MEROPS (base de datos)

Para outras páxinas con títulos homónimos véxase: Merops.

MEROPS é unha base de datos en liña para encimas peptidases (tamén chamadas proteases) e os seus inhibidores. O esquema de clasificación das peptidases publicárono Rawlings e Barrett en 1993, e o de inhibidores proteicos Rawlings et al. en 2004.

Características

A clasificación está baseada nas semellanzas nos niveis estruturais terciario e primario. As comparacións están restrinxidas a esa parte da secuencia implicada directamente na reacción, o cal no caso das peptidases debe incluír o centro activo, e para un inhibidor proteico o sitio reactivo. A clasificación é xerárquica: as secuencias ensámblanse en familias, e as familias ensámblanse en clans. Unha familia ensámblanse arredor dun exemplo tipo, que é a secuencia dunha peptidase ou inhibidor ben caracterizados. Todas as demais secuencias da familia deben estar relacionadas co exemplo tipo da familia, xa sexa directamente ou a través de relacións transitivas que implican unha ou máis secuencias xa consideradas membros da familia. Normalmente, úsanse FastA ou BlastP para establecer relacións entre as secuencias, cun valor esperado de 0,001 ou menor tomado para que sexa estatisticamente significativo. Un clan tamén se ensambla arredor dun exemplo tipo, que é a estrutura dunha peptidase ou inhibidor ben caracterizado. Unha familia inclúese nun clan se a estrutura terciaria dun membro da familia pode demostrarse que está relacionada coa do exemplo tipo do clan. Tipicamente, utilízase DALI para establecer a pertenza a un clan, cun valor z de 6.00 unidades de desviación típica ou máis consideradas que son estatisticamente significativas. Para as peptidases, outra evidencia para indicar que familias están relacionadas cando unha estrutura terciaria está ausente é se inclúen a mesma orde de residuos catalíticos nas secuencias.

Véxase tamén

Outros artigos

• PMAP
• TopFIND, unha base de datos científica sobre proteases, a especificidade do seu sitio de clivaxe, substratos, inhibidores e extremos terminais das proteínas xerados pola súa actividade

Ligazóns externas

• Base de datos MEROPS Arquivado 14 de novembro de 2006 en Wayback Machine.