Nado na cidade [[Austria|austríaca]] de [[Linz]], Kovačić comezou a xogar nas categorías inferiores do [[LASK Linz]] antes de asinar polo [[GNK Dinamo Zagreb]], onde comezou a adestrar co primeiro equipo en outubro de 2010.<ref name="vahid">{{citeCita newsnovas |url=http://sportske.jutarnji.hr/mateo-kovacic-od-danas-trenira-sa-seniorima-dinama--plasi-me-nadimak-hrvatski-messi/892846/ |title=Mateo Kovačić od danas trenira sa seniorima Dinama: Plaši me nadimak Hrvatski Messi |date=6 de outubro de 2010 |newspaper=Sportske novosti |accessdate=20 de novembro de 2010}}</ref> Debutou coma profesional contra o [[NK Hrvatski Dragovoljac|Hrvatski Dragovoljac]] o 20 de novembro de 2010.<ref name="debut">{{citeCita newsnovas |url=http://www.hrsport.net/vijesti/407740/nogomet-1-hnl/i-kovacic-strijelac-u-dinamovoj-sestici |title=I Kovačić strijelac u Dinamovoj šestici |last=Rupnik |first=Borna |date=20 de novembro de 2010 |publisher=Sportnet |accessdate=20 de novembro de 2010}}</ref>
O [[31 de xaneiro]] de [[2013]], Kovačić fichou polo [[Inter de Milán]] a cambio de 15 millóns de [[Euro|euroseuro]]s.<ref name="Maglia 10">{{citeCita newsnovas |title=Inter, Kovacic da 10, Maglia e calcio senza paura |url=http://www.gazzetta.it/Calcio/Squadre/Inter/02-02-2013/inter-kovacic-10-video-maglia-calcio-senza-paura-914107775713.shtml |first=Luca |last=Taidelli |newspaper=La Gazzetta dello Sport |date=2 de febreiro de 2013 |accessdate=29 de agosto de 2014}}</ref> Fixo o seu debut co equipo italiano tres días máis tarde contra o [[SS Robur Siena|Siena]], nun partido da [[Serie A]].<ref>{{citeCita newsnovas |title=Siena-Inter 3–1, Stramaccioni affonda sotto i gol di Sestu e Emeghara |url=http://www.gazzetta.it/Calcio/Squadre/Siena/03-02-2013/siena-inter-3-1-male-nerazzurri-sestu-emeghara-dominano--914124870634.shtml |first=Valerio |last=Clari |newspaper=La Gazzetta dello Sport |date=3 de febreiro de 2013 |accessdate=8 de abril de 2013}}</ref>
O [[18 de agosto]] de [[2013]], anunciouse a fichaxe de Kovačić por seis tempadas polo [[Real Madrid CF]] da [[Primeira División Española]], tras pagar o equipo branco preto de 30 millóns de euros.<ref>[https://www.marca.com/2015/08/18/futbol/equipos/real_madrid/1439905397.html Kovacic ya es nuevo jugador blanco]</ref>
O [[8 de agosto]] de [[2018]], Kovačić foi cedido unha tempada ó [[Chelsea FC]] da [[Premier League]] inglesa.<ref>{{citeCita web|url=https://www.chelseafc.com/en/news/2018/8/8/courtois-and-kovacic-deals-agreed|title=Courtois and Kovacic deals agreed|date=8 de agosto de 2018|work=chelseafc.com}}</ref> O [[1 de xullo]] de [[2019]], Kovačić asinou co Chelsea un contrato por 5 anos.<ref>{{citeCita web|url=https://www.chelseafc.com/en/news/2019/07/01/mateo-kovacic-joins-chelsea-on-a-permanent-deal|title=Mateo Kovacic joins Chelsea on a permanent deal|date=1 de xullo de 2019|work=chelseafc.com}}</ref>
