Deinococcus-Thermus

Deinococcus-Thermus
Catro células de Deinococcus radiodurans formando unha tétrada.
Clasificación científica
Dominio: Bacteria Filo: Deinococcus-Thermus Clase: Deinococci Garrity and Holt 2002
Ordes e Xéneros
Deinococcales Rainey et al. 1997   Deinococcaceae Brooks and Murray 1981 emend. Rainey et al. 1997     Deinococcus Brooks and Murray 1981 emend. Rainey et al. 1997     Deinobacterium Ekman et al. 2011   Trueperaceae Rainey et al. 2005     Truepera da Costa, Rainey e Albuquerque 2005 Thermales Rainey e Da Costa 2002   Thermaceae Da Costa e Rainey 2002     Thermus Brock and Freeze 1969 emend. Nobre et al. 1996     Meiothermus Nobre et al. 1996 emend. Albuquerque et al. 2009     Marinithermus Sako et al. 2003     Oceanithermus Miroshnichenko et al. 2003 emend. Mori et al. 2004     Rhabdothermus Steinsbu et al. 2011     Vulcanithermus Miroshnichenko et al. 2003
Sinonimia
Hadobacteria Cavalier-Smith 1992 emend. Cavalier-Smith 1998 Xenobacteria

O grupo Deinococcus-Thermus é un pequeno grupo de bacterias considerado un filo, que son moi resistentes ás condicións ambientais desfavorables.

Comprende dous grandes grupos:

• As Deinococcales, que inclúe dúas familias e dous xéneros principais: Deinococcus e Truepera. O primeiro ten varias especies resistentes á radiación, que poden captar os residuos nucleares e outros materiais tóxicos sen sufriren dano, e sobreviven tamén no baleiro do espazo exterior ou en condicións extremas de calor ou frío.
• As Thermales inclúen varios xéneros resistentes á calor (Marinithermus, Meiothermus, Oceanithermus, Thermus, Vulcanithermus). A especie Thermus aquaticus, que vive en fontes hidrotermais, foi importante no desenvolvemento da técnica da Reacción en Cadea da Polimerase (PCR), xa que posúe un encima ADN polimerase termoestable (a Taq polimerase), que resiste as temperaturas necesarias para aplicar a técnica da PCR.

Aínda que estes grupos evolucionaron a partir dun devanceiro común, os dous mecanismos de resistencia que presentan desenvolvéronos de xeito independente.

Estas bacterias teñen paredes celulares grosas que fan que teñan un patrón de tinguidura grampositivo, pero teñen unha segunda membrana, polo que en estrutura están próximos ás bacterias gramnegativas.

Cavalier-Smith deulle a este clado o nome de Hadobacteria (de Hades, o inframundo dos antigos gregos).

Filoxenia

Véxase tamén: Taxonomía bacteriana.

O cladograma mostra a toxonomía actualmente aceptada do grupo baseada na LPSN (List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature) e do NCBI (National Center for Biotechnology Information) e a filoxenia está baseada en datos do ARNr 16S do LTP 106 do proxecto The All-Species Living Tree.

