Genome Taxonomy Database
A Genome Taxonomy Database ou GTDB (Base de Datos de Taxonomía de Xenomas) é unha base de datos on line que mantén información sobre unha nomenclatura proposta dos procariotas, seguindo un enfoque filoxenómico baseado nun conxunto de proteínas dunha soa copia conservadas. Ademais de resolver os grupos parafiléticos, este método tamén reasigna as categorías taxonómicas algoritmicamente, actualizando os nomes en ambos os casos.[1] En 2020 engadiuse información sobre arqueas,[2] xunto cunha clasificación de especies baseada na identidade nuclotídica media.[3] Cada actualización incorpora novos xenomas, así como unha curación automatizada e manual da taxonomía.[4]
Unha feramenta de código aberto chamada GTDB-Tk está dispoñible para clasificar borradores de xenomas na xerarquía da GTDB.[5] O sistema GTDB, por medio de GTDB-Tk, foi utilizado para catalogar bacterias aínda non nomeadas no microbioma intestinal humano e outras fontes metaxenómicas.[6][7]
A GTDB está incorporada no Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria desde 2019 como a súa fonte filoxenómica.[8]
Notas
editar- ↑ Parks, DH; Chuvochina, M; Waite, DW; Rinke, C; Skarshewski, A; Chaumeil, PA; Hugenholtz, P (novembro de 2018). "A standardized bacterial taxonomy based on genome phylogeny substantially revises the tree of life.". Nature Biotechnology 36 (10): 996–1004. PMID 30148503. doi:10.1038/nbt.4229.
- ↑ Rinke, Christian; Chuvochina, Maria; Mussig, Aaron J.; Chaumeil, Pierre-Alain; Davín, Adrián A.; Waite, David W.; Whitman, William B.; Parks, Donovan H.; Hugenholtz, Philip (21 de xuño de 2021). "A standardized archaeal taxonomy for the Genome Taxonomy Database". Nature Microbiology (en inglés) 6 (7): 946–959. ISSN 2058-5276. doi:10.1038/s41564-021-00918-8.
- ↑ Parks, DH; Chuvochina, M; Chaumeil, PA; Rinke, C; Mussig, AJ; Hugenholtz, P (setembro de 2020). "A complete domain-to-species taxonomy for Bacteria and Archaea.". Nature Biotechnology 38 (9): 1079–1086. PMID 32341564. doi:10.1038/s41587-020-0501-8.
- ↑ Para a información de cada actualización, ver os cambios de rexistro relevantes. Para cambios notables interesantes para publicarse ver a sección "Cite GTDB" en About page.
- ↑ Chaumeil, PA; Mussig, AJ; Hugenholtz, P; Parks, DH (15 de novembro de 2019). "GTDB-Tk: a toolkit to classify genomes with the Genome Taxonomy Database.". Bioinformatics. PMC 7703759. PMID 31730192. doi:10.1093/bioinformatics/btz848.
- ↑ Almeida, Alexandre; Nayfach, Stephen; Boland, Miguel; Strozzi, Francesco; Beracochea, Martin; Shi, Zhou Jason; Pollard, Katherine S.; Sakharova, Ekaterina; Parks, Donovan H.; Hugenholtz, Philip; Segata, Nicola; Kyrpides, Nikos C.; Finn, Robert D. (20 de xullo de 2020). "A unified catalog of 204,938 reference genomes from the human gut microbiome". Nature Biotechnology. PMC 7801254. PMID 32690973. doi:10.1038/s41587-020-0603-3.
- ↑ Nayfach, Stephen; Roux, Simon; Seshadri, Rekha; Udwary, Daniel; Varghese, Neha; Schulz, Frederik; Wu, Dongying; Paez-Espino, David; Chen, I-Min; Huntemann, Marcel; Palaniappan, Krishna; Ladau, Joshua; Mukherjee, Supratim; Reddy, T. B. K.; Nielsen, Torben; Kirton, Edward; Faria, José P.; Edirisinghe, Janaka N.; Henry, Christopher S.; Jungbluth, Sean P.; Chivian, Dylan; Dehal, Paramvir; Wood-Charlson, Elisha M.; Arkin, Adam P.; Tringe, Susannah G.; Visel, Axel; Woyke, Tanja; Mouncey, Nigel J.; Ivanova, Natalia N.; Kyrpides, Nikos C.; Eloe-Fadrosh, Emiley A. (9 de novembo de 2020). "A genomic catalog of Earth's microbiomes". Nature Biotechnology. PMC 8041624. doi:10.1038/s41587-020-0718-6.
- ↑ "Incorporation of Phylogenomics into BMSAB". Bergey's Manual Trust.