DD-transpeptidase

A DD-transpeptidase (EC 3.4.16.4, chamada DD-peptidase, DD-transpeptidase, DD-carboxipeptidase, D-alanil-D-alanina carboxipeptidase, peptidase que corta a D-alanil-D-alanina, D-alanina carboxipeptidase, D-alanil carboxipeptidase e serina-tipo D-Ala-D-Ala carboxipeptidase.[1]) é un encima bacteriano que intervén na biosíntese da parede celular bacteriana, concretamente, a transpeptidación que establece enlaces cruzados entre as cadeas laterais peptídicas das febras de peptidoglicano.[2] Cataliza a transferencia do resto R-L-αα-D-alanil procedente de doantes de R-L-αα-D-alanil-D-alanina carbonilo ao γ-OH da serina do seu sitio activo e desde esta a un aceptor final.[3]

Serina-tipo D-Ala-D-Ala carboxipeptidase
Estrutura da DD-transpeptidase de Streptomyces K15
Identificadores
Número EC 3.4.16.4
Número CAS 9077-67-2
Bases de datos
IntEnz vista de IntEnz
BRENDA entrada de BRENDA
ExPASy vista de NiceZyme
KEGG entrada de KEGG
MetaCyc vía metabólica
PRIAM perfil
Estruturas PDB RCSB PDB PDBe PDBj PDBsum

O antibiótico penicilina únese irreversiblemente inhibe a actividade deste encima transpeptidase formando un intermediario moi estable peniciloil-encima, polo que a bacteria non pode formar correctamente a parede.[4] Debido á interacción entre a penicilina e a transpeptidase, este encima tamén é unha proteína que se une á penicilina (PBP).

Mecanismo

editar

A DD-transpeptidase ten un mecanismo similar ao das reaccións proteolíticas das proteínααas da familia da tripsina.[5]

 
Mecanismo catalítico da DD-transpeptidase

Os enlaces cruzados dos restos peptidil da febras de glicano adxacentes créanse nunha reacción de dous pasos. O primeiro paso implica o corte do enlace D-alanil-D-alanina dunha unidade péptidica precursora que actúa como doante de carbonilos, a liberación da D-alanina carboxilo terminal e a formación do acil-encima. O segundo paso implica a rotura do intermediario acil-encima e a fomación dun novo enlace peptídico entre o carbonilo do resto D-alanil e o grupo amino doutra unidade peptídica.[6]

A maioría dos puntos discutidos do mecanismo da DD-peptidase scéntranse na catálise de transferencia de protóns. Durante a formación do intermediario acil-encima, debe extraerse un protón do grupo hidroxilo da serina do sitio activo e debe engadirse outro ao grupo saínte amino. Un movemento de protóns similar debe ser facilitado na desacilación. Aínda non se dilucidou a identidade da catálise xeral ácido-básica implicada nestas transferencias de protóns.[7] Porén, propuxéronse tamén a tríades catalíticas tirosina, lisina e serina, así como serina, lisina, serina.[7]

Estrutura

editar

As transpeptidases son membros da superfamilia da peniciloil-serina transferase, que ten unha sinatura co motivo SxxK conservado,[8] onde "x" denota un residuo de aminoácido variable. As transpeptidases desta superfamilia mostran unha tendencia a presentar á vez tres motivos: SxxK, SxN (ou análogo) e KTG (ou análogo). Estes motivos aparecen en sitios equivalentes, e están aproximadamente espazados á mesma distancia, ao longo da cadea polipeptídica. Na proteína pregada estes motivos quedan situados uns preto dos outros no centro catalítico entre un dominio todo α e un dominio α/β.[9][10]

A estrutura da transpeptidase de Streptomyces K15 foi moi estudada e consta dunha soa cadea polipetídica organizada en dous dominios. Un dominio contén principalmente hélices α e o segundo é de tipo α/β.[6] O centro do suco catalítico está ocupado pola tétrade Ser35-Thr36-Thr37-Lys38, que inclúe o residuo Ser35 nucleófilo no extremo amino-terminal da hélice α2. Un lado da cavidade defínese polo bucle Ser96-Gly97-Cys98 conectando as hélices α4 e α5. A tríade Lys213-Thr214-Gly215 sitúase na febra β3 do lado oposto da cavidade. O grupo NH do esqueleto da molécula do residuo Ser35 esencial e a Ser216 de augas abaixo do motivo Lys213-Thr214-Gly215 occupan posicións que son compatibles coa función oco oxianión necesaria para a catálise.[6]

O encima clasifícase como DD-transpeptidase porque o enlace peptídico susceptible do doante de carbonilos establécese entre dous átomos de carbono coa configuración D.[6]

Función biolóxica

editar

Todas as bacterais posúen polo menos unha e normalmente varias serina DD-peptidases monofuncionais.[3] Interveñen na formación da parede celular creando pontes peptídicas entre as febras de peptidoglicano.

Importancia en enfermidades

editar
 
A semellanza estrutural entre (A) D-Ala-D-Ala terminal do peptidoglicano terminal e (B) penicilinas. As transpeptidases recoñecen erradamente as penicilinas para a reacción catalítica TPase.

Ese encima é unha excelente diana para fármacos porque é esencial, é accesible desde o periplasma e non ten equivalente nas células de mamíferos. A DD-transpeptidase é a proteína diana dos antibióticos β-lactámicos (por exemplo, a penicilina). Isto débese a que a estrutura da β-lactama lembra moito ao residuo D-ala-D-ala.