Thermaceae	?Rhabdothermus arcticus Steinsbu et al. 2011     Vulcanithermus mediatlanticus Miroshnichenko et al. 2003       Oceanithermus   O. desulfurans Mori et al. 2004     O. profundus Miroshnichenko et al. 2003         Marinithermus hydrothermalis Sako et al. 2003       Meiothermus   ?M. granaticius Albuquerque et al. 2010     ?M. rosaceus ♠ Chen et al. 2002     M. silvanus (Tenreiro et al. 1995) Nobre et al. 1996         M. chliarophilus (Tenreiro et al. 1995) Nobre et al. 1996     M. timidus Pires et al. 2005         M. rufus Albuquerque et al. 2010       M. cerbereus Chung et al. 1997       M. ruber (Loginova et al. 1984) Nobre et al. 1996       M. cateniformans Zhang et al. 2010     M. taiwanensis Chen et al. 2002                 Thermus   ?T. caldophilus ♠ Taguchi et al. 1983     ?T. eggertssonii ♠ Peters 2008     ?T. filiformis Hudson et al. 1987     ?T. kawarayensis ♠ Kurosawa et al. 2005     ?T. murrieta ♠ Benner et al. 2006     ?T. nonproteolyticus ♠     ?T. rehai ♠ Lin et al. 2002     ?T. yunnanensis ♠ Gong et al. 2005     T. oshimai Williams et al. 1996       T. thermophilus (ex Oshima e Imahori 1974) Manaia et al. 1995       T. aquaticus Brock e Freeze 1969         T. arciformis Zhang et al. 2010     T. islandicus Bjornsdottir et al. 2009           T. brockianus Williams et al. 1995     T. igniterrae Chung et al. 2000         T. antranikianii Chung et al. 2000     T. scotoductus Kristjansson et al. 1994
Deinococcales	Truepera radiovictrix Albuquerque et al. 2005     Deinococcaceae     Deinococcus pimensis Rainey e da Costa 2005       Deinococcus peraridilitoris Rainey et al. 2007       Deinococcus papagonensis Rainey e da Costa 2005     Deinococcus yavapaiensis Rainey e da Costa 2005             Deinobacterium chartae Ekman et al. 2011     Deinococcus   ?D. aquivivus ♠ Kaempferet al. 2008     ?D. daejeonensis Srinivasan et al. 2012     ?D. depolymerans Asker et al. 2011     ?D. reticulitermitis Chen et al. 2012     ?D. soli ♠ Zhang et al. 2011     ?D. xibeiensis Wang et al. 2010       D. misasensis Asker et al. 2008       D. cellulosilyticus Weon et al. 2007     D. roseus Asker et al. 2008           D. maricopensis Rainey e da Costa 2005       D. alpinitundrae Callegan et al. 2008         D. gobiensis Yuan et al. 2009       D. radiophilus (ex Lewis 1973) Brooks e Murray 1981       D. piscis Shashidhar e Bandekar 2009     D. proteolyticus Brooks e Murray 1981               D. sonorensis Rainey e da Costa 2005       D. radiomollis Callegan et al. 2008       D. altitudinis Callegan et al. 2008       D. aquiradiocola Asker et al. 2009     D. claudionis Callegan et al. 2008                   D. indicus Suresh et al. 2004       D. radiodurans (ex Raj et al. 1960) Brooks e Murray 1981     D. wulumuqiensis Wang et al. 2010             D. aquaticus Im et al. 2008     D. caeni Im et al. 2008         D. grandis (Oyaizu et al. 1987) Rainey et al. 1997         D. deserti de Groot et al. 2005       D. navajonensis Rainey e da Costa 2005     D. hohokamensis Rainey e da Costa 2005           D. ficus Lai et al. 2006 emend. Kämpfer 2009       D. aquatilis Kämpfer et al. 2008     D. yunweiensis Zhang et al. 2007                   D. xinjiangensis Peng et al. 2009       D. hopiensis Rainey e da Costa 2005         D. murrayi Ferreira et al. 1997       D. geothermalis Ferreira et al. 1997       D. apachensis Rainey e da Costa 2005       D. aerius Yang et al. 2009     D. aetherius Yang et al. 2010               D. aerophilus Yoo et al. 2010       D. aerolatus Yoo et al. 2010       D. radiopugnans Brooks e Murray 1981       D. marmoris Hirsch et al. 2006       D. saxicola Hirsch et al. 2006     D. frigens Hirsch et al. 2006

Nota:
♠ Cepas atopadas no NCBI pero non na LPSN.

Xenomas secuenciados

Actualmente hai dez xenomas secuenciados de estirpes (strains) deste filo.

• Deinococcus radiodurans R1
• Thermus thermophilus HB27
• Thermus thermophilus HB8
• Deinococcus geothermalis DSM 11300
• Deinococcus deserti VCD115
• Meiothermus ruber DSM 1279
• Meiothermus silvanus DSM 9946
• Truepera radiovictrix DSM 17093
• Oceanithermus profundus DSM 14977

As dúas Meiothermus sp. foron secuenciadas baixo os auspicios do proxecto Genomic Encyclopedia of Bacteria and Archaea (GEBA), que ten como obxectivo secuenciar organismos baseándose na súa importancia ou novidade filoxenética e non na súa patoxenicidade ou notoriedade. Actualmente, o xenoma de Thermus aquaticus Y51MC23 está nas fases finais de completar a súa secuenciación no DOE Joint Genome Institute.