O xénero ''Ebolavirus'' está organizado en cinco especies; con todo, a súa nomenclatura é algo controvertida, e moitos autores seguen usando os nomes comúns en vez dos nomes das especies para referirse a estes virus.<ref name=KuhnArch/> En particular, o termo xenérico "virus Ebola" é amplamente usado para referirse especificamente aos membros da especie ''Zaire ebolavirus''. En consecuencia, en 2010, un grupo de investigadores recomendou que o nome "virus Ebola" fose adoptado para unha subclasificación por debaixo do nivel de especie.<ref>A proposta feita por Kuhn et al. en 2010 suxería especificamente que ao nome "virus Ebola" se lle dese o rango taxonómico de "Virus" dentro da especie ''Zaire ebolavirus''. Na súa proposta, un "virus Ebola" sería calquera membro da especie ''Zaire ebolavirus'' cuxo xenoma diverxise da variante tipo ''Zaire ebolavirus'' (Mayinga) en menos do 10%. En xeral, os membros da especie ''Zaire ebolavirus'' poderían diverxir xenetricamente da variante tipo Mayinga ata un 30%.<ref name=KuhnArch/> Como resultado, esta proposta convertía o "virus Ebola" nun subconxunto da especie ''Zaire ebolavirus'' en vez dun sinónimo da especie (aínda que dentro da "especie" só se distinguía un "virus"). A distinción de tratar o termo "virus Ebola" como un subconxunto da especie en vez de como un sinónimo da especie raramente se usa.</ref> Pero en cada "especie" do xénero só se distinguía un só "virus".<ref name=KuhnArch/> O nome da especie escríbese en cursiva e o do virus non. Os únicos que teñen abreviatura son os virus. En 2011, o [[ICTV|Comite Internacional de Taxonomía de Virus]] (ICTV) rexeitou a proposta (2010.010bV) que se fixera para recoñecer formalmente estes nomes, xa que o Comité non designa nomes para subtipos, variantes, cepas, ou outros agrupamentos a nivel de subespecie (que os especialistas usan).<ref>{{cite web|title=Replace the species name Lake Victoria marburgvirus with Marburg marburgvirus in the genus Marburgvirus|url=http://talk.ictvonline.org/files/ictv_official_taxonomy_updates_since_the_8th_report/m/vertebrate-official/4171.aspx}}</ref> Por tanto, os nomes comúns amplamente usados na práctica non son formalmente recoñecidos como parte da nomenclatura taxonómica "oficial". En concreto, no caso do "virus Ebola", este non ten un nome oficial recoñecido polo ICTV, o cal continúa usando e recomendando só o nome específico ''Zaire ebolavirus''.<ref>{{cite web|url=http://ictvonline.org/virusTaxonomy.asp|title=Virus Taxonomy: 2013 Release|author=International Committee on Taxonomy of Viruses}}</ref>
Un xénero pode conter varias especies; neste caso contén cinco. Segundo as normas de nomenclatura do [[ICTV]], o nome do xénero, ''Ebolavirus'', debe empezar con maiúscula e ir en cursiva, sen abreviar e precedido da palabra "genus".<ref name=KuhnArch/> Unha "especie" vírica pode conter varios "virus"; neste caso cada unha das especies contén un só virus. O nome da especie escríbese en cursiva e a do virus non. Os únicos que teñen abreviatura son os virus.
