Etiqueta proteica
As etiquetas proteicas son secuencias peptídicas que se insiren xeneticamente nunha proteína recombinante, que poden ter tamaño de proteína ou de péptido. Estas etiquetas adoitan ser eliminables por axentes químicos ou por encimas, como por proteólise ou empalme de inteínas. As etiquetas únense a proteínas con varios propósitos.
As chamadas etiquetas de afinidade poden ser unidas a proteínas para que estas poidan purificarse dunha fonte biolóxica en cru usando unha técnica de afinidade. Entre estas están a proteína de unión á quitina (CBP), a proteína de unión á maltosa (MBP), o Strep-tag[1] e a glutatión-S-transferase (GST). Unha etiqueta proteica moi usada é a etiqueta de poli(His), que se une a matrices con ións metálicos.
As denominadas etiquetas de solubilización utilízanse especialmente para proteínas recombinantes expresadas en especies deficientes en chaperonas, como Escherichia coli, para axudar ao correcto pregamento das proteínas e evitar que precipiten. Entre estas están a tiorredoxina (TRX) e a poli(NANP). Algunhas etiquetas de afinidade teñen un papel dobre como axentes de solubilización, como a MBP e GST.
As coñecidas como etiquetas de cromatografía utilízanse para alterar as propiedades cromatográficas das proteínas para ofrecer diferentes resolucións nunha determinada técnica de separación. A miúdo constan de aminoácidos polianiónicos como no caso da FLAG-tag.
As chamadas etiquetas de epítopo son curtas secuencias peptídicas que se elixen porque os anticorpos de alta afinidade poden producirse fiablemente en moitas especies diferentes. Estes dierivan xeralmente de xenes virais, o que explica a súa alta inmunorreactividade. Entre as etiquetas de epítopos están V5-tag, Myc-tag, HA-tag, Spot-tag e NE-tag. Estas etiquetas son especialmente útiles en experimentos nos que se aplican as técnicas do western blot, inmunofluorescencia e inmunoprecipitación, aínda que tamén se usan para a purificación de anticorpos.
As etiquetas de fluorescencia utilízanse para poder facer unha lectura visual dunha proteína. A proteína fluorescente verde GFP e as súas variantes son as máis comunmente utilizadas como etiquetas de fluorescencia. Entre as aplicacións máis avanzadas da GFP está o seu uso como reporteiro de pregamento (hai fluorescencia se está pregado ou é incolora se non).
As etiquetas proteicas poden permitir a modificación encimática específica (como a biotinilación pola biotina ligase) ou a modificación quuímica (como a reacción con FlAsH-EDT2 para obter imaxes con fluorescencia). A miúdo combínanse as etiquetas para conectar as proteínas a outros múltiples compoñentes. Porén, coa adición de cada etiqueta hai un risco asociado de que a función nativa da proteína poida ser abolida ou comprometida pola interacción coa etiqueta. Por tanto, despois da purificación, as etiquetas son ás veces eliminadas por proteólise específica (por exemplo pola protease TEV, a trombina, o Factor Xa ou a enteropeptidase).
Lista de etiquetas proteicas editar
(Ver aminoácido proteinoxénico para os códigos dunha letra (A-Z) dos aminoácidos).
Etiquetas de péptidos editar
- AviTag, un péptido que permite a biotinilación polo encima BirA e así a proteína pode ser illada pola estreptavidina (GLNDIFEAQKIEWHE).
- Etiqueta de calmodulina, un péptido que se une á proteína calmodulina (KRRWKKNFIAVSAANRFKKISSSGAL).
- Etiqueta de poliglutamato, un péptido que se une eficientemente a unha resina de intercambio iónico como Mono-Q (EEEEEE).
- E-tag, un péptido recoñecido por un anticorpo (GAPVPYPDPLEPR).
- FLAG-tag, un péptido recoñecido por un anticorpo (DYKDDDDK).[2]
- HA-tag, un péptido da hemaglutinina recoñecido por un anticorpo (YPYDVPDYA).[3]
- His-tag, de 5 a 10 histidinas unidas a un quelato de níquel ou cobalto (HHHHHH).
- Myc-tag, un péptido derivado de c-myc recoñecido por un anticorpo (EQKLISEEDL).
- NE-tag, un novo péptido sintético de 18 aminoácidos (TKENPRSNQEESYDDNES) recoñecido por un anticorpo monoclonal IgG1, que é útil nunha ampla gama de aplicacións, como o western blot, ELISA, citometría de fluxo, inmunocitoquímica, inmmunoprecipitación e purificación de afinidade de proteínas recombinantes.[4]
- S-tag, un péptido derivado da ribonuclease A (KETAAAKFERQHMDS).
