Os nucleáriidos son xeralmente pequenos, de ata 50 μm de tamaño.
Os Nucleariida clasifícanse como [[opistoconto]]s,<ref name="pmid19157810">{{citeCita journalpublicación periódica |author=Yoshida M, Nakayama T, Inouye I |title=Nuclearia thermophila sp. nov. (Nucleariidae), a new nucleariid species isolated from Yunoko Lake in Nikko (Japan) |journal=European journal of protistology |volume=45 |issue=2 |pages=147–155 |year=2009 |month=January |pmid=19157810 |doi=10.1016/j.ejop.2008.09.004 |url=http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0932-4739(08)00080-1}}</ref> que é o gran grupo que inclúe a [[animal|animais]], [[Fungo (bioloxía)|fungofungos]]s e outros grupos menores. Varios estudos sitúan aos nucleáriidos como un [[grupo irmán]] dos fungos.<ref name="Steenkamp2006">{{citeCita journalpublicación periódica | author = Steenkamp, E.T. | coauthors = Wright, J.; Baldauf, S.L.| year = 2006 | title = The Protistan Origins of Animals and Fungi | journal = Molecular Biology and Evolution | volume = 23 | issue = 1 | pages = 93–106 | doi = 10.1093/molbev/msj011 | pmid = 16151185}}</ref> <ref name="tabrizi">{{CiteCita journalpublicación periódica | author = Shalchian-Tabrizi K, Minge MA, Espelund M, ''et al'' | title = Multigene phylogeny of choanozoa and the origin of animals | journal = PLoS ONE | volume = 3 | issue = 5 | pages = e2098 | year = 2008 | pmid = 18461162 | pmc = 2346548 | doi = 10.1371/journal.pone.0002098 | url = http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0002098 | postscript = | editor1-last = Aramayo | editor1-first = Rodolfo}}</ref>
Destacan os xéneros:
* ''[[Nuclearia]]''<ref name="pmid19157810"/> e ''[[Micronuclearia]]''.
* Outros xéneros como ''[[Rabdiophrys]]'', ''[[Pinaciophora]]'' e ''[[Pompholyxophrys]]'', son formas de augas doces con escamas silíceas ocas ou espiñas. Anteriormente estaban incluídos dentro dos [[heliozoos]] formando o grupo Rotosphaerida.
* Segundo unha publicación de 2009, ''[[Fonticula]]'', considerado un [[balor mucilaxinoso|mofo mucoso]] celular, é un [[opistoconto]] e está máis relacionado coa ''Nuclearia'' que cos [[Fungo (bioloxía)|fungofungos]]s. <ref>{{CiteCita journalpublicación periódica | title = Phylogeny of the "Forgotten" Cellular Slime Mold, Fonticula alba, Reveals a Key Evolutionary Branch within Opisthokonta | author = Matthew W. Brown, Frederick W. Spiegel and Jeffrey D. Silberman | journal = Molecular Biology and Evolution | year = 2009 | volume = 26 | issue = 12 | pages = 2699–2709 | doi = 10.1093/molbev/msp185 | pmid = 19692665 | postscript = <!--None-->}}</ref>
