Secuenciación de escopeta: Diferenzas entre revisións

Aínda que as secuencias completas de cóntigos de BACs non se coñecen, as orientacións relativas entre eles si se saben. Hai varios métodos para deducir esta orde e seleccionar os BACs que constitúen o camiño de baldosas. A estratexia xeral supón identificar as posicións de clons unha en relación doutra e despois seleccionar o menor número de clons necesarios para formar un armazón contiguo que cubra toda a área de interese. A orde dos clons dedúcese determinando o modo no cal se solapan.<ref name="genome map">Dear, P. H. ''Genome Mapping''. Encyclopedia of Life Sciences, 2005. {{doi|10.1038/npg.els.0005353}}.</ref> Os clons que se solapan poden ser identificados de varias maneiras. Pode hibridarse unha pequena sonda etiquetada radioactivamente ou quimicamente que contén un [[sitio etiquetado por secuencia]] (STS ou ''sequence-tagged site'') nunha micromatriz sobre a cal se imprimen os clons.<ref name="genome map" /> Deste modo, identifícanse todos os clons que conteñen un secuencia determinada no xenoma. O extremo dun destes clons pode despois ser secuenciado para render unha nova sonda e o repetirse o proceso nun método chamado [[chromosome walking]].

 

 

Dado que implica que primeiro hai que crear un mapa de baixa resolución do xenoma, a secuenciación de escopeta xerárquica é máis lenta que a secuenciación de escopeta de xenoma completo, pero depende menos fortemente de [[algoritmo]]s de computación que a secuenciación de escopeta de xenoma completo. Porén, o proceso da creación de bibliotecas de BACs amplas e a selección do camiño de baldosas fan que a secuenciación de escopeta xerárquica sexa lenta e requira moito traballo. Agora que se dispón da tecnoloxía, que a fiabilidade dos datos está demostrada,<ref name="venter" /> a velocidade e eficiencia de custo da secuenciación de escopeta de xenoma completo converteuna no método primario para a secuenciación de xenomas.