PDBsum: Diferenzas entre revisións

'''PDBsum''' é unha [[base de datos]] que proporciona unha visión xeral dos contidos de cada estrutura [[macromolécula|macromolecular]] tridimensional depositada no [[Protein Data Bank]] (PDB).<ref name="pmid9433130">{{citeCita journalpublicación periódica | vauthors = Laskowski RA, Hutchinson EG, Michie AD, Wallace AC, Jones ML, Thornton JM | title = PDBsum: a Web-based database of summaries and analyses of all PDB structures | journal = Trends in Biochemical Sciences | volume = 22 | issue = 12 | pages = 488–90 | date = Dec 1997 | pmid = 9433130 | doi = 10.1016/S0968-0004(97)01140-7 }}</ref><ref name="pmid11125097">{{citeCita journalpublicación periódica | vauthors = Laskowski RA | title = PDBsum: summaries and analyses of PDB structures | journal = Nucleic Acids Research | volume = 29 | issue = 1 | pages = 221–2 | date = Jan 2001 | pmid = 11125097 | pmc = 29784 | doi = 10.1093/nar/29.1.221 }}</ref><ref name="pmid15608193">{{citeCita journalpublicación periódica | vauthors = Laskowski RA, Chistyakov VV, Thornton JM | title = PDBsum more: new summaries and analyses of the known 3D structures of proteins and nucleic acids | journal = Nucleic Acids Research | volume = 33 | issue = Database issue | pages = D266-8 | date = Jan 2005 | pmid = 15608193 | pmc = 539955 | doi = 10.1093/nar/gki001 }}</ref><ref name="pmid18996896">{{citeCita journalpublicación periódica | vauthors = Laskowski RA | title = PDBsum new things | journal = Nucleic Acids Research | volume = 37 | issue = Database issue | pages = D355-9 | date = Jan 2009 | pmid = 18996896 | pmc = 2686501 | doi = 10.1093/nar/gkn860 }}</ref> A versión orixinal da base de datos desenvolveuna polo ano 1995 Roman Laskowski e os seus colaboradores da [[University College London]].<ref name=about-pdbsum>{{citeCita web | title = PDBsum documentation: About PDBsum | url = https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgi-bin/pdbsum/GetPage.pl?pdbcode=n/a&template=doc_about.html | publisher = European Molecular Biology Laboratory – The European Bioinformatics Institute | accessdate = 9 September 2014}}</ref> En 2014, PDBsum era mantida por Laskowski e colaboradores no laboratorio de [[Janet Thornton]] no [[European Bioinformatics Institute]] (EBI).

Todas as estruturas da base de datos PDBsum inclúen unha imaxe da estrutura (vista principal, vista inferior e vista lateral dereita), compoñentes molecular contidos no complexo (estrutura), diagrama da reacción encimática se é apropiado, asignacións funcionais de [[Gene Ontology]], unha secuencia 1D anotada por [[Pfam]] e asignacións de dominio de [[InterPro]], descrición das moléculas unidas e gráficos que mostran as interaccións entre as proteínas e a estrutura secundaria, diagramas esquemáticos de [[interaccións proteína-proteína]], análise das fendas contidas na estrutura e ligazóns a bases de datos externas.<ref name="pmid24153109">{{citeCita journalpublicación periódica | vauthors = de Beer TA, Berka K, Thornton JM, Laskowski RA | title = PDBsum additions | journal = Nucleic Acids Research | volume = 42 | issue = Database issue | pages = D292-6 | date = Jan 2014 | pmid = 24153109 | pmc = 3965036 | doi = 10.1093/nar/gkt940 }}</ref> Utilízanse os programas de gráficos moleculares [[RasMol]] e [[Jmol]] para proporcionar unha visión en 3D das moléculas e das súas interaccións en PDBsum.<ref name=about-pdbsum />

Desde o lanzamento do [[1000 Genomes Project]] en outubro de 2012, todas variantes dun só aminoácido identificadas polo proxecto foron mapeadas nas secuencias de proteínas correspondentes no Protein Data Bank. Estas variantes tamén se mostran en PDBsum, con referencias cruzadas cos identificadores de [[UniProt]] relevantes.<ref name="pmid24153109" /> PDBsum contén moitas estruturas de proteínas que poden ser de interese para o [[deseño de fármacos|deseño de fármacos baseado na estrutura]]. Unha rama de PDBsum, chamada DrugPort, está enfocada nestes modelos e está ligada coa base de datos de dianas de fármacos [[DrugBank]].<ref name="pmid24153109" /><ref name=drugbank>{{citeCita journalpublicación periódica | vauthors = Knox C, Law V, Jewison T, Liu P, Ly S, Frolkis A, Pon A, Banco K, Mak C, Neveu V, Djoumbou Y, Eisner R, Guo AC, Wishart DS | title = DrugBank 3.0: a comprehensive resource for 'omics' research on drugs | journal = Nucleic Acids Research | volume = 39 | issue = Database issue | pages = D1035-41 | date = Jan 2011 | pmid = 21059682 | pmc = 3013709 | doi = 10.1093/nar/gkq1126 }}</ref>

* {{citeCita web | url = http://www.ebi.ac.uk/pdbsum/ | title = PDBsum home page | author = Laskowski RA, Thornton JM | publisher = [[European Bioinformatics Institute]] }}