Xenómica: Diferenzas entre revisións

Contido eliminado Contido engadido
Miguelferig (conversa | contribucións)
Miguelferig (conversa | contribucións)
Liña 37:
A [[metaxenómica]] é o estudo dos ''metaxenomas'', é dicir, o material xenético recollido directamente de mostras ambientais. Este amplo campo pode denominarse tamén xenómica ambiental, ecoxenómica ou xenómica das comunidades. Mentres que a [[microbioloxía]] tradicional e a [[secuenciación xenómica]] microbiana dependen de cultivos clonais, as primeiras secuenciacións de xenes ambientais clonaban xenes específicos (xeralmente o xene do ARNr de 16S) para obter un [[ecoloxía microbiana|perfil de diversidade]] nunha mostra natural. Estes traballos indican que a gran maioría da [[biodiversidade|biodiversidade microbiana]] fora pasada por alto nos métodos baseados en cultivos microbiolóxicos.<ref name="Hugenholz1998"/> Estudos recentes usan a [[método de terminación de cadea|secuenciación de Sanger]] de "escopeta" ou a [[pirosecuenciación]] masivamente paralela para conseguir mostras en gran medida non nesgadas de todos os xenes de todos os membros das comunidades mostreadas.<ref name="Eisen2007"/> Debido ao seu poder para revelar a diversidade previamente agochada da vida microscópica, a metaxenómica ofrece unha poderosa lente para ver o mundo microbiano que ten o potencial de revolucionar o coñecemento de todo o mundo vivo.<ref name="MarcoD"/><ref name="MarcoD2011"/>
 
===Study systemsEstudo de sistemas ===
 
==== VirusesVirus ande bacteriophagesbacteriófagos ====
Os [[Bacteriophagebacteriófago]]s havexogaron playede andseguen continuexogando toun playpapel aclave keyna rolexenética inbacteriana bacteriale [[genetics]] andna [[bioloxía molecular biology]]. HistoricallyHistoricamente, theyforon wereusados usedpara todefinir definea [[gene]]estrutura structuredos andxenes genee regulationa regulación xénica. AlsoAdemais, theo firstprimeiro [[genomexenome]] toque befoi sequencedsecuenciado wasfoi ao [[bacteriophage]]dun bacteriófago. HoweverPorén, bacteriophagea investigación researchen didbacteriófagos notnon leadlevou theá genomicsrevolución revolutionxenómica, whichque isestá clearlyclaramente dominateddominada bypola bacterialxenómica genomicsbacteriana. OnlyO veryestudo recentlydos hasxenomas thede studybacteriófagos of bacteriophagese genomesfixo becomeimportante prominentmoi recentemente, therebyo enablingque researcherspermitiu toaos understandinvestigadores thecomprender mechanismsos underlyingmecanismos que subxacen na [[phage]evolución]+ dos evolutionfagos. As Bacteriophagesecuencias genomede sequencesxenomas cande bebacteriófagos obtainedpoden throughobterse directpor sequencingmedio ofda isolatedsecuenciación bacteriophagesdirecta de bacteriófagos illados, butpero canpoden alsotamén beser derivedderivados asde partpartes ofdos microbialxenomas genomesmicrobianos. AnalysisA ofanálise bacterialde genomesxenomas hasbacterianos shownmostrou thatque aunha substantialcantidade amountsubstancial ofde microbialADN DNAmicrobiano consistsconsta ofde secuencias de [[prophageprofago]]s sequencese andde prophage-likeelementos similares a elementsprofagos.<ref name="canchaya2003"/> A detailed database mining of these sequences offers insights into the role of prophages in shaping the bacterial genome.<ref name="McGrath"/><ref name="fouts2005"/>
 
==== CyanobacteriaCianobacterias ====
At present there are 24 [[cyanobacteria]] for which a total genome sequence is available. 15 of these cyanobacteria come from the marine environment. These are six ''[[Prochlorococcus]]'' strains, seven marine ''[[Synechococcus]]'' strains, ''[[Trichodesmium erythraeum]]'' IMS101 and ''[[Crocosphaera watsonii]]'' [[WH8501]]. Several studies have demonstrated how these sequences could be used very successfully to infer important ecological and physiological characteristics of marine cyanobacteria. However, there are many more genome projects currently in progress, amongst those there are further ''[[Prochlorococcus]]'' and marine ''[[Synechococcus]]'' isolates, ''[[Acaryochloris]]'' and ''[[Prochloron]]'', the N<sub>2</sub>-fixing filamentous cyanobacteria ''[[Nodularia spumigena]]'', ''[[Lyngbya aestuarii]]'' and ''[[Lyngbya majuscula]]'', as well as [[bacteriophage]]s infecting marine cyanobaceria. Thus, the growing body of genome information can also be tapped in a more general way to address global problems by applying a comparative approach. Some new and exciting examples of progress in this field are the identification of genes for regulatory RNAs, insights into the evolutionary origin of [[photosynthesis]], or estimation of the contribution of horizontal gene transfer to the genomes that have been analyzed.<ref name="Herrero"/>