EcoRI (lido "eco erre un") é un encima endonuclease illado de certas cepas da bacteria Escherichia coli, que forma parte do sistema de restrición-modificación bacteriano, que defende ás bacterias contra a presenza de ADN alleo vírico.

EcoRI
PDB 1qc9 EBI.jpg
Estrutura cristalográfica da endonuclease de restrición EcoRI en ausencia de ADN
Identificadores
SímboloEcoRI
PfamPF02963
InterProIPR004221
SCOPe1na6 / SUPFAM

O seu nome consta de Eco, que fai referencia á bacteria E. coli de onde procede, R, que fai referencia á cepa RY13 de onde se obtivo, e I, o número romano 1, xa que foi o primeiro encima de restrición obtido nesa cepa.

En bioloxía molecular o EcoRI utilízase como un encima de restrición moi útil en experimentación e biotecnoloxía. O encima crea extremos no ADN en que unha das cadeas en cada lado, no extremo 5', é algo máis longa e sobresae ou colga, que se denominan extremos pegañentos, cohesivos ou adherentes, xa que as partes que sobreaen son complementarias en bases. O encima sempre recoñece e corta na mesma secuencia de nucleótidos do ADN, que é GAATTC, a cal ten unha simetría rotacional, xa que a súa secuencia complementaria é CTTAAG.

EstruturaEditar

EcoRI contén o motivo PD..D/EXK no seu centro activo igual que moitos outros encimas de restrición.

 
Estrutura cristalina de EcoRI. Dímero unido ao ADN (PDB 1ckq).

O encima é un homodímero dunha subunidade de 31 kilodaltons que consta dun dominio globular de arquitectura α/β. Cada subunidade contén un bucle que sobresae do dominio globular e rodea o ADN cando se une a el.[1][2]

 
Sitio de recoñecemento de EcoRI co patrón de corte indicado pola liña verde.

EcoRI foi cocristalizado coa secuencia que normalmente corta. Estes cristais foron utilizados para resolver a estrutura do complexo PDB 1QPS. A estrutura cristalina resolta mostrou que as subunidades do homodímero interaccionan co ADN simetricamente.[1] No complexo, dúas hélices α de cada subunidade xúntanse para formar un paquete de catro hélices.[3] Nas hélices que interaccionan están os residuos Glu144 e Arg145, os cales interaccionan formando un anel que se cre que permite a comunicación entre os dous centros activos do encima.[4]

UsosEditar

Os encimas de restrición como EcoRI utilízanse nunha ampla variedade de técnicas de xenética molecular como a clonación de xenes, exame do ADN e deleción de seccións do ADN in vitro. Os encimas de restrición como EcoRI que xeran extremos cohesivos no ADN utilízanse a miúdo para cortar o ADN e despois volvelo a ligar cunha ADN ligase, xa que a complementariedade dos extremos cohesivos fan que a ligazón sexa máis eficiente. EcoRI pode mostrar tamén unha actividade de corte non específica de sitio, chamada actividade estrela (star activity), o cal depende das condicións nas que se realice a reacción. As condicións nas que se pode inducir a actividade estrela ao utilizar EcoRI son as baixas concentracións de sales, alta concentración de glicerol, cantidades excesivas de encima, alto pH (basicidade) e contaminación con certos solventes orgánicos.[5] Noutras condicións corta no seu sitio de recoñecemento normal GAATTC, orixinando os produtos da táboa.

Sitio de recoñecemento Resultado do corte
5'GAATTC
3'CTTAAG
5'---G     AATTC---3'
3'---CTTAA     G---5'

NotasEditar

  1. 1,0 1,1 Pingoud, A., Jeltsch, A. (2001). "Structure and function of type II restriction endonucleases". Nucl. Acids Res 29 (18): 3705–3727. PMC 55916. PMID 11557805. doi:10.1093/nar/29.18.3705. 
  2. Kurpiewski, M. R., Engler, L. E., Wozniak, L. A., Kobylanska, A., Koziolkiewicz, M., Stec, W. J, Jen-Jacobson, L (2004). "Mechanisms of coupling between DNA recognition and catalysis in EcoRI endonucleases". Structure 12: 1775–1788. PMID 15458627. doi:10.1016/j.str.2004.07.016. 
  3. Bitinaite, J., D. A. Wah, Aggarwal, A. K., Schildkraut, I. (1998). "FokI dimerization is required for DNA cleavage". Proc Natl Acad Sci U S A 95 (18): 10570–5. PMC 27935. PMID 9724744. doi:10.1073/pnas.95.18.10570. 
  4. Kim, Y. C., Grable, J. C., Love, R., Greene, P. J., Rosenberg, J. M. (1990). "Refinement of Eco RI endonuclease crystal structure: a revised protein chain tracing". Science 249 (4974): 1307–1309. PMID 2399465. doi:10.1126/science.2399465. 
  5. "Copia arquivada". Arquivado dende o orixinal o 15 de outubro de 2012. Consultado o 09 de febreiro de 2014. 

Véxase taménEditar

Outros artigosEditar

Ligazóns externasEditar