SMART (base de datos)
SMART (do inglés Simple Modular Architecture Research Tool, Ferramenta de Investigación da Arquitectura Modular Simple) é unha base de datos biolóxica que se utiliza na identificación e análise de dominios proteicos en secuencias proteicas.[1][2] SMART utiliza modelos de Markov de perfís ocultos construídos a partir de aliñamentos de secuencias múltiples para detectar dominios proteicos en secuencias proteicas. A versión máis recente de SMART contén 1.009 modelos de dominios.[3] Os datos de SMART foron utilizados para crear a colección da Conserved Domain Database (Base de datos de Dominios Conservados) e tamén se distribúe como parte da base de datos InterPro.[4] A base de datos albérgase no European Molecular Biology Laboratory (EMBL, Laboratorio de Bioloxía Molecular Europeo) en Heidelberg, Alemaña.
Notas editar
- ↑ Schultz J, Milpetz F, Bork P, Ponting CP (May 1998). "SMART, a simple modular architecture research tool: identification of signaling domains". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 95 (11): 5857–64. PMC 34487. PMID 9600884. doi:10.1073/pnas.95.11.5857.
- ↑ Letunic I, Doerks T, Bork P (January 2009). "SMART 6: recent updates and new developments". Nucleic Acids Res. 37 (Database issue): D229–32. PMC 2686533. PMID 18978020. doi:10.1093/nar/gkn808.
- ↑ Letunic I, Doerks T, Bork P (January 2012). "SMART 7: recent updates to the protein domain annotation resource". Nucleic Acids Res. 40 (Database issue): D302–5. PMC 3245027. PMID 22053084. doi:10.1093/nar/gkr931.
- ↑ Mulder NJ, Apweiler R, Attwood TK, et al. (September 2002). "InterPro: an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites". Brief. Bioinformatics 3 (3): 225–35. PMID 12230031. doi:10.1093/bib/3.3.225.