A sistemática molecular é unha estratexia esencialmente [[cladística]], que asume que a clasificación debe corresponderse coa descendencia filoxenética, e que todos os [[taxon]]s válidos deben ser [[monofilético]]s.
Molecular systematics is an essentially [[Cladistics|cladistic]] approach: it assumes that classification must correspond to phylogenetic descent, and that all valid taxa must be [[monophyletic]].
O recente descubrimento de amplas [[transferencia horizontal de xenes|transferencias horizontais de xenes]] entre organismos proporciona unha complicación significativa á sistemática molecular, o que indica que xenes diferentes nun mesmo organismo poden ter diferentes filoxenias.
The recent discovery of extensive [[horizontal gene transfer]] among organisms provides a significant complication to molecular systematics, indicating that different genes within the same organism can have different phylogenies.