Transporter Classification Database
(Redirección desde «TCDB»)
A Transporter Classification Database ou TCDB (Base de Datos de Clasificación de Transportadores) é un sistema de clasificación aprobado pola International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) para as proteínas transportadoras de membrana incluíndo as canles iónicas.[1] Este sistema de clasificación foi deseñado para que fose análogo ao sistema do número EC para a clasificación de encimas, pero utiliza tamén información filoxenética.
Clasificación
editarVelaquí o nivel superior de clasificación e algúns exemplos de proteínas con estrutura tridimensional coñecida:
1.A Canles de tipo α
editar- 1.A.1 Superfamilia das Canles iónicas reguladas por voltaxe
- 1.A.2 Canle de K+ rectificadora entrante animal
- 1.A.3 Canle de Ca2+ receptora de Ryanodine-inositol-1,4,5-trisfosfato
- 1.A.4 Canle de Ca2+ de potencial receptor transitorio
- 1.A.5 Canle de catións de policistina
- 1.A.6 Canle de Na+ epitelial
- 1.A.7 Canle de catións regulada por ATP
- 1.A.8 Proteína intrínseca maior
- 1.A.9 Canle iónica regulado por ligando de receptores de neurotransmisores
- 1.A.10 Canle iónica regulada por glutamato de receptores de neurotransmisores
- 1.A.11 Canle de cloruro
- 1.A.12 Canle de cloruro organular
- 1.A.13 Canle de cloruro epitelial
- 1.A.14 Canle de catións non selectiva 1
- 1.A.15 Canle de catións non selectiva 2
- 1.A.16 Canle de Ca2+, selectiva de catións activada por estiramento de lévedos
- 1.A.17 Canle de solutos da membrana externa dos cloroplastos
- 1.A.18 Formador da canle de anións da membrana do cloroplasto
- 1.A.19 Canle da matriz 2 do virus da influenza
- 1.A.20 Canle de H+ do cyt b558 asociado á gp91phox fagocito NADPH-oxidase
- 1.A.21 Regulador da apoptose
- 1.A.22 Canle iónica mecanosensible de gran condutancia
- 1.A.23 Canle iónica mecanosensible de pequena condutancia
- 1.A.24 Conexina formadora de unións comunicantes
- 1.A.25 Innexina formadora de unións comunicantes
- 1.A.26 Plasmodesmos de plantas
- 1.A.27 Fosfolemman
- 1.A.28 Transportador de urea (canle)
- 1.A.29 Canle de urea/amida
- 1.A.30 Superfamilia do enerxizador do transporte MotAB motor flaxelar/ExbBD da membrana externa bacteriano translocador de H+- ou Na+
- 1.A.31 Anexina
- 1.A.32 Canle NB do virus da influenza Tipo B
- 1.A.33 Proteína de shock térmico 70 formadora de canles de catións
- 1.A.34 Canle E1 do virus Envelope
- 1.A.35 Transportador de ións metálicos (canle)
- 1.A.36 Canle de cloruro intracelular
1.C Toxinas formadoras de poros (proteínas e péptidos)
editar1.D Canles sintetizadas non ribosomalmente
editar1.F Poros de fusión de vesículas
editar1.G Poros de fusión viral
editar- 1.I.1 Familia do complexo do poro nuclear, incluíndo as carioferinas
- 1.I.2 Familia dos plasmodesmos de plantas
Non agrupados
editar- Similares a canles iónicas reguladas por voltaxe, incluíndo canles de potasio KcsA e KvAP, e cale iónica de potasio rectificadora entrante Kirbac[2]
- Canle mecanosensible de gran condutancia, MscL[3]
- Canle iónica mecanosensible de pequena condutancia (MscS)[4]
- Transportadores de ións metálicos CorA[5]
- Canle iónica regulada por ligando dos receptores de neurotransmisores (receptor de acetilcolina)[6]
- Acuaporinas[7]
- Canles de cloruros[8]
- Proteína auxiliar da membrana externa (transportador de polisacáridos)[9]
- Porinas a algunhas outras proteínas de barril beta das membranas externas
2. Transportadores impulsados por potencial electroquímico
editar2.A Portadores (uniportadores, simportadores, antiportadores)
editar2.B Portadores non sintetizados ribosomalmente
editar2.C Enerxizadores implsados por gradiente iónico
editarNon agrupados
editar- Proteína transportadora mitocondrial[10]
- Superfamilia do Facilitador Maior (transportador de glicerol 3-fosfato, lactosa permease, e transportador multidrogas EmrD)[11]
- Transportador AcrB Resistencia-nodulación-división celular (efluxo multidrogas, ver resistencia a multidrogas)[12]
- Simportador de dicarboxilato/aminoácido:catión (simportador de glutamato protón)[13]
- Antiportador catión monovalente/protón (antiportador sodio/protón 1 NhaA)[14]
- Simportador de sodio de neurotransmisor[15]
- Transportadores de amonio[16]
- Transportador de droga/metabolito (transportador de resistencia a multidrogas pequenas EmrE - as súas estructruras foron retractadas por ser erróneas)[17]
3.A. Transportadores impulsados pola hidrólise do enlace P-P
editar- ATPase de calcio de tipo P (cinco conformacións diferentes)[18]
- Reguladores da ATPase de calcio fosfolamban e sarcolipina[19]
- Transportadores ABC: BtuCD,[20] transportador multidrogas,[21] e transportador de captación do molibdato[22]
- Translocón da vía secretora (Sec) xeral (preproteína translocase SecY)[23]
3.B Transportadores impulsados por descarboxilación
editar3.C Transportadores impulsados por metiltransferencia
editar3.D. Transportadores impulsados por oxidorredución
editar- Proteínas similares ao citocromo b transmembrana:[24] coencima Q-citocromo c redutase (citocromo bc1); complexo do citocromo b6f; formato deshidroxenase, nitrato redutase respiratoria; succinato-coencima Q redutase (fumarato redutase); e succinato deshidroxenase. Ver cadea de transporte de electróns.
