Verrucomicrobios

Verrucomicrobios
Clasificación científica
Dominio: Bacteria Filo: Verrucomicrobia
Clases, ordes, familias, xéneros
Candidatus Epixenosoma ejectans ♠ Lentimonas marisflavi ♠ Methylacidiphilales ♠    Methylacidiphilaceae ♠     Methylacidiphilum ♠ Hou et al. 2008 emend. Op den Camp et al. 2009 Spartobacteria    Chthoniobacterales     Chthoniobacteraceae      Chthoniobacter ♠ Sangwan et al. 2004      Candidatus Xiphinematobacter ♠ Vandekerckhove et al. 2000 Opitutae Choo et al. 2007    Opitutales Choo et al. 2007     Opitutaceae Choo et al. 2007      Opitutus Chin et al. 2001      Alterococcus Shieh and Jean 1999    Puniceicoccales Choo et al. 2007     Puniceicoccaceae Choo et al. 2007      Pelagicoccus Yoon et al. 2007      Puniceicoccus Choo et al. 2007      Coraliomargarita Yoon et al. 2007      Cerasicoccus Yoon et al. 2007 Verrucomicrobiae Hedlund et al. 1998 emend. Yoon et al. 2008    Verrucomicrobiales Ward-Rainey et al. 1996 emend. Yoon et al. 2008     Pedosphaeraceae ♠     Pedosphaera ♠ Ozyurt 2008     Rubritaleaceae      Rubritalea Scheuermayer et al. 2006     Verrucomicrobiaceae Ward-Rainey et al. 1996 emend. Takeda et al. 2008      Akkermansia Derrien et al. 2004      Fucophilus ♠ Sakai et al. 2001b      Haloferula Yoon et al. 2008 emend. Bibi et al. 2011      Persicirhabdus Yoon et al. 2008      Luteolibacter Yoon et al. 2008      Roseibacillus Yoon et al. 2008      Prosthecobacter (ex Staley et al. 1976) Staley et al. 1980 emend. Takeda et al. 2008      Verrucomicrobium Schlesner 1988

Os verrucomicrobios ou Verrucomicrobia (ou Verrucomicrobiota) son un filo de bacterias recentemente descrito. Este filo contén só unhas poucas especies descritas; un exemplo é Verrucomicrobium spinosum, un microbio cunha morfoloxía que lembra ás verrugas, a partir do cal o filum recibiu o seu nome (pero non son causantes da formación de verrugas). As especies identificadas foron illadas da auga doce, do solo e das feces humanas, e considéranse abundantes e importantes nos solos agrícolas e forestais. Identificáronse varias especies que aínda non se puideron cultivar asociadas con hóspedes eucariotas, como ectosimbiontes de protistas e endosimbiontes de nematodos, que viven nos seus gametos.

Presentan unha ou varias prolongacións (prostecas) con forma de apéndices verrugosos. A súa parede ten proteoglicano. Divídense simetricamente por fisión. Son aerobias facultativas que respiran ou fermentan azucres. A ultraestrutura celular é peculiar e case única entre os procariotas (só parecida á de Planctomycetes), xa que a célula está dividida por membranas en varios compartimentos: un compartimento grande chamado pirelulosoma alberga ao nucleoide condensado e aos ribosomas e está rodeado por unha membrana intracitoplasmática; o outro compartimento é o parifoplasma, libre de ribosomas e situado entre a membrana intracitoplasmática e a membrana plasmática.

Este filo considérase que ten dous filos irmáns: Chlamydiae e Lentisphaerae.

Cavalier-Smith postulou que os Verrucomicrobia pertencen ao clado Planctobacteria do gran clado Gracilicutes. Datos do ARNr 16S apoian esta idea.

Recentemente foi secuenciado o xenoma completo de Methylacidiphilum infernorum (2,3 Mbp). No seu único cromosoma circular, foron preditas 2473 proteínas, 731 das cales non teñen homólogos detectables. Estas análises tamén revelaron moitas posibles homoloxías coas Proteobacteria.

Filoxenia

Véxase tamén: Taxonomía bacteriana.

O cladograma mostra a taxonomía actualmente aceptada deste grupo baseado na LSPN (List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature) e a filoxenia está baseada nos datos do ARNr 16S da LTP 106 do Proxecto The All-Species Living Tree.

?Candidatus Epixenosoma ejectans ♠     ?Lentimonas marisflavi ♠ Choo & Cho 2006     ?Methylacidiphilum ♠   M. fumariolicum ♠ (Pol et al. 2007) Op den Camp et al. 2009     M. infernorum ♠ (Dunfield et al. 2007) Hou et al. 2008     M. kamchatkense ♠ Islam et al. 2008       Opitutae   Puniceicoccaceae   Puniceicoccus vermicola Choo et al. 2007       Coraliomargarita akajimensis Yoon et al. 2007     Cerasicoccus   C. arenae Yoon et al. 2007     C. frondis ♠ Yoon et al. 2010     C. maritimus ♠ Yoon et al. 2010           Opitutales   Pelagicoccus   P. croceus Yoon et al. 2007       P. mobilis Yoon et al. 2007       P. albus Yoon et al. 2007     P. litoralis Yoon et al. 2007           Opitutaceae   Opitutus terrae Chin et al. 2001     Alterococcus agarolyticus Shieh e Jean 1999             Chthoniobacteraceae   Chthoniobacter flavus ♠ Sangwan et al. 2004    Candidatus Xiphinematobacter ♠   Candidatus X. americani ♠ Vandekerckhove et al. 2000     Candidatus X. brevicolli ♠ Vandekerckhove et al. 2000     Candidatus X. rivesi ♠ Vandekerckhove et al. 2000         Verrucomicrobiales   ?Fucophilus fucoidanolyticus ♠ Sakai et al. 2001b     ?Pedosphaera parvula ♠ Ozyurt 2008     Verrucomicrobiaceae   Verrucomicrobium spinosum Schlesner 1988     Prosthecobacter     P. fluviatilis Takeda et al. 2008     P. vanneervenii Hedlund et al. 1998         P. dejongeii Hedlund et al. 1998       P. debontii Hedlund et al. 1998     P. fusiformis (ex Staley et al. 1976) Staley et al. 1980             Rubritaleaceae   Akkermansia muciniphila Derrien et al. 2004         Luteolibacter   L. algae Yoon et al. 2008     L. pohnpeiensis Yoon et al. 2008       Haloferula   ?H. luteola Bibi et al. 2011     H. sargassicola Yoon et al. 2008       H. helveola Yoon et al. 2008       H. phyci Yoon et al. 2008       H. harenae Yoon et al. 2008     H. rosea Yoon et al. 2008                 Roseibacillus   R. persicicus Yoon et al. 2008       R. ishigakijimensis Yoon et al. 2008     R. ponti Yoon et al. 2008           Persicirhabdus sediminis Yoon et al. 2008     Rubritalea   ?R. halochordaticola Yoon et al. 2011       R. sabuli Yoon et al. 2008     R. squalenifaciens Kasai et al. 2007         R. marina Scheuermayer et al. 2006       R. spongiae Yoon et al. 2007     R. tangerina Yoon et al. 2007

Notas:
♠ Cepas que se encontran no NCBI (National Center for Biotechnology Information) pero non na LSPN.