Proxecto Xenoma Humano: Diferenzas entre revisións

O feito de que o obradoiro de Santa Fe fose promovido e apoiado por unha axencia federal abriu o camiño, que, non obstante, era difícil e tortuoso (Cook-Deegan),<ref>Gene Wars, Op Cit,</ref> para que a idea se convertese nunha política gobernamental. Nun memorando ao Vicesecretario para a Investigación enerxética (Alvin Trivelpiece), o director do OHER, Charles DeLisi, perfilou un plan para o proxecto.<ref>{{Cita web|url=https://repository.library.georgetown.edu/handle/10822/556935/discover?filtertype=author&filter_relational_operator=equals&filter=DeLisi%2C+Charles|title=Search|work=georgetown.edu}}</ref> Con isto deu comezo unha longa e complexa cadea de acontecementos que levaron a reprogramar os orzamentos que permitiron á OHER poñer en marcha o Proxecto en 1986, e recomendar unha partida orzamentaria para o PXH, que figuraba na presentación do orzamento de 1986 do presidente Regan (Cook-Deegan),<ref>Gene Wars, Op.Cit.p 102</ref> e finalmente foi aprobado polo Congreso. De especial importancia para conseguir a aprobación do Congreso foi o apoio do senador Peter Domenici, con quen DeLisi fixera amizade.<ref>{{Cita web|url=http://clinton5.nara.gov/WH/new/html/Mon_Jan_8_141714_2001.html|title=President Clinton Awards the Presidential Citizens Medals|work=nara.gov|data-acceso=18 de xullo de 2015|urlarquivo=https://www.webcitation.org/6AL8Cuzrn?url=http://clinton5.nara.gov/WH/new/html/Mon_Jan_8_141714_2001.html|dataarquivo=31 de agosto de 2012|urlmorta=siyes}}</ref> Domenici presidía o Comité do Senado sobre Enerxía e Recursos Naturais, e tamén o Comité de Orzamentos, ambos os dous claves para o proceso de aprobación dos orzamentos do DOE. O Congreso engadiu unha cantidade comparable ao orzamento dos NIH, empezando así o financiamento oficial do Proxecto por ambas as axencias.

O Dr. [[Alvin Trivelpiece]] procurou e obtivo a aprobación da proposta de DeLisi polo subsecretario [[William Flynn Martin]]. Isto<ref>{{Cita web |url=http://www.wpainc.com/Archive/Trivelpiece/HGP%20Presenation.jpg |título=Copia arquivada |data-acceso=18 de xullo de 2015 |urlarquivo=https://web.archive.org/web/20160303221351/http://www.wpainc.com/Archive/Trivelpiece/HGP%20Presenation.jpg |dataarquivo=03 de marzo de 2016 |urlmorta=siyes }}</ref> foi utilizado na primavera de 1986 por Trivelpiece, entón Director da Oficina de Investigación Enerxética do Departamento de Enerxía, para informar a Martin e ao subsecretario Joseph Salgado sobre a súa intención de reprogramar 4 millóns de dólares para iniciar o proxecto coa aprobación do [[John S. Herrington|Secretario Herrington]]. Esta reprogramación foi seguida por unha partida orzamentaria de 16 millóns de dólares no presuposto de 1987 da administración Regan que foi sometido ao Congreso.<ref>{{Cita publicación periódica|last=DeLisi|first=Charles|title=Meetings that changed the world: Santa Fe 1986: Human genome baby-steps|journal=Nature|date=2008|volume=455|issue=7215|page=876|bibcode = 2008Natur.455..876D |doi = 10.1038/455876a}}</ref> Foi aprobado polas dúas cámaras.<ref>{{Cita publicación periódica|last=DeLisi|first=Charles|title=The Human Genome Project|journal=American Scientist|date=1988|volume=76|page=488|bibcode = 1988AmSci..76..488D}}</ref>

