Wikipedia

Mimótopo

Un mimótopo é unha macromolécula, xeralmente un péptido, que imita a estrutura dun epítopo dun antíxeno. Debido a esta semellanza causa unha resposta aos anticorpos similar á xerada polo epítopo. Un anticorpo específico para un determinado epítopo de antíxeno recoñecerá tamén ao mimótopo que imite a ese epítopo. Os mimótopos obtéñense xeralmente a partir de bibliotecas de phage display (técnica na que se estudan as interacción entre proteínas e entre proteínas e ADN dos bacteriófagos para correlacionar as proteínas coa información xenética que as codifica) polo procedemento do biocribado ou biopanning (técnica para seleccionar péptidos que se unen a unha diana dada). Estanse a desenvolver vacinas que utilizan mimótopos.

Cando se acuñou o termo mimótopo por Mario Geysen en 1986,[1] utilizouse para describir péptidos que imitaban un epítopo. Porén, este concepto foise ampliando para referirse tamén a péptidos que imitan todo tipo de sitios de unión. Pola súa imitación de sitios de unión, a análise de mimótopos foi moi utilizada para mapear epítopos,[2] identificar dianas de drogas e inferir as redes de interaccións de proteínas.[3][4] Ademais, os mimótopos teñen un gran potencial no desenvolvemento de novos diagnósticos,[5] terapéuticas [6] e vacinas.[7] Ademais, as especiais afinidades mediadas polos mimótopos para varios semicondutores e outros materiais mostraron ser moi prometedoras nos estudos de novos materiais e novas enerxías.[8] Por tanto, é interesante reunir a información sobre mimótopos en bases de datos especiais. En 2010, apareceu a base de datos MimoDB versión 1.0,[9] que tiña 10.716 péptidos agrupados en 1.229 conxuntos. Estes péptidos foran extraídos de resultados de biopanning de bibliotecas de péptidos aleatorias da técnica do phage-displayed publicadas en 571 traballos. A base de datos MimoDB foi despois actualizada á versión 2.0,[10] na cal hai 15.633 péptidos recollidos de 849 traballos publicados, que se agruparon en 1.818 conxuntos. Ademais dos datos dos experimentos de biopanning e dos seus resultados, tamén se incluíu ampla información de base sobre dianas, moldes, bibliotecas e estruturas. Tamén se compilou un punto de referencia (ou estándar de comparación, benchmark) para que os bioinformáticos poidan desenvolver e avaliar os seus novos modelos, algoritmos e programas. A base de datos MimoDB proporciona ferramentas para investigacións avanzadas e simples, visualización de estruturas, BLAST (algoritmo para comparar secuencias) e aliñamentos vistos sobre a marcha. Os biólogos experimentais poden utilizar facilmente a base de datos como un control virtual para excluír posibles péptidos non relacionados coa diana. A base de datos MimoDB [11] está dispoñible sen restricións.

Notas

editar
  1. ↑ Geysen, HM; Rodda, SJ, Mason, TJ (1986 Jul). "A priori delineation of a peptide which mimics a discontinuous antigenic determinant.". Molecular immunology 23 (7): 709–15. PMID 2432410. 
  2. ↑ Smith, GP; Petrenko, VA (1997-04-01). "Phage Display.". Chemical reviews 97 (2): 391–410. PMID 11848876. doi:10.1021/cr960065d. 
  3. ↑ Tong, AH; Drees, B, Nardelli, G, Bader, GD, Brannetti, B, Castagnoli, L, Evangelista, M, Ferracuti, S, Nelson, B, Paoluzi, S, Quondam, M, Zucconi, A, Hogue, CW, Fields, S, Boone, C, Cesareni, G (2002-01-11). "A combined experimental and computational strategy to define protein interaction networks for peptide recognition modules.". Science 295 (5553): 321–4. PMID 11743162. doi:10.1126/science.1064987. 
  4. ↑ Thom, G; Cockroft, AC, Buchanan, AG, Candotti, CJ, Cohen, ES, Lowne, D, Monk, P, Shorrock-Hart, CP, Jermutus, L, Minter, RR (2006-05-16). "Probing a protein-protein interaction by in vitro evolution.". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 103 (20): 7619–24. PMC 1458619. PMID 16684878. doi:10.1073/pnas.0602341103. 
  5. ↑ Hsiung, PL; Hardy, J, Friedland, S, Soetikno, R, Du, CB, Wu, AP, Sahbaie, P, Crawford, JM, Lowe, AW, Contag, CH, Wang, TD (2008 Apr). "Detection of colonic dysplasia in vivo using a targeted heptapeptide and confocal microendoscopy.". Nature Medicine 14 (4): 454–8. PMID 18345013. doi:10.1038/nm1692. 
  6. ↑ Macdougall, IC; Rossert, J, Casadevall, N, Stead, RB, Duliege, AM, Froissart, M, Eckardt, KU (2009-11-05). "A peptide-based erythropoietin-receptor agonist for pure red-cell aplasia.". The New England Journal of Medicine 361 (19): 1848–55. PMID 19890127. doi:10.1056/NEJMoa074037. 
  7. ↑ Knittelfelder, R; Riemer, AB, Jensen-Jarolim, E (2009 Apr). "Mimotope vaccination--from allergy to cancer.". Expert opinion on biological therapy 9 (4): 493–506. PMC 3049225. PMID 19344285. doi:10.1517/14712590902870386. 
  8. ↑ Lee, YJ; Yi, H, Kim, WJ, Kang, K, Yun, DS, Strano, MS, Ceder, G, Belcher, AM (2009-05-22). "Fabricating genetically engineered high-power lithium-ion batteries using multiple virus genes.". Science 324 (5930): 1051–5. PMID 19342549. doi:10.1126/science.1171541. 
  9. ↑ Ru, B; Huang, J, Dai, P, Li, S, Xia, Z, Ding, H, Lin, H, Guo, F, Wang, X (2010-11-15). "MimoDB: a new repository for mimotope data derived from phage display technology.". Molecules (Basel, Switzerland) 15 (11): 8279–88. PMID 21079566. doi:10.3390/molecules15118279. 
  10. ↑ Huang, J; Ru, B, Zhu, P, Nie, F, Yang, J, Wang, X, Dai, P, Lin, H, Guo, FB, Rao, N (2011-11-03). "MimoDB 2.0: a mimotope database and beyond.". Nucleic Acids Research 40 (1): D271–7. PMC 3245166. PMID 22053087. doi:10.1093/nar/gkr922. 
  11. ↑ "The MimoDB database". Arquivado dende o orixinal o 16 de novembro de 2012. Consultado o 07 de febreiro de 2013. 
Traído desde «https://gl.wikipedia.org/w/index.php?title=Mimótopo&oldid=6015563»