Secuenciación do ADN: Diferenzas entre revisións

Contido eliminado Contido engadido
m →‎Ligazóns externas: Arranxos varios + cda
m Arranxos varios, replaced: {{cite web → {{Cita web (5)
Liña 36:
O [[secuenciación de Sanger|método de terminación de cadea]] desenvolvido por Frederick Sanger e colaboradores en 1977 axiña se converteu no método preferido de secuenciación debido á súa relativa simplicidade e fiabilidade.<ref name="Sanger1977">{{Cita publicación periódica |author=Sanger F, Nicklen S, Coulson AR |title=DNA sequencing with chain-terminating inhibitors |journal=Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.|volume=74 |issue=12 |pages=5463–7 |year=1977 |pmid=271968 |pmc=431765 |doi=10.1073/pnas.74.12.5463 |bibcode = 1977PNAS...74.5463S}}</ref><ref name=Sanger75>{{Cita publicación periódica |author=Sanger F, Coulson AR |title=A rapid method for determining sequences in DNA by primed synthesis with DNA polymerase |journal=J. Mol. Biol. |volume=94 |issue=3 |pages=441–8 |year=1975 |pmid=1100841 |doi=10.1016/0022-2836(75)90213-2}}</ref> O método de terminación de cadea usaba menos compostos tóxicos e menor cantidade de radioactividade que o método de Maxam e Gilbert. Debido á súa comparativa sinxeleza, o método de Sanger foi axiña automatizado e foi o método utilizado pola primeira xeración de [[secuenciador de ADN|secuenciadores de ADN]].
 
A secuenciación de Sanger é o método que prevaleceu desde a década de 1980 ata mediados da década do 2000. Nese período, fixéronse grandes avances na técnica, como o etiquetado fluorescente, a [[electroforese capilar]], e a automatización xeral. Estas melloras permitían unha secuenciación moito máis efeiciente, o que reduciu os seus custos. O método de Sanger, aplicado masivamente, é a tecnoloxía coa que se obtivo o [[Proxecto Xenoma Humano|primeiro xenoma humano]] en 2001, marcando o comezo da idade da [[xenómica]]. Porén, avanzada a década, chegaron ao mercado técnicas con estratexias totalmente diferentes, que rebaixaron o custo por xenoma desde uns 100 millóns de dólares en 2001 a só 10.000 en 2011.<ref>{{citeCita web |last=Wetterstrand |first=Kris |title=DNA Sequencing Costs: Data from the NHGRI Genome Sequencing Program (GSP) |publisher=[[National Human Genome Research Institute]] |accessdate=30 May 2013 |url=https://www.genome.gov/sequencingcosts }}</ref>
 
== Métodos avanzados e secuenciación ''de novo'' ==
Liña 85:
! Método !! Secuenciación en tempo real dunha soa molécula (Pacific Bio) !! Ión semicondutor (secuenciación de Ion Torrent Systems) !!Pirosecuenciación (454) !! Secuenciación por síntese (Illumina) !! Secuenciación por ligazón (secuenciación SOLiD) !! Terminación de cadea (secuenciación de Sanger)
|-
| '''Lonxitude de lectura''' ||2900 [[par de bases|bp]] de media<ref name=autogenerated1>{{citeCita web |url=http://www.genomeweb.com/sequencing/after-year-testing-two-early-pacbio-customers-expect-more-routine-use-rs-sequenc |title=After a Year of Testing, Two Early PacBio Customers Expect More Routine Use of RS Sequencer in 2012 |author= |date=10 January 2012 |publisher=[[GenomeWeb]] }}</ref>|| 200 bp|| 700 bp || de 50 a 250 bp ||50+35 ou 50+50 bp || de 400 a 900 bp
|-
| '''Precisión''' ||87% (en modo de lonxitude lida), 99% (en modo exactitude)|| 98%|| 99.9% || 98% || 99.9% || 99.9%
Liña 171:
 
== Métodos en desenvolvemento ==
Actualmente hai varios métodos de secuenciación do ADN que están en desenvolvemento, como o da ADN polimerase etiquetada,<ref>{{citeCita web|url=http://visigenbio.com/technology_overview.html|title=VisiGen Biotechnologies Inc. – Technology Overview |publisher=Visigenbio.com |date= |accessdate=2009-11-15}}</ref> lectura de secuencias como tránsitos de cadeas de ADN a través de [[secuenciación por nanoporos|nanoporos]],<ref>{{citeCita web|url=http://mcb.harvard.edu/branton/index.htm |title=The Harvard Nanopore Group |publisher=Mcb.harvard.edu|date= |accessdate=2009-11-15}}</ref><ref name="Physorg">{{citeCita web |url=http://www.physorg.com/news157378086.html |title=Nanopore Sequencing Could Slash DNA Analysis Costs |work= |accessdate=}}</ref> e técnicas baseadas en microscopía, como as que usan o [[microscopio de forza atómica]] ou o [[microscopio electrónico de transmisión]], que se usan para identificar as posicións de cada nucleótido en fragmentos de ADN longos (&gt;5.000 [[par de bases|bp]]) por medio dun etiquetado dos nucleótidos con elementos máis pesados (por exemplo, [[halóxeno]]s) para a detección visual e gravación.<ref>US patent 20060029957, ZS Genetics, "Systems and methods of analyzing nucleic acid polymers and related components", issued 2005-07-14</ref><ref>{{Cita publicación periódica |author=Xu M, Fujita D, Hanagata N |title=Perspectives and challenges of emerging single-molecule DNA sequencing technologies|journal=Small |volume=5 |issue=23 |pages=2638–49 |year=2009 |pmid=19904762 |doi=10.1002/smll.200900976 |url=}}</ref>
As tecnoloxías de terceira xeración pretenden incrementar o rendemento e diminuír o tempo para obter os resultados e o custo ao eliminaren a necesidade de usar excesivos reactivos e aproveitar a [[procesividade]] da [[ADN polimerase]].<ref>{{Cita publicación periódica|last=Schadt|first=E.E.|autor2=S. Turner, A. Kasarskis|title=A window into third-generation sequencing|journal=Human Molecular Genetics|year=2010|volume=19|issue=R2|pages=R227–40|doi=10.1093/hmg/ddq416|pmid=20858600}}</ref>