Sitio de restrición

Os sitios de restrición ou sitios de recoñecemento da restrición son zonas situadas nunha molécula de ADN que conteñen secuencias específicas de 4 a 8 pares de bases nucleotídicas de lonxitude^[1] que son recoñecidas polos encimas de restricións para realizar un corte na molécula. Trátase xeralmente de secuencias palindrómicas^[2] (porque os encimas de restrición adoitan unirse como homodímeros), e un determinado encima de restrición pode cortar a secuencia entre dous nucleótidos dentro do seu sitio de recoñecemento ou nalgún punto veciño.

Funcionamento editar

Por exemplo, o encima de restrición común EcoRI recoñece a secuencia palindrómica GAATTC e corta entre a G e a A de ambas as febras do ADN. Isto deixa un tramo colgante que sobresae (unha porción terminal dunha das febras do ADN non unida a bases complementarias) coñecida como extremo pegañento^[2] en cada extremo do AATT. Esta parte colgante pode utilizarse despois para ligar (ver ADN ligase) un tramo de ADN con outro tramo colgante complementario (outro tramo cortado por EcoRI, por exemplo).

Algúns encimas de restrición cortan o ADN nun sitio de restrición de maneira que non se deixan tramos colgantes, formando o que se chama un extremo romo.^[2] É moito menos probable que os extremos romos sexan ligados or unha ADN ligase porque o extremo romo non ten ese tramo colgante que o encima pode recoñecer e facelo coincidir cun tramo de bases complementarias.^[3] Porén, os extremos pegañentos do ADN é máis probable que se unan con éxito coa axuda cunha ADN ligase debido aos nucleótidos non apareados expostos da zona colgante.^[4]

Aplicacións editar

Os sitios de restrición poden utilizarse para múltiples aplicacións en bioloxía molecular, como a identificación de polimorfismos de lonxitude de fragmento de restrición (RFLPs).

Bases de datos editar

Hai varias bases de datos para sitios de restrición e encimas, das cales a base de datos non comercial máis grande é REBASE.^[5]^[6] Recentemente, viuse que nulómeros estatisticamente significativos (é dicir, motivos ausentes curtos que se espera con gran probabilidade que existan) presentes en xenomas de virus son sitios de restrición, o que indica que probablemente eses virus desfixéronse deses motivos para facilitar a invasión do hóspede bacteriano.^[7] A Nullomers Database contén un catálogo completo de motivos ausentes mínimos, moitos dos cales poderían ser motivos de restrición aínda non coñecidos.

Notas editar

↑ Russell, Peter J. (2006). iGenetics: A Mendelian Approach. Benjamin Cummings. ISBN 978-0805346664.
↑ ^2,0 ^2,1 ^2,2 Lehninger, Albert L.; Nelson, David L.; Cox, Michael M. (2008). Principles of Biochemistry (5th ed.). New York, NY: W.H. Freeman and Company. p. 305–306. ISBN 978-0-7167-7108-1.
↑ Mousavi-Khattat, Mohammad; Rafati, Adele; Gill, Pooria (5 de febreiro de 2015). "Fabrication of DNA nanotubes using origami-based nanostructures with sticky ends". Journal of Nanostructure in Chemistry 5 (2): 177–183. doi:10.1007/s40097-015-0148-z.
↑ Gao, Song; Zhang, Jiannan; Miao, Tianjin; Ma, Di; Su, Ying; An, Yingfeng; Zhang, Qingrui (28 de marzo de 2015). "A Simple and Convenient Sticky/Blunt-End Ligation Method for Fusion Gene Construction". Biochemical Genetics 53 (1–3): 42–48. PMID 25820211. doi:10.1007/s10528-015-9669-x.
↑ Roberts, Richard J.; Vincze, Tamas; Posfai, Janos; Macelis, Dana (2009-10-21). "REBASE—a database for DNA restriction and modification: enzymes, genes and genomes". Nucleic Acids Research (en inglés) 38 (suppl_1): D234–D236. ISSN 0305-1048. PMC 2808884. PMID 19846593. doi:10.1093/nar/gkp874.
↑ Roberts, Richard J.; Vincze, Tamas; Posfai, Janos; Macelis, Dana (2014-11-05). "REBASE—a database for DNA restriction and modification: enzymes, genes and genomes". Nucleic Acids Research (en inglés) 43 (D1): D298–D299. ISSN 1362-4962. PMC 4383893. PMID 25378308. doi:10.1093/nar/gku1046.
↑ Koulouras, Grigorios; Frith, Martin C (2021-04-06). "Significant non-existence of sequences in genomes and proteomes". Nucleic Acids Research 49 (6): 3139–3155. ISSN 0305-1048. PMC 8034619. PMID 33693858. doi:10.1093/nar/gkab139.

[1] Russell, Peter J. (2006). iGenetics: A Mendelian Approach. Benjamin Cummings. ISBN 978-0805346664.

[Lehninger-2] 2,0 ^2,1 ^2,2 Lehninger, Albert L.; Nelson, David L.; Cox, Michael M. (2008). Principles of Biochemistry (5th ed.). New York, NY: W.H. Freeman and Company. p. 305–306. ISBN 978-0-7167-7108-1.

[3] Mousavi-Khattat, Mohammad; Rafati, Adele; Gill, Pooria (5 de febreiro de 2015). "Fabrication of DNA nanotubes using origami-based nanostructures with sticky ends". Journal of Nanostructure in Chemistry 5 (2): 177–183. doi:10.1007/s40097-015-0148-z.

[4] Gao, Song; Zhang, Jiannan; Miao, Tianjin; Ma, Di; Su, Ying; An, Yingfeng; Zhang, Qingrui (28 de marzo de 2015). "A Simple and Convenient Sticky/Blunt-End Ligation Method for Fusion Gene Construction". Biochemical Genetics 53 (1–3): 42–48. PMID 25820211. doi:10.1007/s10528-015-9669-x.

[5] Roberts, Richard J.; Vincze, Tamas; Posfai, Janos; Macelis, Dana (2009-10-21). "REBASE—a database for DNA restriction and modification: enzymes, genes and genomes". Nucleic Acids Research (en inglés) 38 (suppl_1): D234–D236. ISSN 0305-1048. PMC 2808884. PMID 19846593. doi:10.1093/nar/gkp874.

[6] Roberts, Richard J.; Vincze, Tamas; Posfai, Janos; Macelis, Dana (2014-11-05). "REBASE—a database for DNA restriction and modification: enzymes, genes and genomes". Nucleic Acids Research (en inglés) 43 (D1): D298–D299. ISSN 1362-4962. PMC 4383893. PMID 25378308. doi:10.1093/nar/gku1046.

[7] Koulouras, Grigorios; Frith, Martin C (2021-04-06). "Significant non-existence of sequences in genomes and proteomes". Nucleic Acids Research 49 (6): 3139–3155. ISSN 0305-1048. PMC 8034619. PMID 33693858. doi:10.1093/nar/gkab139.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]