- SBP-tag, un péptido que se une á estreptavidina (MDEKTTGWRGGHVVEGLAGELEQLRARLEHHPQGQREP).[5][6]
- Softag 1, para a expresión en mamíferos (SLAELLNAGLGGS).
- Softag 3, para a expresión procariótica (TQDPSRVG).
- Spot-tag, un péptido recoñecido por un nanocorpo (PDRVRAVSHWSS) para a inmunoprecipitación, purificacion de afinidade, inmunofluorescencia e microscopia de super-resolución.
- Strep-tag, un péptido que se une á estreptavidina ou á estreptavidina modificada chamada estreptactina (Strep-tag II: WSHPQFEK).[1]
- TC tag, unha etiqueta de tetracisteína que é recoñecida por FlAsH e compostos biarsénicos ReAsH (CCPGCC).
- Ty tag (EVHTNQDPLD).
- V5 tag, un péptido recoñecido por un anticorpo (GKPIPNPLLGLDST).[7]
- VSV-tag, un péptido recoñecido por un anticorpo (YTDIEMNRLGK).
- Xpress tag (DLYDDDDK).
Etiquetas de péptidos covalentes editar
- Isopeptag, un péptido que se une covalentemente á proteína pilina pilina-C (TDKDMTITFTNKKDAE).[8]
- SpyTag, un péptido que se une covalentemente á proteína SpyCatcher (AHIVMVDAYKPTK).[9]
- SnoopTag, un péptido que se une covalentemente á proteína SnoopCatcher (KLGDIEFIKVNK).[10]
- SnoopTagJr, un péptido que se une covalentemente a DogTag, mediado pola SnoopLigase (KLGSIEFIKVNK).[11]
- DogTag, un péptido que se une covalentemente a SnoopTagJr, mediada por SnoopLigase (DIPATYEFTDGKHYITNEPIPPK).[11]
Etiquetas proteicas editar
- BCCP (proteína transportadora de carboxilos da biotina ou Biotin Carboxyl Carrier Protein), un dominio proteico biotinilado polo BirA que permite o recoñecemento pola estreptavidina.
- Etiqueta de glutatión-S-transferase, unha proteína que se une ao glutatión inmobilizado.
- Etiqueta de proteína fluorescente verde, unha proteína que é espontaneamente fluorescente e pode unirse a nanocorpos.
- HaloTag, unha haloalcano deshaloxenase bacteriana mutada, que se une covalentemente a substratos haloalcanos.
- SNAP-tag, unha ADN metiltransferase eucariota mutada, que se une covalentemente a derivados da bencilguanina.
- CLIP-tag, unha ADN metiltransferase eucariota mutada que se une covalentemente a derivados da bencilcitosina.
- Etiqueta de proteína de unión á maltosa, unha proteína que se une á agarosa amilosa.[12]
- Nus-tag.
- Etiqueta de tiorredoxina.
- Etiqueta Fc, derivada do dominio Fc de inmunoglobulina, que permite a dimerización e solubilización. Pode usarse para a purificación da Proteína-A Sefarosa.
- Etiquetas deseñadas intrinsicamente desordenadas que conteñen aminoácidos que promoven a desorde (P,E,S,T,A,Q,G,..).[13]
- Etiqueta de Dominio de recoñecemento de carbohidratos ou CRDSAT (Carbohydrate Recognition Domain-tag), unha proteína que se une á agarosa lactosa ou sefarosa.[14]
Aplicacións editar
Notas editar
- ↑ 1,0 1,1 Schmidt, Thomas G.M.; Koepke, Jürgen; Frank, Ronald; Skerra, Arne (1996). "Molecular Interaction Between the Strep-tag Affinity Peptide and its Cognate Target, Streptavidin". Journal of Molecular Biology 255 (5): 753–66. PMID 8636976. doi:10.1006/jmbi.1996.0061.
- ↑ Einhauer, A.; Jungbauer, A. (2001). "The FLAG™ peptide, a versatile fusion tag for the purification of recombinant proteins". Journal of Biochemical and Biophysical Methods 49 (1–3): 455–65. PMID 11694294. doi:10.1016/S0165-022X(01)00213-5.
