Peptidil transferase
A peptidil transferase é un ribozima situado na subuinidade maior do ribosoma con actividade de aminoaciltransferase (EC 2.3.2.12), que exerce a principal actividade enzimática do ribosoma, creando enlaces peptídicos entre aminoácidos adxacentes portados por ARNt durante a biosíntese de proteínas (tradución). Os substratos da reacción da peptidil transferase son un peptidil-ARNt (un ARNt que leva unido unha cadea peptídica que se está sintetizando no ribosoma) e un aminoacil-ARNt (un ARNt que leva unido un aminoácido, que é o seguinte aminoácido que será engadido a dita cadea). A cadea polipeptídica en formación e o aminoácido están unidos cada un ao seu ARNt por enlace éster ao átomo de O nos extremos CCA-3' de ditos ARNt.[1]:437–8 A peptidil transferase cataliza a adición do residuo de aminoácido unido a un dos ARNt para que creza a cadea polipeptídica unida ao outro ARNt durante a síntese de proteínas.[2] A actividade de peptidil tansferase non se encontra na parte proteica do ribosoma, senón que depende enteiramente dun ARNr da subunidade ribosómica maior, polo que actúa como un ribozima, e cataliza a formación de enlaces peptídicos.[3] O aliñamento entre os extremos CCA do peptidil-ARNt unido ao ribosoma e o aminoacil-ARNt no centro activo da peptidil transferase contribúe á súa capacidade de catalizar estas reaccións.[4] Esta reacción ocorre por medio dun desprazamento nucleofílico. O grupo amino do aminoacil-ARNt ataca o grupo carboxilo terminal do peptidil-ARNt.[3] É un ribozima cunha secuencia de nucleótidos que foi moi conservada durante a evolución. A existencia de ribozimas como este apoia a hipótese do mundo de ARN, na que o ARN tería un papel fundamental na orixe da vida.[5]
- En procariotas, esta actividade está situada na subunidade ribosómica de 50S, concretamente no ARNr 23S.[1]:1062
- En eucariotas, esta actividade está situada na subunidade ribosómica dee 60S e depende do ARNr 28S.
| Peptidil transferase | |||
|---|---|---|---|
| Estruturas dispoñibles | |||
| PDB | |||
| Identificadores | |||
| Identificadores externos | Bases de datos de encimas
| ||
| Número EC | 2.3.2.12 | ||
| Número CAS | 9059-29-4 | ||
| Ortólogos | |||
| Especies |
| ||
| PubMed (Busca) |
| ||
| PMC (Busca) |
| ||
Hai outros enzimas peptidil transferases que non funcionan na tradución, pero son relativamente poucos os enzimas con esta función.
Función e mecanismo editar
A peptidil transferase acelera a reacción ao diminuír a enerxía de activación da reacción. Fai isto proporcionando a orientación axeitada para que ocorra a reacción. Proporciona a necesaria proximidade dos reactivos, xa que os achega, pero non proporciona un mecanismo alternativo, senón que simplemente facilita que o substrato teña a correcta orientación, incrementando a probabilidade de que o mecanismo funcione.[6]
O ribosoma editar
Nunha estrutura ribosómica hai tres sitios de unión de moléculas, que son os sitios P, A e E. O sitio A é o sitio aminoacil onde se une o aminoacil-ARNt. A estrutura do sitio A contén un residuo de aminoácido unido por enlace éster e alí hai unha amina libre. O sitio P é o sitio peptidil, onde se une outro ARNt coa cadea polipeptídica en crecemento. O sitio E é o sitio de saída (exit en inglés), onde están os ARNt que deixaron o seu aminoácido e saen seguidamente do ribosoma.[6]
Mecanismo editar
En canto ao mecanismo,[6] a reacción catalizada polo centro peptidil transferase do ribosoma é a aminólise dun enlace éster, na que o grupo α-amino nucleofílico do aminoacil-ARNt do sitio A ataca o carbono do carbonilo do enlace éster que une o residuo peptídico do peptidil-ARNt do sitio P. O ataque do grupo α-NH2 sobre o carbono do carbonilo do éster ten como resultado a formación dun estado de transición de seis membros no cal o grupo 2′-OH do residuo ribosa A76 do sitio A doa o seu protón ao oxíxeno 3′ saínte adxacente e simultaneamente recibe un protón do grupo amino.[7]
Diana de antibióticos editar
Os seguintes inhibidores da síntese de proteínas teñen como diana a peptidil transferase:
- O cloranfenicol únese[8] aos residuos A2451 e A2452 do ARNr 23S do ribosoma e inhibe a formación do enlace peptídico.
- As pleuromutilinas tamén se unen á peptidil transferase.[9]
- Os antibióticos macrólidos crese que inhiben a peptidil transferase, ademais de inhibiren a translocación do ribosoma.[10]
Notas editar
- ↑ 1,0 1,1 Garrett RH, Grisham CM (2012). Biochemistry (5th ed.). Belmont CA: Brooks/Cole. ISBN 978-1-133-10629-6.
- ↑ "Peptidyl Transferase - Acyltransferases - Transferases - Enzymes - Products". www.axonmedchem.com. Consultado o 2018-11-10.
- ↑ 3,0 3,1 "Part Three: Gene Expression and Protein Synthesis". www.bx.psu.edu. Consultado o 2018-10-30.
- ↑ Moore PB, Steitz TA (February 2003). "After the ribosome structures: how does peptidyl transferase work?". RNA 9 (2): 155–9. PMC 1370378. PMID 12554855. doi:10.1261/rna.2127103.
- ↑ Polacek N, Mankin AS. The ribosomal peptidyl transferase center: structure, function, evolution, inhibition. Crit Rev Biochem Mol Biol. 2005 Sep-Oct;40(5):285-311. PMID 16257828 DOI: 10.1080/10409230500326334
- ↑ 6,0 6,1 6,2 Catalyst University. "Peptidyl Transferase/Ribosome Physiology, Biochemistry, and Mechanism". Consultado o 2018-10-07.
- ↑ Malte Beringer, Marina V. Rodnina. The Ribosomal Peptidyl Transferase (review). Molecular cell. Volume 26, Issue 3, 11 May 2007, Pages 311-321. [1]
- ↑ Gu Z, Harrod R, Rogers EJ, Lovett PS (June 1994). "Anti-peptidyl transferase leader peptides of attenuation-regulated chloramphenicol-resistance genes". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 91 (12): 5612–6. Bibcode:1994PNAS...91.5612G. PMC 44046. PMID 7515506. doi:10.1073/pnas.91.12.5612.
- ↑ Long KS, Hansen LH, Jakobsen L, Vester B (April 2006). "Interaction of pleuromutilin derivatives with the ribosomal peptidyl transferase center" (PDF). Antimicrobial Agents and Chemotherapy 50 (4): 1458–62. PMC 1426994. PMID 16569865. doi:10.1128/AAC.50.4.1458-1462.2006. Arquivado dende o orixinal (PDF) o 11 de xuño de 2011. Consultado o 15 de xaneiro de 2020.
- ↑ Kaiser G. "Protein synthesis inhibitors: macrolides mechanism of action animation. Classification of agents". Pharmamotion. The Community College of Baltimore County. Archived from the original on 26 de decembro de 2008. Consultado o July 31, 2009.
Véxase tamén editar
Outros artigos editar
Ligazón externa editar
- Peptidyl transferases Medical Subject Headings (MeSH) na Biblioteca Nacional de Medicina dos EUA.