Cóntigo: Diferenzas entre revisións

Un cóntigo de secuencia é unha secuencia continua (non contigua) resultante da reensamblaxe dos pequenos fragmentos de ADN xerados por estratexias de [[secuenciación shotgun|secuenciación de abaixo a arriba]]. Este significado de cóntigo é consistente coa definición orixinal que lles deu [[Rodger Staden]] (1979).<ref>{{cite journal |author=Staden R |year=1979 |title=A strategy of DNA sequencing employing computer programs |journal=Nucleic Acids Research |volume=7 |pages=2601–2610 |pmc=327874 |pmid=461197 |doi=10.1093/nar/6.7.2601}}</ref> A estratexia de [[secuenciación do ADN]] de abaixo a arriba implica romper o ADnADN xenómico en numerosos pequenos fragmentos ("bottom"), a secuenciación deses fragmentos, a súa reensamblaxe en cóntigos e finalmente a do xenoma completo, polo que se empeza cos fragmentos e se acaba co xenoma completo (de aí o seu nome de secuenciación "de abaixo a arriba" ou ''"bottom-up"''). Como a tecnoloxía actual só permite a secuenciación directa de fragmentos relativamente curtos de ADN (de 300 a 1000 nucleótidos), o ADN xenómico debe ser fragmentado en pequenos fragmentos antes de empezar a secuenciar.<ref name="genome sequencing">Dunham, I. ''Genome Sequencing''. Encyclopedia of Life Sciences, 2005.</ref> Nos proxectos de secuenciación de abaixo a arriba, o ADN [[reacción en cadea da polimerase|amplificado]] é roto ao azar en fragmentos do tamaño axeitado para a secuenciación. As lecturas de secuencias obtidas seguidamentes,que son os datos que conteñen as secuencias dos pequenos fragmentos, almacénanse nunha [[base de datos]]. O [[Proxectos xenoma|software de ensamblaxe]]<ref name="genome sequencing" /> busca despois nesta base de datos pares de lecturas que se solapan. Ensamblar as lecturas deses pares (incluíndo, por suposto, só unha copia da secuencia idéntica) produce unha lectura contigua máis longa (cóntigo) do ADn secuenciado. Ao repetir este proceso moitas veces, ao primeiro cos pares de bases curtas de lecturas iniciais pero despois utilizando pares cada vez máis longos que resultan da ensamblaxe dos anteriores, pode eterminarse a secuencia de ADN dun cromosoma completo.