Axiña se empezaron a considerar tecnoloxías candidatas para o proxecto proposto, polo menos desde 1985.<ref>{{Cita publicación periódica |last=DeLisi |first=Charles |date=2001 |url=http://genome.gsc.riken.go.jp/hgmis/publicat/hgn/v11n3/05delisi.html |title=Genomes: 15 Years Later A Perspective by Charles Deli, HEP Pioneer |journal=Human Genome News |volume=11 |pages=3–4 |accessdate=2005-02-03 |apelidos= |data= |revista= |urlarquivo=https://web.archive.org/web/20050908030212/http://genome.gsc.riken.go.jp/hgmis/publicat/hgn/v11n3/05delisi.html |dataarquivo=08 de setembro de 2005 |urlmorta=siyes }}</ref>

En 1990, as dúas principais axencias que financiaban o proxecto, a DOE e os NIH, realizaron un memorando de entendemento para coordinar os plans e establecer o calendario para a iniciación do Proxecto en 1990.<ref name=hgmis>{{Cita novas |url=http://www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/project/about.shtml |title=About the Human Genome Project: What is the Human Genome Project |publisher=The Human Genome Management Information System (HGMIS) |date=2011-07-18 |accessdate=2011-09-02 |urlarquivo=https://web.archive.org/web/20110902062606/http://www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/project/about.shtml |dataarquivo=02 de setembro de 2011 |urlmorta=siyes }}</ref> Daquela, David Galas era o Director da rebautizada “Oficina de Investigación Biolóxica e Ambiental” na Oficina de Ciencia do Departamento de Enerxía, e [[James Watson]] encabezaba o Proxecto Xenoma dos NIH. En 1993, Aristides Patrinos sucedeu a Galas e [[Francis Collins]] sucedeu a James Watson, asumindo o papel de xefe do proxecto conxunto como Director do Centro Nacional para a Investigación do Xenoma Humano dos NIH (que máis tarde se chamaría [[Instituto Nacional de Investigación do Xenoma Humano]]).

O proxecto de 3000 millóns de dólares que fora creado oficialmente en 1990 polo Departamento de Enerxía e os NIH esperábase que se rematase en 15 anos.<ref name=human>{{Cita web|author= Human Genome Information Archive|url= http://www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/project/about.shtml|title= About the Human Genome Project|publisher= U.S. Department of Energy & Human Genome Project program|accessdate= 1 August 2013|urlarquivo= https://web.archive.org/web/20110902062606/http://www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/project/about.shtml|dataarquivo= 02 de setembro de 2011|urlmorta= siyes}}</ref> Ademais dos Estados Unidos, o consorcio internacional incluía xenetistas de Reino Unido, Francia, Australia, China e moitos outros socios espontáneos.<ref>{{Cita web|author= Collins F|author2= Galas D |url=http://www.genome.gov/10001476 |title=A New Five-Year Plan for the United States: Human Genome Program|publisher=National Human Genome Research Institute |date=1993-10-01 | accessdate=1 August 2013}}</ref>

Debido á estensa cooperación internacional e aos avances no campo da xenómica (especialmente na [[análise de secuencias]]), e aos grandes avances na tecnoloxía da computación, finalizouse un primeiro borrador do xenoma en 2000 (anunciado polo presidente norteamericano [[Bill Clinton]] e o primeiro ministro británico [[Tony Blair]] o 26 de xuño de 2000).<ref>{{Cita web |url=http://www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/project/clinton1.shtml |title=White House Press Release |accessdate=2006-07-22}}</ref> A primeira ensamblaxe dispoñíble deste primeiro borrador foi completada polo Grupo de Bioinformática do Xenoma da [[Universidade de California, Santa Cruz]], principalmente liderado por [[Jim Kent]]. Os traballos de secuenciación continuaron e publicouse o xenoma case completo o 14 de abril de 2003, dous anos antes do previsto.<ref>{{Cita novas |url=http://news.bbc.co.uk/1/hi/sci/tech/2940601.stm |title=Human genome finally complete |accessdate=2006-07-22 |date=2003-04-14 |work=BBC News |first=Ivan |last=Noble}}</ref><ref>{{Cita novas|url=http://www.nytimes.com/2013/04/16/science/the-human-genome-project-then-and-now.html|title=Human Genome, Then and Now|last=Kolata|first=Gina|date=15 April 2013|work=The New York Times|accessdate=24 April 2014}}</ref> En maio de 2006, completouse a secuenciación que faltaba do [[cromosoma 1]], que foi publicada en ''[[Nature]]''.<ref>{{Cita novas |url=http://www.guardian.co.uk/uklatest/story/0,,-5829253,00.html |title=Guardian Unlimited &#124;UK Latest &#124; Human Genome Project finalised |accessdate=2006-07-22 |work=The Guardian |location=London |archiveurl=https://web.archive.org/web/20071012170819/http://guardian.co.uk/uklatest/story/0,,-5829253,00.html |archivedate=12 de outubro de 2007 |urlmorta=nonyes }}</ref>

