Abrir o menú principal

Instituto Suízo de Bioinformática

SIB logo
O edificio Génopode da Universidade de Lausana alberga o Centro para a Xenómica Integrativa da Universidade de Lausana e a administración central do Instituto Suízo de Bioinformática.
O profesor Ron Appel, actual director do Instituto Suízo de Bioinformática.

O Instituto Suízo de Bioinformática, moi coñecido polas súas siglas en inglés SIB (de Swiss Institute of Bioinformatics) é unha fundación académica sen ánimo de lucro que federa as actividades bioinformáticas de Suíza, cuxos servizos son moi utilizados internacionalmente.

O instituto foi creado o 30 de marzo de 1998 e a súa misión é fornecer recursos bioinformáticos básicos á comunidade de investigadores das ciencias da vida nacional e internacional en campos como a xenómica, proteómica e bioloxía de sistemas e tamén liderar e coordinar o campo da bioinformática en Suíza. En concreto, promove a investigación, desenvolve bases de datos e tecnoloxías de computación, e está implicado en actividades de ensinanza e servizos.

HistoriaEditar

O Instituto foi creado orixinalmente para proporcionar un marco para o financiamento estable a longo prazo da base de datos Swiss-Prot e o nodo Swiss EMBnet. Isto debeuse a que Swiss-Prot sufriu unha importante crise de financiamento en 1996,[1] que fixo que os líderes dos cinco grupos de investigación activos en bioinformática en Xenebra e Lausana, Ron Appel, Amos Bairoch, Philipp Bucher, Victor Jongeneel Manuel Peitsch creasen o SIB.[2] Unha vez creado, o Instituto puido despois solicitar financiamento segundo as leis suízas que permiten que o goberno achegue ata un 50% dos gastos en infraestruturas de investigación e ensinanza vitais.[3]

O primeiro director do Instituto foi Victor Jongeneel, seguido de Ernest Feytmans entre 2001 e 2007. Desde o 1 de outubro de 2007, O Instituto está dirixido por Ron Appel, un dos seus membros fundadores.[4][5]

OrganizaciónEditar

O SIB é unha federación de grupos de investigación con bioinformáticos afiliados a institucións socias do SIB: as universidades de Basilea, Berna, Friburgo, Xenebra, Lausana, Lugano e Zürich, os Institutos Federais de Tecnoloxía en Lausana e Zürich, o Instituto Friedrich Miescher para a Investigación Biomédica, e a Escola de Xenebra de Administración de Empresas (HEG). Os grupos actuais de investigación do SIB están localizados en Basilea, Berna, Friburgo, Xenebra, Lausana, Lugano e Zürich.

O SIB federa 52 servizos de investigación e grupos de infraestruturas, que reúnen un total de 650 científicos en campos tan variados como a proteómica, transcritómica, xenómica, bioloxía de sistemas, bioinformática estrutural, bioinformática evolutiva, modelización, obtención de imaxes, biofísica, xenética de poboacións e bioinformática clínica. O SIB organiza unha xuntanza científica anual denominada [BC]2 Basel Computational Biology Conference.

Recursos bioinformáticos básicosEditar

O Instituto ofrece unha ampla variedade de recursos para a comunidade de investigadores de ciencias da vida, a maioría dos cales son accesibles por medio de ExPASy, o portal de recursos bioinformáticos do SIB. Entre estes recursos están:

Bases de datosEditar

O SIB desenvolve e mantén bases de datos de categoría internacional, como UniProtKB/Swiss-Prot (base de datos de secuencias de proteínas curada que ten un alto nivel de anotación), neXtProt (plataforma de coñecementos de proteínas centrada en humanos), o repositorio SWISS-MODEL (modelos de estrturas de proteínas tridimensionais), STRING (redes de interaccións de proteínas para bioloxía de sistemas), SwissRegulon (redes regulatorias da transcrición de todo o xenoma), Eukaryotic Promoter Database (EPD), SWISS-2DPAGE (base de datos de electroforese en xel bidimensional), WORLD-2DPAGE Repository (repositorio de xeles bidimensionais), mirz (atlas de expresión dos ARN pequenos), CLIPZ (bases de datos de sitios de unión de proteínas que se unen ao ARN), PROSITE (familias e dominios proteicos), MyHits (secuencias e motivos de proteínas), CleanEx (datos de expresión xénica), Bgee (base de datos para recuperar e comparar os patróns da exresión de xenes entre especies animais), OpenFlu (bases de datos de virus da influenza animais e humanos), ViralZone (portal para entradas de UniProtKB virais), GlycoSuiteDB (base de datos de glicanos), SugarBindDB (base de datos de unión a azucres de patóxenos ou Pathogen Sugar-Binding Database), OrthoDB (o catálogo xerárquico de ortólogos eucariotas), miROrtho (o catálogo de xenes animais de microARN), e ImmunoDB (xenes inmunorrelacionados de insectos e familias de xenes).

