A expresión dos [[xene]]s está influenciada pola forma na que o ADN está empaquetado en cromosomas, nunha estrutura denominada [[cromatina]]. As modificacións de bases poden estar implicadas no empaquetamento do ADN: as rexións que presentan unha [[expresión xénica]] baixa ou nula normalmente conteñen niveis altos de [[metilación do ADN|metilación]] das bases [[citosina]]. Por exemplo, a metilación de citosina produce [[5-metilcitosina]], que é importante para a [[inactivación do cromosoma X]].<ref>{{Cita publicación periódica|autor=Klose R, Bird A |título=Genomic DNA methylation: the mark and its mediators | revista=Trends Biochem Sci |volume=31 |número=2 | páxinas=89–97 |ano=2006 |pmid=16403636 |doi=10.1016/j.tibs.2005.12.008}}</ref> O nivel medio de metilación varía entre organismos: o verme ''[[Caenorhabditis elegans]]'' non presenta metilación de citosina, mentres que os [[vertebradovertebrados]]s presentan un nivel alto, de modo que ata o 1% do seu ADN contén 5-metilcitosina.<ref>{{Cita publicación periódica|autor=Bird A |título=DNA methylation patterns and epigenetic memory | revista=Genes Dev |volume=16 |número=1 | páxinas=6–21 |ano=2002 |pmid=11782440 |doi=10.1101/gad.947102}}</ref> Malia a importancia da 5-metilcitosina, esta pode [[desaminación|desaminarse]] para xerar unha base [[timina]]. As citosinas metiladas son, por tanto, particularmente sensibles ás [[mutación]]s.<ref>{{Cita publicación periódica|autor=Walsh C, Xu G |título=Cytosine methylation and DNA repair | revista=Curr Top Microbiol Immunol |volume=301 |número=| páxinas=283–315 |ano=2006|pmid=16570853 |doi=10.1007/3-540-31390-7_11}}</ref> Outras modificacións de bases inclúen a [[metilación]] de [[adenina]] en [[bacteria]]s, e a [[glicosilación]] que orixina a "[[base J]]" en [[cinetoplástidos]] (que pode considerarse un [[uracilo]] glicosilado).<ref>{{Cita publicación periódica|autor=Ratel D, Ravanat J, Berger F, Wion D |título=N6-methyladenine: the other methylated base of DNA | revista=Bioessays |volume=28 |número=3 | páxinas=309–15 |ano=2006 |pmid=16479578 | doi = 10.1002/bies.20342}}</ref><ref>{{Cita publicación periódica|autor=Gommers-Ampt J, Van Leeuwen F, de Beer A, Vliegenthart J, Dizdaroglu M, Kowalak J, Crain P, Borst P |título=beta-D-glucosyl-hydroxymethyluracil: a novel modified base present in the DNA of the parasitic protozoan T. brucei | revista=Cell |volume=75 |número=6 | páxinas=1129–36 |ano=1993 |pmid=8261512 |doi=10.1016/0092-8674(93)90322-H}}</ref>
