Electroforese en xel bidimensional: Diferenzas entre revisións
Contido eliminado Contido engadido
Recuperando 3 fontes e etiquetando 0 como mortas.) #IABot (v2.0.1 |
Recuperando 1 fontes e etiquetando 0 como mortas.) #IABot (v2.0.2 |
||
Liña 40:
En [[proteómica cuantitativa]], estas ferramentas analizan primariamente biomarcadores para cuantificar proteínas individuais e mostran a separación entre unha ou máis "manchas " de proteínas nunha imaxe escaneada dun xel bidimensional. Adicionalmente, estas ferramentas establecen as correspondencias entre manchas de xeles de mostras similares para poñer en evidencia, por exemplo, as diferenzas proteómicas entre os estadios iniciais e avanzados dunha enfermidade. Entre os paquetes de [[software]] están Delta2D, ImageMaster, Melanie, PDQuest, Progenesis e REDFIN, entre outros.<ref>Protocols on line [https://www.protocolsonline.com/protein-science/two-dimensional-gel-electrophoresis/ Two-dimensional gel electrophoresis]</ref> Aínda que esta tecnoloxía se utiliza amplamente, a súa intelixencia non foi perfeccionada. Por exemplo, aínda que PDQuest e Progenesis tenden a concordar na cuantificación e análise de manchas de proteínas ben definidas e ben separadas, dan lugar a diferentes resultados e tendencias de análise cando as manchas son menos definidas e menos separadas.<ref>{{Cita publicación periódica |vauthors=Arora PS, Yamagiwa H, Srivastava A, Bolander ME, Sarkar G |title=Comparative evaluation of two two-dimensional gel electrophoresis image analysis software applications using synovial fluids from patients with joint disease |journal=J Orthop Sci |volume=10 |issue=2 |pages=160–66 |year=2005 |pmid=15815863 |doi=10.1007/s00776-004-0878-0 |url=http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0949265815327391}}</ref>
Os retos aos que se enfronta a análise baseada en software son a presenza de manchas incompletamente separadas (solapantes), é dicir, menos definidas ou separadas, as manchas débiles/ruído (por exemplo, as "manchas fantasma"), as diferenzas á hora de "correr" diferentes xeles (por exemplo, a proteína migra a diferentes posicións en diferentes xeles), as manchas sen correspondencia/indetectadas, que conducen a [[valores perdidos]],<ref>{{Cita publicación periódica |vauthors=Pedreschi R, Hertog ML, Carpentier SC, etal |title=Treatment of missing values for multivariate statistical analysis of gel-based proteomics data |journal=Proteomics |volume=8 |issue=7 |pages=1371–83 |date=April 2008 |pmid=18383008 |doi=10.1002/pmic.200700975 }}</ref><ref>{{Cita web |url=http://www.totallab.com/products/samespots/support/faq/missing-values.aspx |título=What are missing values, and why are they a problem? |data-acceso=12 de marzo de 2015 |urlarquivo=https://web.archive.org/web/20150312131240/http://www.totallab.com/products/samespots/support/faq/missing-values.aspx |dataarquivo=12 de marzo de 2015 |urlmorta=
Poden utilizarse listas de ''picking'' xeradas para a [[dixestión en xel]] automatizada de manchas de proteínas e a subseguinte identificación das proteínas por [[espectrometría de masas de proteínas|espectrometría de masas]].
| |||