Electroforese en xel bidimensional: Diferenzas entre revisións
Contido eliminado Contido engadido
Sen resumo de edición |
m Arranxos varios, replaced: {{cite book → {{Cita libro, {{cite journal → {{Cita publicación periódica (7) |
||
Liña 1:
[[Ficheiro:Coomassie-2D-Gels.jpg|miniatura|Xeles bidimensionais (tinguidos con Coomassie)]]
[[Ficheiro:Spot cutting and pipetting robot multilanguage.jpg|miniatura|Utilízanse robots para o illamento de puntos con proteínas en xeles 2D nos laboratorios modernos.]]
A '''electroforese en xel bidimensional''', abreviada como '''electroforese 2-D''' ou, en inglés 2-DE, é unha forma de [[electroforese en xel]] utilizada normalmente para analizar proteínas. As mesturas de proteínas son separadas aproveitando dúas das súas propiedades en xeles bidimensionais (2D). Esta técnica foi introducida independentemente por O'Farrell<ref>{{
== Base para a separación ==
Liña 19:
== Detección de proteínas ==
O resultado disto é un xel con proteínas espalladas pola súa superficie. Estas proteínas poden detectarse por diversos medios, pero o que máis se usa é a tinguidura con [[tinguidura de prata|prata]] ou [[Azul Brillante Coomassie]]. No primeiro caso, aplícase o xel un [[coloide]] de prata. A prata únese aos residuos [[cisteína]] da proteína. A prata escurécese ao expoñela a [[luz ultravioleta]]. A cantidade de prata pode relacionarse co escuro que se presente o xel e, por tanto, a cantidade de proteína que hai nunha determinada localización do xel. Esta medida pode dar só cantidades aproximadas, pero é adecuada para a maioría dos propósitos. A tinguidura de prata é 100 veces máis sensible que a de Azul Brillante Coomassie cun rango de linearidade 40 veces maior.<ref>{{
Outras moléculas distintas das proteínas poden tamén separarse por electroforese 2D. En ensaios de [[superenrolamento do ADN|superenrolamento]], o [[ADN]] enrolado é separado na primeira dimensión e desnaturalizado por medio dun intercalador do ADN (como o [[bromuro de etidio]] ou a menos [[carcinóxeno|carcinóxena]] [[cloroquina]]) na segunda dimensión. Isto é comparable á combinación de PAGE nativa/SDS-PAGE na separación de proteínas.
Liña 27:
=== IPG-DALT ===
Unha técnica común é usar un [[gradiente de pH inmobilizado]] (IPG) na primeira dimensión. Esta técnica denomínase '''IPG-DALT'''. A mostra sepárase primeiro no xel de IPG (que se pode obter comercialmente) e despois o xel córtase en láminas para cada mostra, que é despois equilibrada en SDS-mercaptoetanol e aplicada a un xel de [[SDS-PAGE]] para a resolución na segunda dimensión. Tipicamente, a IPG-DALT non se usa para a cuantificación de proteínas debido á perda de compoñentes de baixo peso molecular durante a transferencia ao xel de SDS-PAGE.<ref>{{
=== IEF SDS-PAGE ===
Liña 38:
[[Ficheiro:2D gel images dual channel warped.PNG|miniatura|200px|Imaxes de dous xeles de electroforese 2D. A primeira imaxe está coloreada de laranxa, a segunda en azul. As manchas correspondentes solápanse. As manchas comúns están coloreadas de negro, as manchas laranxas só están presentes (ou son moito máis fortes) na primeira imaxe, as manchas azuis están só presentes (ou son moito máis fortes) na segunda imaxe.]]
En [[proteómica cuantitativa]], estas ferramentas analizan primariamente biomarcadores para cuantificar proteínas individuais e mostran a separación entre unha ou máis "manchas " de proteínas nunha imaxe escaneada dun xel bidimensional. Adicionalmente, estas ferramentas establecen as correspondencias entre manchas de xeles de mostras similares para poñer en evidencia, por exemplo, as diferenzas proteómicas entre os estadios iniciais e avanzados dunha enfermidade. Entre os paquetes de [[software]] están Delta2D, ImageMaster, Melanie, PDQuest, Progenesis e REDFIN, entre outros.<ref>Protocols on line [https://www.protocolsonline.com/protein-science/two-dimensional-gel-electrophoresis/ Two-dimensional gel electrophoresis]</ref> Aínda que esta tecnoloxía se utiliza amplamente, a súa intelixencia non foi perfeccionada. Por exemplo, aínda que PDQuest e Progenesis tenden a concordar na cuantificación e análise de manchas de proteínas ben definidas e ben separadas, dan lugar a diferentes resultados e tendencias de análise cando as manchas son menos definidas e menos separadas.<ref>{{
Os retos aos que se enfronta a análise baseada en software son a presenza de manchas incompletamente separadas (solapantes), é dicir, menos definidas ou separadas, as manchas débiles/ruído (por exemplo, as "manchas fantasma"), as diferenzas á hora de "correr" diferentes xeles (por exemplo, a proteína migra a diferentes posicións en diferentes xeles), as manchas sen correspondencia/indetectadas, que conducen a [[valores perdidos]],<ref>{{
Poden utilizarse listas de ''picking'' xeradas para a [[dixestión en xel]] automatizada de manchas de proteínas e a subseguinte identificación das proteínas por [[espectrometría de masas de proteínas|espectrometría de masas]].
Para un resumo dos enfoques actuais da análise por software de imaxes de electroforese en xel bidimensional ver <ref>{{
== Notas ==
| |||