Northern blot: Diferenzas entre revisións

As mostras de ARN son normalmente separadas en xeles de [[agarosa]] que conteñen [[formaldehido]] como axente desnaturalizante para o ARN para limitar a súa estrutura secundaria.<ref name="Streit2009" /><ref name=Yamanka1997>{{cite journal | last1 = Yamanaka | first1 = S. | last2 = Poksay | first2 = K. S. | last3 = Arnold | first3 = K. S. | last4 = Innerarity | first4 = T. L. | year = 1997 | title = A novel translational repressor mRNA is edited extensively in livers containing tumors caused by the transgene expression of the apoB mRNA-editing enzyme | url = | journal = Genes Dev. | volume = 11 | issue = 3| pages = 321–333 | doi = 10.1101/gad.11.3.321 | pmid = 9030685 }}</ref> Os xeles poden tinguirse con [[bromuro de etidio]] (EtBr) e despois ser ollados baixo luz UV para observar a calidade e cantidade de ARN antes da transferencia (blotting).<ref name="Streit2009" /> Pode tamén utilizarse a [[electroforese en xel de poliacrilamida]] con [[urea]] para a separación do ARN, pero éo usadaseu uso máis comunmentecomún é para ARN fragmentado ou [[microARN]]s.<ref name=Valoczi2004>Valoczi, A., Hornyik, C., Varga, N., Burgyan, J., Kauppinen, S., Havelda, Z. (2004) Sensitive and specific detection of microRNAs by northern blot analysis using LNA-modified oligonucleotide probes. Nuc. Acids Research. 32: e175.</ref> Xeralmente na electroforese en xel faise ''correr'' unha escada de ARN xunto coas mostras para observar así o tamaño dos fragmentos obtidos, pero nas mostras de ARN total as propias subunidades ribosómicas poden actuar como marcadores de tamaño.<ref name="Streit2009" /> Como a subunidade ribosómica maior é de 28S (aproximadamente 5kb) e a menor é de 18S (aproximadamente 2kb) aparecerán no xel dúas prominentes bandas, a maior de case o dobre de intensidade que a menor.<ref name="Streit2009" /><ref name=Gortner1996>{{cite journal | last1 = Gortner | first1 = G. | last2 = Pfenninger | first2 = M. | last3 = Kahl | first3 = G. | last4 = Weising | first4 = K. | year = 1996 | title = Northern blot analysis of simple repetitive sequence transcription in plants | url = | journal = Electrophoresis | volume = 17 | issue = 7| pages = 1183–1189 | doi = 10.1002/elps.1150170702 | pmid = 8855401 }}</ref>