[[Imaxe:GD-EG-Caire-Musée159.JPG|right|thumb|200px|Trono de "TutanjatónTutankhatón" no [[Museo Exipcio do Cairo]]. Presidindo a escena o deus [[Atón]]]]
As súas orixes son incertas. Segundo varios [[exiptólogo]]s sería fillo de [[AjenatónAkhenatón]] e dunha das súas esposas menores, a raíña [[Kiya]]; outros o consideran fillo de [[Amenhotep III]] e a súa propia filla, a princesa [[Sitamón]]. Esta afirmación baséase no feito de que Tutanjamón (Tutankhamón) sempre se autotitulóautotitulóu "fillo de Amenhotep III" e a que na súa tumba atopásese unha cadeira de brazos, ou trono, en cuxo respaldo está representada ''Sitamón'', e un látigo pertencente ao príncipe [[Thutmose]]. Tamén había un mechón de cabelo da raíña [[Tiy]], a súa suposta avoa segundo as dúas teorías (por ser nai de Ajenatón e de Sitamón), e unha figura de Amenhotep III. Con todo non había ningún utensilio de Ajenatón ou dalgunha das súas esposas. En cambio achouse a tapa dunha caixa que representa á princesa ''Neferneferura'', filla de Ajenatón e de Nefertiti e xa que logo irmá da súa esposa.
A este aluvión de datos engádese o achado da momia, na chamada tomba [[KV55]], dun home de idade madura que moitos ven como os restos do propio AjenatónAkhenatón, ou ben de Semenejkara (se é que este chegou a existir e non foi Nefertiti "disfrazada"). O certo é que o parecido entre a momia da Tumba KV55 e a de Tutankhamón é notable, e coinciden no grupo sanguíneo. Isto indica que o máis seguro é que o noso rei-neno:
# Foi o fillo nacido de AjenatónAkhenatón e Kiya (a hipótese máis seguida na actualidade).
# Foi irmán de Semenejkara, o que deixaría aberta a vía de que ambos os príncipes fosen fillos nacidos de Amenhotep III e Sitamón.