- Citocromo c oxidases[25] de bacterias e mitocondrias
3.E. Transportadores impulsados pola absorción de luz
editar- Proteínas similares á bacteriorrodopsina incluíndo a rodopsina (ver tamén opsina)[26]
- Centros de reacción fotosintéticos bacterianos e fotosistemas I e II[27]
- Complexos colleitadores de luz de bacterias e cloroplastos[28]
Transportadores impulsados por potencial electroquímico non agrupados
editar4. Translocadores de grupo
editar4.A Translocadores de grupo impulsados por fosfotransferencia
editar4.B Transportadores de captación de nicotinamida ribonucleósido
editar4.C Transportadores acoplados á acil CoA ligase
editar5. Transportadores (carriers) do transporte de electróns
editar5.A Transportadores de transferencia de 2 electróns transmembrana
editar5.B Transportadores de transferencia de 1 electrón transmembrana
editarNon agrupados
editar- Proteína B de formación de enlace disulfuro (DsbB)[30]
6. Non utilizados
editarReservado para unha futura ampliación.
7. Non usados
editarReservado para unha futura ampliación.
8. Factores accesorios implicados no transporte
editar8.A Proteínas de transporte auxiliares
editar8.B Proteína sintetizada ribosomalmente/toxinas peptídicas que teñen como diana canles e transportadores (carriers)
editar8.C Toxinas non sintetizadas ribosomalmente que teñen como diana canles e transportadores (carriers)
editar9. Sistemas de Transporte Caracterizados Incompletamente
editar9.A Transportadores recoñecidos de mecanismo bioquímico descoñecido
editar9.B Proteínas transportadoras supostas
editar9.C Transportadores caracterizados funcionalmente que carecen de secuencias identificadas
editarExemplos
editarNotas
editar- ↑ Saier MH, Yen MR, Noto K, Tamang DG, Elkan C (January 2009). "The Transporter Classification Database: recent advances". Nucleic Acids Res. 37 (Database issue): D274–8. PMC 2686586. PMID 19022853. doi:10.1093/nar/gkn862.
- ↑ http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=8
- ↑ http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=12
- ↑ http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=11
- ↑ http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=72
- ↑ http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=14
- ↑ http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=7
- ↑ http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=10
- ↑ http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=188
- ↑ http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=21
- ↑ http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=15
- ↑ http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=16
- ↑ http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=20
- ↑ http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=66
- ↑ http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=67
- ↑ http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=13
- ↑ http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=77
- ↑ http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=22
- ↑ http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=70
- ↑ http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=17
- ↑ http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=18
- ↑ http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=198
- ↑ http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=19
- ↑ http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=3
- ↑ http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=4
- ↑ http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=6
- ↑ http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=2
- ↑ http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=1
- ↑ http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=5
- ↑ http://opm.phar.umich.edu/protein.php?search=2hi7
Véxase tamén
editarLigazóns externas
editar- Transporter Classification Database
- List en qmul.ac.uk
- Saier MH, Tran CV, Barabote RD (January 2006). "TCDB: the Transporter Classification Database for membrane transport protein analyses and information". Nucleic Acids Res. 34 (Database issue): D181–6. PMC 1334385. PMID 16381841. doi:10.1093/nar/gkj001.
- Busch W, Saier MH (2002). "The transporter classification (TC) system, 2002". Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 37 (5): 287–337. PMID 12449427. doi:10.1080/10409230290771528.