As árbores [[filoxenia|filoxenéticas]] baseadas nas secuencias dos [[ARNr 16S]] de 16S indican que o xénero ''Actinomyces'' é bastante diverso, e mostra unha ramificación [[polifilético|polifilética]] en varios grupos distintos. O xénero ''Actinomyces'' e ''[[Mobiluncus]]'' forman un [[clado]] [[monofilético]] na árbore filoxenética construída usando as secuencias das proteínas [[RpoB]], [[RpoC]] e [[xirase|ADN xirase B]]. Este clado está tamén moi apoiado pola presenza nel dun [[indel sinatura conservado]] formado por unha inserción de 3 [[aminoácido]]s na [[Isoleucina—ARNt ligase|isoleucina-ARNt sintetase]], xa que se encontra só nas especies dos xéneros ''Actinomyces'' e ''Mobiluncus''.<ref>{{cita publicación periódica|doi=10.1128/MMBR.05011-11|título=Phylogenetic Framework and Molecular Signatures for the Main Clades of the Phylum Actinobacteria|revista=Microbiol. Mol. Biol. Rev.|ano=2012|volume=76|número=1|páxinas=66-112|autor=Beile Gao|autor2=Radhey S. Gupta}}</ref>