- ↑ Prakriya, Murali; Feske, Stefan; Gwack, Yousang; Srikanth, Sonal; Rao, Anjana; Hogan, Patrick G. (2006). "Orai1 is an essential pore subunit of the CRAC channel". Nature 443 (7108): 230–3. Bibcode:2006Natur.443..230P. PMID 16921383. doi:10.1038/nature05122.
- ↑ Ho, Philip WL.; Tse, Zero HM.; Liu, HF.; Lu, S.; Ho, Jessica WM.; Kung, Michelle HW.; Ramsden, David B.; Ho, SL. (2013). "Assessment of cellular estrogenic activity based on estrogen receptor-mediated reduction of soluble-form catechol-O-methyltransferase (COMT) expression in an ELISA-based system.". PLoS ONE 8 (9): e74065. Bibcode:2013PLoSO...874065H. PMC 3765251. PMID 24040167. doi:10.1371/journal.pone.0074065.
- ↑ Keefe, Anthony D.; Wilson, David S.; Seelig, Burckhard; Szostak, Jack W. (2001). "One-Step Purification of Recombinant Proteins Using a Nanomolar-Affinity Streptavidin-Binding Peptide, the SBP-Tag". Protein Expression and Purification 23 (3): 440–6. PMID 11722181. doi:10.1006/prep.2001.1515.
- ↑ Gelerter, Bruce (June 11, 2014). "PEMF For Treatment Of Corneal Disorders And Injuries".Modelo:Self-published inline
- ↑ McNutt, Markey C.; Lagace, Thomas A.; Horton, Jay D. (2007). "Catalytic Activity is Not Required for Secreted PCSK9 to Reduce Low Density Lipoprotein Receptors in HepG2 Cells". Journal of Biological Chemistry 282 (29): 20799–803. PMID 17537735. doi:10.1074/jbc.C700095200.
- ↑ Zakeri, Bijan; Howarth, Mark (2010). "Spontaneous Intermolecular Amide Bond Formation between Side Chains for Irreversible Peptide Targeting". Journal of the American Chemical Society 132 (13): 4526–7. PMID 20235501. doi:10.1021/ja910795a.
- ↑ Zakeri, Bijan; Fierer, Jacob O.; Celik, Emrah; Chittock, Emily C.; Schwarz-Linek, Ulrich; Moy, Vincent T.; Howarth, Mark (2012). "Peptide tag forming a rapid covalent bond to a protein, through engineering a bacterial adhesin". Proceedings of the National Academy of Sciences 109 (12): E690–7. Bibcode:2012PNAS..109E.690Z. PMC 3311370. PMID 22366317. doi:10.1073/pnas.1115485109.
- ↑ Veggiani, Gianluca; Nakamura, Tomohiko; Brenner, Michael; Gayet, Raphael; Yan, Jun; Robinson, Carol; Howarth, Mark (2016). "Programmable polyproteams built using twin peptide superglues". Proceedings of the National Academy of Sciences 113 (5): 1202–7. Bibcode:2016PNAS..113.1202V. PMID 26787909. doi:10.1073/pnas.1519214113.
- ↑ 11,0 11,1 Buldun, Can M.; Jean, Jisoo X.; Bedford, Michael R.; Howarth, Mark (14 February 2018). "SnoopLigase Catalyzes Peptide–Peptide Locking and Enables Solid-Phase Conjugate Isolation". Journal of the American Chemical Society. doi:10.1021/jacs.7b13237.
- ↑ Bedouelle, Hugues; Duplay, Pascale (Feb 1988). "Production in Escherichia coli and one-step purification of bifunctional hybrid proteins which bind maltose. Export of the Klenow polymerase into the periplasmic space". Eur J Biochem 171 (3): 541–549. PMID 3278900. doi:10.1111/j.1432-1033.1988.tb13823.x.
- ↑ Minde, David P; Halff, Els F; Tans, Sander (2013). "Designing disorder: Tales of the unexpected tails". Intrinsically Disordered Proteins 1: 5–15. doi:10.4161/idp.26790.
- ↑ Kriznik, Alexandre; Yéléhé-Okouma, Mélissa; Lec, Jean-Christophe; Groshenry, Guillaume; Le Cordier, Hélène; Charron, Christophe; Quinternet, Marc; Mazon, Hortense; Talfournier, François; Boschi-Muller, Sandrine; Jouzeau, Jean-Yves; Reboul, Pascal (Oct 2018). "CRDSAT Generated by pCARGHO: A New Efficient Lectin-Based Affinity Tag Method for Safe, Simple, and Low-Cost Protein Purification.". Biotechnol J. PMID 30298550. doi:10.1002/biot.201800214.