Transporter Classification Database

(Redirixido desde "TCDB")

A Transporter Classification Database ou TCDB (Base de Datos de Clasificación de Transportadores) é un sistema de clasificación aprobado pola International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) para as proteínas transportadoras de membrana incluíndo as canles iónicas.[1] Este sistema de clasificación foi deseñado para que fose análogo ao sistema do número EC para a clasificación de encimas, pero utiliza tamén información filoxenética.

ClasificaciónEditar

Velaquí o nivel superior de clasificación e algúns exemplos de proteínas con estrutura tridimensional coñecida:

1. Canles/PorosEditar

1.A Canles de tipo αEditar

1.B Porinas de barril βEditar

1.C Toxinas formadoras de poros (proteínas e péptidos)Editar

1.D Canles sintetizadas non ribosomalmenteEditar

1.E HolinasEditar

1.F Poros de fusión de vesículasEditar

1.G Poros de fusión viralEditar

1.H Canles paracelularesEditar

1.I Canles unidas a membranasEditar

Non agrupadosEditar

2. Transportadores impulsados por potencial electroquímicoEditar

2.A Portadores (uniportadores, simportadores, antiportadores)Editar

2.B Portadores non sintetizados ribosomalmenteEditar

2.C Enerxizadores implsados por gradiente iónicoEditar

Non agrupadosEditar

  • Proteína transportadora mitocondrial[10]
  • Superfamilia do Facilitador Maior (transportador de glicerol 3-fosfato, Lactosa permease, e Transportador multidrogas EmrD)[11]
  • Transportador AcrB Resistencia-nodulación-división celular (efluxo multidrogas, ver resistencia a multidrogas)[12]
  • Simportador de dicarboxilato/aminoácido:catión (simportador de glutamato protón)[13]
  • Antiportador catión monovalente/protón (antiportador sodio/protón 1 NhaA)[14]
  • Simportador de sodio de neurotransmisor[15]
  • Transportadores de amonio[16]
  • Transportador de droga/metabolito (transportador de resistencia a multidrogas pequenas EmrE - as súas estructruras foron retractadas por ser erróneas)[17]

3. Transportadores activos primariosEditar

3.A. Transportadores impulsados pola hidrólise do enlace P-PEditar

3.B Transportadores impulsados por descarboxilaciónEditar

3.C Transportadores impulsados por metiltransferenciaEditar

3.D. Transportadores impulsados por oxidorreduciónEditar

3.E. Transportadores impulsados pola absorción de luzEditar

Transportadores impulsados por potencial electroquímico non agrupadosEditar

  • ATPases de tipos V e F que translocan sodio ou protóns[29]

4. Translocadores de grupoEditar

4.A Translocadores de grupo impulsados por fosfotransferenciaEditar

4.B Transportadores de captación de nicotinamida ribonucleósidoEditar

4.C Transportadores acoplados á acil CoA ligaseEditar

5. Transportadores (carriers) do transporte de electrónsEditar

5.A Transportadores de transferencia de 2 electróns transmembranaEditar

5.B Transportadores de transferencia de 1 electrón transmembranaEditar

Non agrupadosEditar

6. Non utilizadosEditar

Reservado para unha futura ampliación.

7. Non usadosEditar

Reservado para unha futura ampliación.

8. Factores accesorios implicados no transporteEditar

8.A Proteínas de transporte auxiliaresEditar

8.B Proteína sintetizada ribosomalmente/toxinas peptídicas que teñen como diana canles e transportadores (carriers)Editar

8.C Toxinas non sintetizadas ribosomalmente que teñen como diana canles e transportadores (carriers)Editar

9. Sistemas de Transporte Caracterizados IncompletamenteEditar

9.A Transportadores recoñecidos de mecanismo bioquímico descoñecidoEditar

9.B Proteínas transportadoras supostasEditar

9.C Transportadores caracterizados funcionalmente que carecen de secuencias identificadasEditar

ExemplosEditar

NotasEditar

  1. Saier MH, Yen MR, Noto K, Tamang DG, Elkan C (January 2009). "The Transporter Classification Database: recent advances". Nucleic Acids Res. 37 (Database issue): D274–8. PMC 2686586. PMID 19022853. doi:10.1093/nar/gkn862. 
  2. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=8
  3. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=12
  4. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=11
  5. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=72
  6. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=14
  7. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=7
  8. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=10
  9. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=188
  10. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=21
  11. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=15
  12. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=16
  13. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=20
  14. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=66
  15. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=67
  16. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=13
  17. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=77
  18. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=22
  19. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=70
  20. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=17
  21. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=18
  22. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=198
  23. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=19
  24. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=3
  25. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=4
  26. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=6
  27. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=2
  28. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=1
  29. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=5
  30. http://opm.phar.umich.edu/protein.php?search=2hi7

Véxase taménEditar

Ligazóns externasEditar