As β-lactamas exercen os seus efectos incativando competitivamente o sitio catalítico da serina DD-transpeptidase. A penicilina é un análogo catalítico dos doantes de carbonilo terminados en D-Ala-D-Ala; por tanto, en presenza deste antibiótico, a reacción detense cando se orixina o peniciloil ligado por éster á serina do encima.[11] Así, os antibióticos β-lactámicos forzan que estes encimas se comporten como proteínas que se unen á penicilina.[12]

Cineticamente, a interacción entre a DD-peptidase e as beta-lactamas é unha reacción en tres pasos:

 [12]

As beta-lactamas poden formar un aduto E-I* de alta estabilidade coa DD-transpeptidase. A vida media deste aduto é dunhas horas, mentres que a vida media da reacción normal é da orde de milisegundos.[8]

A interferencia cos procesos do encima responsable da formación da parede celular ten como resultado a lise celular e a morte da bacteria debida ao desencadeamento do sistema autolítico da bacteria.[13]

  1. "E.C.3.4.16.4 Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase". Enzyme Structures Database. Arquivado dende o orixinal o 17 de maio de 2006. Consultado o 26 de febreiro de 2006. 
  2. Yocum RR, Waxman DJ, Rasmussen JR, Strominger JL (1979). "Mechanism of penicillin action: penicillin and substrate bind covalently to the same active site serine in two bacterial D-alanine carboxypeptidases". Proc Natl Acad Sci U S A 76 (6): 2730–4. Bibcode:1979PNAS...76.2730Y. PMC 383682. PMID 111240. doi:10.1073/pnas.76.6.2730. 
  3. 3,0 3,1 Grandchamps J, Nguyen-Distèche M, Damblon C, Frère JM, Ghuysen JM (1995). "Streptomyces K15 active-site serine DD-transpeptidase: specificity profile for peptide, thiol ester and ester carbonyl donors and pathways of the transfer reactions". Biochem J. 307 ( Pt 2) (2): 335–9. PMC 1136653. PMID 7733866. doi:10.1042/bj3070335. 
  4. Gordon E, Mouz N, Duée E, Dideberg O (xuño de 2000). "The crystal structure of the penicillin-binding protein 2x from Streptococcus pneumoniae and its acyl-enzyme form: implication in drug resistance". Journal of Molecular Biology 299 (2): 477–85. PMID 10860753. doi:10.1006/jmbi.2000.3740. 
  5. Goffin C, Ghuysen JM (decembro de 2002). "Biochemistry and comparative genomics of SxxK superfamily acyltransferases offer a clue to the mycobacterial paradox: presence of penicillin-susceptible target proteins versus lack of efficiency of penicillin as therapeutic agent". Microbiology and Molecular Biology Reviews 66 (4): 702–38, table of contents. PMC 134655. PMID 12456788. doi:10.1128/MMBR.66.4.702-738.2002. 
  6. 6,0 6,1 6,2 6,3 Fonzé E, Vermeire M, Nguyen-Distèche M, Brasseur R, Charlier P (xullo de 1999). "The crystal structure of a penicilloyl-serine transferase of intermediate penicillin sensitivity. The DD-transpeptidase of streptomyces K15". The Journal of Biological Chemistry 274 (31): 21853–60. PMID 10419503. doi:10.1074/jbc.274.31.21853. 
  7. 7,0 7,1 Pratt RF (xullo de 2008). "Substrate specificity of bacterial DD-peptidases (penicillin-binding proteins)". Cellular and Molecular Life Sciences 65 (14): 2138–55. PMID 18408890. doi:10.1007/s00018-008-7591-7. 
  8. 8,0 8,1 Walsh, Christopher; Wencewicz, Timothy (2016). Antibiotics: Challenges, Mechanisms, Opportunities (2ª ed.). American Society for Microbiology (Verlag). ISBN 978-1-55581-930-9. 
  9. Ghuysen JM (outubro de 1994). "Molecular structures of penicillin-binding proteins and beta-lactamases". Trends in Microbiology 2 (10): 372–80. PMID 7850204. doi:10.1016/0966-842X(94)90614-9. hdl:2268/96404. 
  10. Kelly JA, Kuzin AP, Charlier P, Fonzé E (abril de 1998). "X-ray studies of enzymes that interact with penicillins". Cellular and Molecular Life Sciences (Submitted manuscript) 54 (4): 353–8. PMID 9614972. doi:10.1007/s000180050163. hdl:2268/77968. 
  11. Nguyen-Distèche M, Leyh-Bouille M, Ghuysen JM (outubro de 1982). "Isolation of the membrane-bound 26 000-Mr penicillin-binding protein of Streptomyces strain K15 in the form of a penicillin-sensitive D-alanyl-D-alanine-cleaving transpeptidase". The Biochemical Journal 207 (1): 109–15. PMC 1153830. PMID 7181854. doi:10.1042/bj2070109. 
  12. 12,0 12,1 Ghuysen JM, Frère JM, Leyh-Bouille M, Nguyen-Distèche M, Coyette J, Dusart J, Joris B, Duez C, Dideberg O, Charlier P (1984). "Bacterial wall peptidoglycan, DD-peptidases and beta-lactam antibiotics". Scandinavian Journal of Infectious Diseases. Supplementum 42: 17–37. PMID 6597561. 
  13. Spratt BG (maio de 1983). "Penicillin-binding proteins and the future of beta-lactam antibiotics. The Seventh Fleming Lecture". Journal of General Microbiology 129 (5): 1247–60. PMID 6352855. doi:10.1099/00221287-129-5-1247. 

Véxase tamén

editar

Outros artigos

editar

Ligazóns externas

editar