Ferramentas informáticasEditar

O SIB desenvolve e subministra programas informáticos para a comunidade de investigadores de ciencias da vida global, como SWISS-MODEL (modelización de homoloxías na estrutura das proteínas), SwissDock/EADock (atraque de ligandos), ISA (ferramenta de bi-agrupamento integrativo), PPA (modularización acoplada de varios conxuntos de datos), Melanie (plataforma de análise de xeles bidimensionais), MSight (software para imaxes LC-MS e análise para espectrometría de masas), OMA (matriz de ortoloxía), DeepView/Swiss-PdbViewer (visualizacion de proteínas, modelización e análise), e utilidades Newick (procesamento de árbores filoxenéticas de alto rendemento).

Servizos básicosEditar

O SIB xestiona varios servizos básicos bioinformáticos que proporcionan apoio estatístico e informático, e tamén servizos e consellos para os científicos das ciencias da vida, o que lles permite realizar os seus proxectos de investigación e analizar os datos resultantes. Hai servizos básicos para investigación en xenómica, transcritómica e proteómica. O SIB tamén mantén o centro de computación de alto rendemento Vital-IT, que proporciona recursos computacionais, apoio ao desenvolvemento e consulta para a comunidade de ciencias da vida suíza tanto académica coma industrial. A infraestrutur Vital-IT está distribuída en tres localizacións: Universidade de Lausana, EPFL e Universidade de Xenebra. Tamén se fornecen recursos de computación e expertos bioinformáticos na área de Basilea por medio de sciCORE [BC]2, o Centro de Bioloxía Computacional de Basilea.

Educación e adestramentoEditar

Unha das prioridades do SIB é promover e coordinar a educación en bioinformática. Os membros do SIB están, directa ou indirectamente, implicados en varios cursos de bioinformática en todos os niveis educativos, desde bacharelato a estudos universitarios e de posgrao, e no adestramento especializado de científicos do eido das ciencias da vida. O SIB promove tamén unha rede de adestramento de doutoramento en bioinformática, que está aberto a estudantes graduados en escolas suízas de educación superior. Os obxectivos desta rede son dous:

  1. Ofrecer aos estudantes graduados en bioinformática un conxunto de cursos avanzados que lles proporcionen os coñecementos teóricos e prácticos necesarios para traballar nun proxecto de investigación de doutoramento exitoso en bioinformática.
  2. Fomentar o desenvolvemento dunha rede de estudantes de doutoramento e promover o intercambio de ideas, e tamén a mobilidade dos estudantes entre as institucións participantes.

Ciencia popularEditar

O SIB está tamén implicado nun esforzo para traer a informática ao público leigo. Comprender a crecente importancia desta ciencia relativamente recente na sociedade de hoxe é algo fundamental. Nun futuro non moi distante, os pacientes recibirán resultados directamente xerados por métodos bioinformáticos. Desde o ano 2000, para aumentar o interese público, o SIB participou en numerosas feiras da ciencia, creou dúas revistas en liña,[6][7] e exposicións de portas abertas e, en 2012, unha exhibición virtual.[8]

NotasEditar

  1. SWISS-PROT funding crisis of 1996, on the website of the Swiss-Prot database. Last accessed 15 October 2007.
  2. Bairoch Amos (2000). "Serendipity in bioinformatics, the tribulations of a Swiss bioinformatician through exciting times!". Bioinformatics 16 (1): 48–64. PMID 10812477. doi:10.1093/bioinformatics/16.1.48. Arquivado dende o orixinal o 07 de abril de 2005. Consultado o 10 de outubro de 2015.  — a historical account by Bairoch.
  3. Bundesgesetz über die Forschung (FG) / Loi fédérale sur la recherche (LR) of 7 October 1983, SR/RS 420.1 (D·F·I), art. 16 (D·F·I), al. 3b,c.[1]
  4. Management Arquivado 10 de decembro de 2010 en Wayback Machine., on the web site of the institute.
  5. "Prof. Ron D. Appel is appointed as new Director of the Swiss Institute of Bioinformatics". Proteomics (en inglés) 7 (24): 4413–4413. 2007-12. doi:10.1002/pmic.200790099. 
  6. Protein Spotlight, on the ExPASy server.
  7. Prolune, on the ExPASy server.
  8. Chromosome Walk, the SIB virtual exhibition.

Véxase taménEditar