Feixe de hélices
Un feixe de hélices (helix bundle) é un pequeno pregamento de proteínas composto de varias hélices alfa, que xeralmente adoitan estar case paralelas ou antiparalelas entre si.
Feixes de tres hélices editar
Os feixes de tres hélices son dos dominios estruturais máis pequenos e rápidos coñecidos de pregamento cooperativo.[1] O feixe de tres hélices no chamado dominio auricular da vilina é de só 36 aminoácidos de longo e é moi estudado en simulacións de dinámica molecular porque o seu tempo de pregamento a escala de microsegundos está dentro das escalas de tempo accesibles para a simulación.[2][3] A proteína accesoria do VIH de 40 residuos ten un pregamento moi similar e foi tamén obxecto dun intenso estudo.[4] Non hai un motivo de secuencia xeral asociado cos feixes de tres hélices, polo que non se pode necesariamente predicilos só a partir da secuencia. Os feixes de tres hélices adoitan aparecer en proteínas que se unen á actina e en proteínas que se unen ao ADN.
Feixes de catro hélices editar
Os feixes de catro hélices constan de catro hélices empaquetadas nun arranxo en hélice superenrolada cun núcleo hidrófobo estreitamente empaquetado estericamente no centro. Pares de hélices adxacentes poden xeralmente ser estabilizadas adicionalmente por pontes salinas entre aminoácidos cargados. Os eixes das hélices están tipicamente orientados a uns 20 graos das hélices veciñas, unha inclinación moito menor que na estrutura helicoidal máis grande do pregamento de globina.[5]
A topoloxía específica das hélices depende da proteína: as hélices que están adxacentes en secuencia son a miúdo antiparalelas, aínda que é tamén posible adoptar ligazóns antiparalelas entre dous pares de hélices paralelas. Como as hélices superenroladas dímeras son de seu bastante estables, os feixes de catro hélices poden ser dímeros de pares superenrolados, como na proteína Rop. Os feixes de catro hélices poden ter estabilidade térmica a máis de 100 °C. Outros exemplos de feixes de catro hélices son os citocromos, ferritina, hormona do crecemento humana, certas citocinas,[5] e o C-terminal do represor Lac. O pregamento en feixe de catro hélices foi un obxectivo atractivo para o deseño de proteínas de novo, e foron deseñadas con éxito de novo numerosas proteínas de feixe de catro hélices por métodos racionais[6] e combinatorios.[7] Aínda que a secuencia non está conservada entre o feixes de catro hélices, os padróns de secuencia tenden imitar os das estruturas de hélice superenrolada, nas cales cada cuarto e sétimo residuo é hidrófobo.
Notas editar
- ↑ Wickstrom, L; Okur, A; Song, K; Hornak, V; Raleigh, DP; Simmerling, CL. (2006). "The unfolded state of the villin headpiece helical subdomain: computational studies of the role of locally stabilized structure". J Mol Biol 360 (5): 1094–107. PMC 4805113. PMID 16797585. doi:10.1016/j.jmb.2006.04.070.
- ↑ Duan, Y; Kollman, PA. (1998). "Pathways to a protein folding intermediate observed in a 1-microsecond simulation in aqueous solution". Science 282 (5389): 740–4. Bibcode:1998Sci...282..740D. PMID 9784131. doi:10.1126/science.282.5389.740.
- ↑ Jayachandran, G; Vishal, V; Pande, VS. (2006). "Using massively parallel simulation and Markovian models to study protein folding: examining the dynamics of the villin headpiece". J Chem Phys 124 (16): 164902. Bibcode:2006JChPh.124p4902J. PMID 16674165. doi:10.1063/1.2186317.
- ↑ Herges, T; Wenzel, W. (2005). "In silico folding of a three helix protein and characterization of its free-energy landscape in an all-atom force field". Phys Rev Lett 94 (1): 018101. Bibcode:2005PhRvL..94a8101H. PMID 15698135. arXiv:physics/0310146. doi:10.1103/PhysRevLett.94.018101.
- ↑ 5,0 5,1 Branden C, Tooze J. (1999). Introduction to Protein Structure 2nd ed. Garland Publishing: New York, NY.
- ↑ Regan, L.; DeGrado, W. F. (1988). "Characterization of a helical protein designed from first principles". Science 241 (4868): 976–978. Bibcode:1988Sci...241..976R. PMID 3043666. doi:10.1126/science.3043666.
- ↑ Hecht, MH; Das, A; Go, A; Bradley, LH; Wei, Y (2004). "De novo proteins from designed combinatorial libraries". Protein Science 13 (7): 1711–1723. PMC 2279937. PMID 15215517. doi:10.1110/ps.04690804.