O PXH non pretendía secuenciar todo o ADN que se encontra nas células humanas. O que se secuenciaou foron só as rexións [[eucromatina|eucromáticas]] do xenoma, que supoñen un 90% do xenoma. As outras rexión, chamadas [[heterocromatina|heterocromáticas]] están nas zonas dos [[centrómero]]s e [[telómero]]s dos cromosomas, e non conteñen xenes, e non foron secuenciadas dentro deste proxecto.<ref name=Genoscope>{{Cita web|title=The Human Genome Project FAQ|url=http://www.genoscope.cns.fr/spip/The-Human-Genome-Project.html?artsuite=1#FAQ2|website=Genoscope|publisher=Centre National de Séquençage|accessdate=12 February 2015|urlarquivo=https://web.archive.org/web/20150722060952/http://www.genoscope.cns.fr/spip/The-Human-Genome-Project.html?artsuite=1#FAQ2|dataarquivo=22 de xullo de 2015|urlmorta=siyes}}</ref>

Para realizar a secuenciación o xenoma fragmentouse en cachos pequenos de aproximadamente de 150.000 pares de bases.<ref name=wellcome>Wellcome Trust Sanger Institute. "The Human Genome Project: a new reality". Wellcome Trust Sanger Institute, Genome Research Limited. Retrieved 1 August 2013. [http://www.sanger.ac.uk/about/history/hgp/] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20130801231124/http://www.sanger.ac.uk/about/history/hgp/ |date=01 de agosto de 2013 }}</ref> Estes fragmentos son despois ligados nun tipo de vector coñecido como "[[cromosoma artificial bacteriano]]", ou BAC, que deriva de cromosomas bacterianos que foron sometidos a enxeñaría xenética. Os vectores que conteñen os xenes poden inserirse en bacterias, onde son copiados pola maquinaria de [[replicación do ADN]] bacteriana. Cada un destes fragmentos foi despois secuenciado separadamente como un pequeno proxecto de [[secuenciación de escopeta|secuenciación de "escopeta"]] (''shotgun'') e despois ensamblados. Isto denomínase "shotgun xerárquico", porque o xenoma primeiro se rompe en cachos relativamente grandes, que son despois mapados en [[cromosoma]]s antes de ser seleccionados para a secenciación.<ref>{{Cita web|url= http://www.ocf.berkeley.edu/~edy/genome/celera.html|title=Celera: A Unique Approach to Genome Sequencing | work= ocf.berkeley.edu|date=2006|publisher=Biocomputing | accessdate=1 August 2013}}</ref><ref>{{Cita web |author =Davidson College |url =http://www.bio.davidson.edu/courses/genomics/method/shotgun.html |title =Sequencing Whole Genomes: Hierarchical Shotgun Sequencing v. Shotgun Sequencing |work =bio.davidson.edu |date =2002 |publisher =Department of Biology, Davidson College |accessdate =1 August 2013 |urlarquivo =https://web.archive.org/web/20130909113704/http://www.bio.davidson.edu/courses/genomics/method/shotgun.html |dataarquivo =09 de setembro de 2013 |urlmorta =siyes }}</ref>

* O Consorcio Internacional calculou que o [[xenoma humano]] contén uns 20.500 [[xene]]s.<ref>{{Cita web|url=http://www.genome.gov/12011238|title=An Overview of the Human Genome Project|work=genome.gov|data-acceso=22 de xullo de 2015|urlarquivo=https://web.archive.org/web/20150704182421/http://www.genome.gov/12011238|dataarquivo=04 de xullo de 2015|urlmorta=siyes}}</ref>