PDBsum
PDBsum é unha base de datos que proporciona unha visión xeral dos contidos de cada estrutura macromolecular tridimensional depositada no Protein Data Bank (PDB).[1][2][3][4] A versión orixinal da base de datos desenvolveuna polo ano 1995 Roman Laskowski e os seus colaboradores da University College de Londres.[5] En 2014, PDBsum era mantida por Laskowski e colaboradores no laboratorio de Janet Thornton no European Bioinformatics Institute (EBI).
Todas as estruturas da base de datos PDBsum inclúen unha imaxe da estrutura (vista principal, vista inferior e vista lateral dereita), compoñentes molecular contidos no complexo (estrutura), diagrama da reacción encimática se é apropiado, asignacións funcionais de Gene Ontology, unha secuencia 1D anotada por Pfam e asignacións de dominio de InterPro, descrición das moléculas unidas e gráficos que mostran as interaccións entre as proteínas e a estrutura secundaria, diagramas esquemáticos de interaccións proteína-proteína, análise das fendas contidas na estrutura e ligazóns a bases de datos externas.[6] Utilízanse os programas de gráficos moleculares RasMol e Jmol para proporcionar unha visión en 3D das moléculas e das súas interaccións en PDBsum.[5]
Desde o lanzamento do 1000 Genomes Project en outubro de 2012, todas variantes dun só aminoácido identificadas polo proxecto foron mapeadas nas secuencias de proteínas correspondentes no Protein Data Bank. Estas variantes tamén se mostran en PDBsum, con referencias cruzadas cos identificadores de UniProt relevantes.[6] PDBsum contén moitas estruturas de proteínas que poden ser de interese para o deseño de fármacos baseado na estrutura. Unha rama de PDBsum, chamada DrugPort, está enfocada nestes modelos e está ligada coa base de datos de dianas de fármacos DrugBank.[6][7]
Notas
editar- ↑ Laskowski RA, Hutchinson EG, Michie AD, Wallace AC, Jones ML, Thornton JM (Dec 1997). "PDBsum: a Web-based database of summaries and analyses of all PDB structures". Trends in Biochemical Sciences 22 (12): 488–90. PMID 9433130. doi:10.1016/S0968-0004(97)01140-7.
- ↑ Laskowski RA (Jan 2001). "PDBsum: summaries and analyses of PDB structures". Nucleic Acids Research 29 (1): 221–2. PMC 29784. PMID 11125097. doi:10.1093/nar/29.1.221.
- ↑ Laskowski RA, Chistyakov VV, Thornton JM (Jan 2005). "PDBsum more: new summaries and analyses of the known 3D structures of proteins and nucleic acids". Nucleic Acids Research 33 (Database issue): D266–8. PMC 539955. PMID 15608193. doi:10.1093/nar/gki001.
- ↑ Laskowski RA (Jan 2009). "PDBsum new things". Nucleic Acids Research 37 (Database issue): D355–9. PMC 2686501. PMID 18996896. doi:10.1093/nar/gkn860.
- ↑ 5,0 5,1 "PDBsum documentation: About PDBsum". European Molecular Biology Laboratory – The European Bioinformatics Institute. Consultado o 9 September 2014.
- ↑ 6,0 6,1 6,2 de Beer TA, Berka K, Thornton JM, Laskowski RA (Jan 2014). "PDBsum additions". Nucleic Acids Research 42 (Database issue): D292–6. PMC 3965036. PMID 24153109. doi:10.1093/nar/gkt940.
- ↑ Knox C, Law V, Jewison T, Liu P, Ly S, Frolkis A, Pon A, Banco K, Mak C, Neveu V, Djoumbou Y, Eisner R, Guo AC, Wishart DS (Jan 2011). "DrugBank 3.0: a comprehensive resource for 'omics' research on drugs". Nucleic Acids Research 39 (Database issue): D1035–41. PMC 3013709. PMID 21059682. doi:10.1093/nar/gkq1126.
Véxase tamén
editarOutros artigos
editarLigazóns externas
editar- Laskowski RA, Thornton JM. "PDBsum home page". European Bioinformatics Institute.