En lingüística histórica tamén se utiliza o concepto de linguas parafiléticas para comparar a orixe dos distintos idiomas a partir doutros idiomas anteriores, dun xeito similar a como fai a cladística cos seres vivos. Por exemplo, as [[linguas formosanas]] forman un grupo parafilético dosdas [[linguas austronesias]], xa que o termo se refire ás nove pólas da familia de linguas austronesias que non son [[linguas malaio-polinesias]] e están restrinxidas á illa de [[Taiwan]] (Formosa). <ref>Greenhill, Simon J. and Russell D. Gray. (2009.) "Austronesian Language and Phylogenies: Myths and Misconceptions About Bayesian Computational Methods," in ''Austronesian Historical Linguistics and Culture History: a Festschrift for Robert Blust'', edited by Alexander Adelaar and Andrew Pawley. Canberra: Pacific Linguistics, Research School of Pacific and Asian Studies, The [[Australian National University]].</ref>
