Southwestern blot

O southwestern blot é unha técnica de separación de proteínas baseada no Southern blot e descrita inicialmente por B. Bowen, J. Steinberg e colegas en 1980, A técnica serve para identificar e caracterizar proteínas que se unen ao ADN grazas á súa capacidade de unirse a sondas de oligonucleótidos específicas. As proteínas son separadas por electroforese en xel e son despois transferidas a membranas de nitrocelulosa similares ás doutros tipos de blotting.

O nome southwestern blot (ou southwestern blotting) débese a que esta técnica detecta proteínas que se unen ao ADN e que a detección de moléculas de ADN se fai co Southern blot, e a que a detección de proteínas se fai por western blot. Southern blot escríbese con maiúscula porque o seu nome débese ao apelido de Edwin Southern, que a creou.

Porén, desde que se fixeron os primeiros southwestern blottings, foron propostos moitas máis variantes e métodos. Os primeiros protocolos tiñan o problema da necesidade de usar grandes cantidades de proteínas e a da súa susceptibilidade á degradación mentres eran illadas.

O "mapado de southwestern blot" realízase para unha rápida caracterización de proteínas que se unen ao ADN e dos seus sitios específicos no ADN xenómico. As proteínas son separadas en xel de poliacrilamida (PAGE) que contén dodecil sulfato sódico (SDS), renaturalizadas ao retirar o SDS en presenza de urea, e transferidas á membrana de nitrocelulosa por difusión. As rexións de ADN xenómico de interese son dixeridas por encimas de restrición seleccionados para producir fragmentes de tamaños diferentes e apropiados, os cales son despois marcados nos extremos e déixase que se unan ás proteínas separadas. O ADN ao que se unen especificamente é eluído a partir de cada complexo proteína-ADN individual e analizado por electroforese en xel de poliacrilamida. Presentáronse probas de que con esta técnica se poden detectar proteínas que se unen ao ADN específicas de tecido. Ademais, a súa unión específica de secuencia permite a purificación dos fragmentos de ADN unidos selectivamente correspondentes e pode mellorar a clonación mediada por proteínas de secuencias reguladoras do ADN.