter acceso aos datos contidos en BRENDA. Algunhas delas son as que se indican a continuación:

• Varias formas diferentes de consulta (por exemplo, procuras rápidas e avanzadas)
• Buscador da árbore de números EC da Comisión de Encimas
• Buscador da árbore de taxonomía
• Ontoloxías de diferentes dominios da Bioloxía (por exemplo, BRENDA tissue ontology ou ontoloxia de tecidos de BRENDA, Gene Ontology)
• Dicionario de sinónimos de nomes de substancias químicas
• Motor de busca de subestruturas químicas para estruturas de ligandos
• Interface SOAP.

Dispoñibilidade

O uso de BRENDA é gratuíto. Ademais, FRENDA e AMENDA son tamén gratuítos para usuarios sen ánimo de lucro. Polo contrario, os usuarios comerciais precisan dunha licenza para usar estas bases de datos a través de BIOBASE.

Outras bases de datos

BRENDA proporciona ligazóns a outras bases de datos cun diferente enfoque sobre a temática dos encimas, por exemplo, función metabólica ou estrutura dos encimas. Outras ligazóns levan a consultar información ontolóxica sobre os xenes correspondentes ao encima en cuestión. As ligazóns á literatura científica establécense mediante PubMed. BRENDA liga coas seguintes bases de datos e repositorios:

• BRENDA tissue ontology (ontoloxía de tecidos de BRENDA)
• ExPASy
• Bases de datos do NCBI (Proteínas, nucleótidos, estrutura, xenoma, OMIM, Dominios)
• IUBMB (nomenclatura de encimas)
• KEGG
• PDB (base de datos con información en 3D)
• PROSITE
• SCOP
• CATH
• InterPro
• ChEBI
• UniProt

Véxase tamén

Bibliografía

• Scheer M, Grote A, Chang A, Schomburg I, Munaretto C, Rother M, Söhngen C, Stelzer M, Thiele J, Schomburg D (2011). "BRENDA, the enzyme information system in 2011". Nucleic Acids Res 39 (Database issue): D670–76. PMC 3013686. PMID 21062828. doi:10.1093/nar/gkq1089. 
• Chang A, Scheer M, Grote A, Schomburg I, Schomburg D (2009). "BRENDA, AMENDA and FRENDA the enzyme information system: new content and tools in 2009". Nucleic Acids Res 37 (Database issue): D588–92. PMC 2686525. PMID 18984617. doi:10.1093/nar/gkn820. 
• Schomburg D, Schomburg I, Chang A (2006). Springer Handbook of Enzymes (2nd ed.). Heidelberg: Springer. 
• Schomburg I, Chang A, Ebeling C, Gremse M, Heldt C, Huhn G, Schomburg D (2004). "BRENDA, the enzyme database: updates and major new developments". Nucleic Acids Res 32 (Database issue): D431–433. PMC 308815. PMID 14681450. doi:10.1093/nar/gkh081. 
• Pharkya P, Nikolaev EV, Maranas CD (2003). "Review of the BRENDA Database". Metab Eng 5 (2): 71–73. PMID 12850129. doi:10.1016/S1096-7176(03)00008-9. 
• Schomburg I, Chang A, Hofmann O, Ebeling C, Ehrentreich F, Schomburg D (2002). "BRENDA: a resource for enzyme data and metabolic information]". Trends Biochem Sci 27 (1): 54–56. PMID 11796225. doi:10.1016/S0968-0004(01)02027-8. 
• Schomburg I, Chang A, Schomburg D (2002). "BRENDA, enzyme data and metabolic information". Nucleic Acids Res 30 (1): 47–49. PMC 99121. PMID 11752250. doi:10.1093/nar/30.1.47. 
• Schomburg I, Hofmann O, Bänsch C, Chang A, Schomburg D (2000). "Enzyme data and metabolic information: BRENDA, a resource for research in biology, biochemistry, and medicine". Gene Funct Dis 3 (4): 109–118. 

Ligazóns externas

• Páxina web oficial de BRENDA
• Nomenclatura de Encimas
• Biobase BRENDA - A Base de datos de Encimas Arquivado 23 de setembro de 2015 en Wayback Machine.