Bioconductor: Diferenzas entre revisións

Contido eliminado Contido engadido
Elisardojm (conversa | contribucións)
arranxiño redacción
m Correcciones ortográficas con Replacer (herramienta en línea de revisión de errores)
 
Liña 25:
A meirande parte dos paquetes de Bioconductor créanse no formato de paquetes de [[R (linguaxe de programación)|R]], que son módulos engadidos á base de R.
 
Os primeiros paquetes creados no proxecto de Bioconductor centráronse na análise de datos dunha canle de [[Affymetrix]] e unha ou dúas canles de [[Micromatriz de ADN|microarrays]] de [[ADN complementario]] ou [[Oligonucleótido|oligo]].<ref name="Gentleman_2004" /> Arestora, Bioconductor fornece as estruturas base e a metodoloxía necesaria para as análises a escala global de xenomas e de secuenciación de nova xeración nun entornocontorno de R. Permite a anotación e ten ferramentas para a análise de microarrays.<ref name="dudoit_2003">{{Cita publicación periódica| issn = 0736-6205| volume = Suppl| pages = 45–51| last1 = Dudoit| first1 = Sandrine| last2 = Gentleman| first2 = Robert C.| last3 = Quackenbush| first3 = John| title = Open source software for the analysis of microarray data| journal = BioTechniques| date = 2003-03| pmid = 12664684}}</ref><ref name="gatto_2014">{{Cita publicación periódica| doi = 10.1016/j.bbapap.2013.04.032| issn = 1570-9639| volume = 1844| issue = 1| pages = 42–51| last1 = Gatto| first1 = Laurent| last2 = Christoforou| first2 = Andy| title = Using R and Bioconductor for proteomics data analysis| journal = Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics| series = Computational Proteomics in the Post-Identification Era| accessdate = 2017-07-26| date = 2014-01-01| url = http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1570963913001866}}</ref> Agora conta con librarías para o procesamento de datos de secuenciación masiva de ADN, ARN, inmunoprecipitación de cromatina, Hi-C, metilomas ou perfís ribosomais.<ref name="gatto_2014" />
 
Segundo o proxecto foi avanzando, en especial no 2008, fóronse creando outros paquetes para Bioconductor que aumentaron os seus campos de aplicación tanto ás novas técnicas de secuenciación masiva como á análise de datos xenómicos obtidos con [[Análise en serie da expresión xénica|SAGE]], de secuencias, ou de [[Polimorfismo dun só nucleótido#Análise de SNPs|SNPs]], [[proteómica]] e [[Espectrómetro de masas|espectrometría de masas]].<ref name="gatto_2014" /><ref name="gatto_2015">{{Cita publicación periódica| doi = 10.1002/pmic.201400392| issn = 1615-9853| volume = 15| issue = 8| pages = 1375–1389| last1 = Gatto| first1 = Laurent| last2 = Breckels| first2 = Lisa M| last3 = Naake| first3 = Thomas| last4 = Gibb| first4 = Sebastian| title = Visualization of proteomics data using R and Bioconductor| journal = Proteomics| accessdate = 2017-07-26| date = 2015-04| url = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4510819/| pmid = 25690415}}</ref>