Secuenciación de escopeta: Diferenzas entre revisións
Contido eliminado Contido engadido
Liña 155:
Because it involves first creating a low-resolution map of the genome, hierarchical shotgun sequencing is slower than whole-genome shotgun sequencing, but relies less heavily on computer algorithms than whole-genome shotgun sequencing. The process of extensive BAC library creation and tiling path selection, however, make hierarchical shotgun sequencing slow and labor-intensive. Now that the technology is available and the reliability of the data demonstrated,<ref name="venter" /> and the speed and cost efficiency of whole-genome shotgun sequencing has made it the primary method for genome sequencing.
-->▼
== Secuenciación de
A secuenciación de escopeta clásica estaba b aseada no método de secuenciación de Sanger: esta foi a técnica máis avanzada para a secuenciación de xenomas aproximadamente durante o período 1995–2005. A estratexia de escopeta ou ''shotgun'' aínda se aplica hoxe en día; porén, usando outras tecnoloxías de secuenciación, chamadas [[secuenciación do ADN#Métodos de seguinte xeración|se uenciación de seguinte xeración]]. Estas tecnoloxías producen lecturas máis curtas (de aproximadamente 25–500 pares de bases), pero moitos milleiros ou millóns de lecturas nun tempo relativamente curto (da orde dun día).<ref>{{cite journal
| last = Karl
| first = V
Liña 168:
| pmid = 19246620
| doi = 10.1373/clinchem.2008.112789 |display-authors=etal}}</ref>
Isto ten como resultado unha alta cobertura, pero o proceso de ensamblaxe require un uso máis intensivo da computación. Estas tecnoloxías son moi superiores á secuenciación de Sanger debido ao alto volume de datos e o tempo relativamente curto que se tarda en secuenciar un xenoma completo.<ref>{{cite journal
| last = Metzker
| first = Michael L.
Liña 183:
== Secuenciación de escopeta metaxenómica ==
Ter lecturas de 400-500 pares de bases é dabondo para determinar a especie/cepa do organismo do cal procede o ADN, con tal qe o seu xenoma sexa xa coñecido, usando por exemplo un software de clasificación taxonómica [[K-mer|baseado en k-mer]]. Con millóns de lecturas da secuenciación de seguinte xeración de mostras ambientais, é posible ter unha visión completa de calquera microbioma complexo con miles de especies, como a [[flora intestinal]]. As vantaxes sobre a [[secuenciación de amplicón]] de [[ARNr de 16S]] son: non está limitado a bacterias; clasificación ao nivel de cepas, onde a secuenciación amplicón só o fai a nivel de xénero; e a posibilidade de extraer [[xene]]s completos e especificar as súas funcións como parte do metaxenoma.<ref>{{cite journal
| last1 = Roumpeka
| first1 = Despoina D.
Liña 196 ⟶ 197:
| doi = 10.3389/fgene.2017.00023
}}</ref>
| last1 = Gu
| first1 = Wei
Liña 209 ⟶ 210:
| doi = 10.1146/annurev-pathmechdis-012418-012751
}}</ref>
| last1 = Thoendel
| first1 = Matthew
Liña 223 ⟶ 224:
| doi = 10.1128/JCM.02402-16
}}</ref>
▲-->
== Notas ==
| |||