PubChem
PubChem é unha base de datos de moléculas. É un sistema operado e mantido polo National Center for Biotechnology Information (NCBI), parte da National Library of Medicine, dependente á súa vez dos National Institutes of Health estadounidenses. Pódese consultar gratuitamente a través de Internet, ademais de poder descargar os datos de millóns de estruturas vía FTP. A maioría das moléculas listadas en PubChem teñen un peso molecular inferior a 2000 uma. A American Chemical Society tentou restrinxir as súas actividades, alegando que competían co seu Chemical Abstracts Service. Máis de 50 provedores de bases de datos contribúen ao crecemento de PubChem.
![](http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/b/b6/PubChem_logo.svg/220px-PubChem_logo.svg.png)
Bases de datos
editarPubChem contén tres bases de datos primarias, en continuo crecemento:
Procuras
editarEsta sección precisa de máis fontes ou referencias que aparezan nunha publicación acreditada. Por favor, axude mellorando esta sección. |
Pódese buscar na base de datos mediante numerosos parámetros, incluíndo a estrutura química, nome dos fragmentos, fórmula química, peso molecular, XLogP e o número de enlaces de hidróxeno dadores e aceptores.
Ten un sistema propio de edición de moléculas baseado en SMILES/SMARTS e soporte de InChI que permite a importación e exportación dos formatos químicos máis comúns para buscar estruturas e fragmentos.
Cada resultado contén información sobre sinónimos, propiedades químicas (incluíndo as cadeas SMILES e InChI), bioactividade e enlaces a compostos relacionados estruturalmente, ademais de enlaces a outras bases de datos do NCBI, como PubMed.
Pódese buscar a partir de diferentes parámetros incluíndoos dentro de corchetes. Represéntase un rango numérico a partir de dous números separados con dous puntos (:). Os termos de procura non distinguen maiúsculas de minúsculas. Admítense paréntese e operadores lóxicos, como AND, OR e NOT. Se non se especifica ningún, asúmese AND.
Exemplo:
0:500[mw] 0:5[hbdc] 0:10[hbac] -5:5[logp]
Campos da base de datos
editarEsta sección precisa de máis fontes ou referencias que aparezan nunha publicación acreditada. Por favor, axude mellorando esta sección. |
Números de identificación | ||
• | Número de identificación na BBDD | [UID] |
• | Número de identificación de substancia | [SID] |
• | Número de identificación de composto | [CID] |
• | Número de identificación BioAssay | [BAID], [AID] |
Xeral | ||
• | Calquera campo da BBDD | [ALL] |
• | Comentario | [CMT] |
• | Data de alta | [DDAT], [DEPDAT] |
• | IDE externo do que deu a alta | [SRID], [SRCID] |
• | Nome da fonte | [SRC], [SRCNAM], [SRCNAME] |
• | Data de publicación da fonte | [SRD], [SRDAT], [RLSDAT] |
• | Termo Medical Subject Heading (MeSH) | [MSHT], [MESHT] |
• | Nodo da árbore MeSH | [MSHN], [MESHTN] |
• | Accións farmacolóxicas MeSH | [PHMA], [PHARMA] |
Propiedades da substancia | ||
• | Sinónimos | [SYNO] |
• | Nome IUPAC | [UPAC], [IUPAC] |
• | Identificador Químico Internacional (InChI) | [INCHI] |
• | Peso molecular | [MW], [MWT], [MOLWT] |
• | Elemento | [ELMT], [O] |
• | Átomos non de hidróxeno | [HAC], [HACNT] |
• | Número de isótopos | [IAC], [IACNT] |
• | Carga formal total | [TFC], [CHG], [CHRG] |
• | Número de átomos quirais | [ACC], [ACCNT] |
• | Número de átomos quirais dun determinado tipo | [ACDC], [ACDCNT] |
• | Número de átomos quirais non definidos | [ACUC], [ACUCNT] |
• | Número de aceptores de ponte de hidróxeno | [HBAC], [HBACNT] |
• | Número de dadores de ponte de hidróxeno | [HBDC], [HBDCNT] |
• | Número de tautómeros | [TC], [TCNT], [TTMC] |
• | Número de enlaces rotatorios | [RBC], [RBCNT] |
• | XLogP | [XLGP], [LOGP] |
Propiedades do composto | ||
• | Sinónimos do composto | [CSYN], [CSYNO] |
• | Número de compoñentes | [CC], [CCNT] |
• | Número de enlaces covalentes | [CUC], [CUCNT] |
• | Número de bioactividade | [TAC] |