Hibridación ADN-ADN: Diferenzas entre revisións

Cando se compara o ADN de varias especies desta maneira, os valores de similaridade xenética obtidos permiten situar as especies nunha [[árbore filoxenética]], o que é unha posible estratexia para realizar unha [[sistemática molecular]]. [[Charles Sibley]] e [[Jon Ahlquist]] foron os pioneiros desta técnica, e utilizaron a hibridación ADN–ADN para examinar as relacións filoxenéticas das [[aves]] ([[taxonomía das aves de Sibley–Ahlquist]]) e [[primates]].<ref>[http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/_0/history_26 Genetic Similarities: Wilson, Sarich, Sibley, and Ahlquist]</ref><ref>{{citeCita journalpublicación periódica| title=The Phylogeny of the Hominoid Primates, as Indicated by DNA–DNA Hybridization| author=C.G. Sibley and J.E. Ahlquist| journal=Journal of Molecular Evolution| volume=20| pages=2–15| year=1984| doi=10.1007/BF02101980| pmid=6429338| issue=1}}</ref>

A hibridación ADN–ADN é un método para distinguir especies bacterianas, no cal un valor de similaridade menor do 70% indica que as cepas comparadas pertencen a distintas especies.<ref name="Brenner1979">{{citeCita journalpublicación periódica|authors = Brenner DJ|title=Deoxyribonucleic acid reassociation in the taxonomy of enteric bacteria|journal=International Journal of Systematic Bacteriology|volume=23|pages=298–307|year=1973}}</ref><ref name="Wayne1987">{{citeCita journalpublicación periódica|doi = 10.1099/00207713-23-4-298 | url = http://ijs.sgmjournals.org/content/23/4/298 | authors = Wayne LG, Brenner DJ, Colwell RR, Grimont PD, Kandler O, Krichevsky MI, Moore LH, Moore WEC, Murray RGE, Stackebrandt E, Starr MP, Trüper HG|year = 1987|title = Report of the ad hoc committee on reconciliation of approaches to bacterial systematics|journal = International Journal of Systematic Bacteriology|volume = 37|pages = 463–464| doi =10.1099/00207713-37-4-463 | url = http://ijs.sgmjournals.org/content/37/4/463}}</ref><ref name="Tindall2010">{{citeCita journalpublicación periódica|authors=Tindall BJ, Rossello-Mora R, Busse H.-J, Ludwig W, Kampfer P|title = Notes on the characterization of prokaryote strains for taxonomic purposes|journal = International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology|volume = 60|pages = 249–266|doi = 10.1099/ijs.0.016949-0 | url = http://ijs.sgmjournals.org/content/60/1/249}}</ref>

En 2014, suxeriuse usar un limiar de similaridade do 79% para separar subespecies bacterianas.<ref name="doi:10.1186/1944-3277-9-2">{{citeCita journalpublicación periódica|authors = Meier-Kolthoff JP, Hahnke RL, Petersen JP, Scheuner CS, Michael VM, Fiebig AF, Rohde CR, Rohde MR, Fartmann BF, Goodwin LA, Chertkov OC, Reddy TR, Pati AP, Ivanova NN, Markowitz VM, Kyrpides NC, Woyke TW, Klenk HP, Göker M|title=Complete genome sequence of DSM 30083^T, the type strain (U5/41^T) of ''Escherichia coli'', and a proposal for delineating subspecies in microbial taxonomy|journal=Standards in Genomic Sciences|volume=9|pages=2|year=2013|doi=10.1186/1944-3277-9-2|url=http://www.standardsingenomics.com/content/9/1/2}}</ref>

Os críticos deste método consideran que esta técnica é inadecuada para a comparación de especies estreitamente emparentadas, xa que calquera intento de medir as diferenzas entre secuencias [[ortólogo|ortólogas]] entre organismos queda impedida pola abrumadora hibridación de secuencias [[parálogo|parálogas]] no [[xenoma]] dun organismo.<ref>[http://personal.uncc.edu/jmarks/DNAHYB/Dnahyb2.html DNA hybridization in the apes – Technical issues]</ref> A [[secuenciación de ADN]] e a posterior comparación computacional das secuencias é agora o método xeralmente usado para determinar a distancia xenética entre especies, aínda que a técnica clásica aínda se usa en microbioloxía para axudar a identificar bacterias.<ref>{{citeCita journalpublicación periódica| title=Use of checkerboard DNA–DNA hybridization to study complex microbial ecosystems| author=S.S. Socransky, A.D. Haffajee, C. Smith, L. Martin, J.A. Haffajee, N.G. Uzel, J. M. Goodson| journal=Oral Microbiology and Immunology| year=2004| volume=19| issue=6| pages=352–362| doi=10.1111/j.1399-302x.2004.00168.x| pmid=15491460}}</ref>

A estratexia moderna é levar a cabo a hidridación ADN–ADN ''in silico'' (no computador) usando [[secuenciación de xenomas completos|xenomas secuenciados]] total ou parcialmente.<ref name="doi10.1186/1471-2105-14-60">{{citeCita journalpublicación periódica|authors = Meier-Kolthoff JP, Auch AF, Klenk HP, Goeker M|title=Genome sequence-based species delimitation with confidence intervals and improved distance functions|journal=BMC Bioinformatics|volume=14|pages=60|year=2013|doi=10.1186/1471-2105-14-60|url=http://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-14-60}}</ref> A ferramenta [http://ggdc.dsmz.de GGDC] desenvolvida por [[DSMZ]] é a ferramenta máis precisa coñecida para calcular valores análogos DDH.<ref name="doi10.1186/1471-2105-14-60" /> Entre outras melloras algorítmicas, resolve o problema das secuencias parálogas ao filtralas coidadosamente das coincidencias entre as dúas secuencias xenómicas.

* Graur, D. & Li, W-H. 1991 (2nd ed. 1999). ''Fundamentals of Molecular Evolution.''

* [[Fusión do ADN]]

* [[Electroforese en xel en gradiente de temperatura]]

* [[Termodinámica dos ácidos nucleicos]]