OPrimeiro márcase o ADN dun organismo é marcado, despois é mesturado con ADN non marcado co que se quere comparar. A mestura de ambos incúbase para deixar que as febras de [[ADN]] se disocien e despois se volvan a reasociar, formando híbridos de ADN de dobre cadea. As secuencias hibridadas cun alto grao de semellanza vanse unir con máis facilidade e máis firmemente, e comprirá máis enerxía para separalas, é dicir, para separalas hai que quentalas a maior temperatura que as secuencias que non son similares, un proceso chamado "[[fusión do ADN]]".
Para avaliar o perfil de fusión dun ADN hibridado, o ADN bicatenario únese a unha columna de cromatografía e a mestura é quentada poucoen avarios poucopasos. En cada paso de quentado, lávase a columna; as secuencias que se "funden" (separan) comveértense en monocatenarias e son arrastradas polo lavado da columna. As temperaturas ás que o ADN marcado sae da columna reflicten a cantidade de semellanza entre secuencias que hai (e a mostra de auto-hibridación serve de control). Estes resultados combínanse para determinar o grao de simellanza xenética entre organismos.
