Na maioría dos casos, a [[forza protón motriz]] (FPM) xérase por unha cadea transportadora de electróns, que actúa como unha bomba tanto demovendo electróns comae debombeando protóns, bombeando electróns en direccións opostas, creando unha separación de carga. Na mitocondria, a liberación de [[enerxía libre de Gibbs|enerxía libre]] desde a cadea transportadora de electróns, é utilizada para mover protóns desde a matriz mitocondrial ao espazo intermembrana da mitocondria. Mover os protones ao compartimento exterior crea alí unha concentración levemente alta de partículas cargadas positivamente (e como son H<sup>+</sup> diminúe alí o [[pH]]), tendo como resultado que un lado da membrana mitocondrial interna é máis positivo e o outro máis negativo (o gradiente eléctrico xerado é de aproximadamente -200 mV coa matriz negativa).
Esta diferenza de carga ten como resultado un [[gradiente electroquímico]]. Este gradiente componse dun gradiente de pH e un gradiente eléctrico. O gradiente de pH corresponde á diferenza na concentración do ión H<sup>+</sup>. Xuntos, o gradiente electroquímico de protóns corresponde á concentración como á diferencia de carga que se poida xerar, e denomínase forza protón motriz (FPM).
