Diferenzas entre revisións de «Secuenciación de escopeta»

Aínda que as secuencias completas de cóntigos de BACs non se coñecen, as orientacións relativas entre eles si se saben. Hai varios métodos para deducir esta orde e seleccionar os BACs que constitúen o camiño de baldosas. A estratexia xeral supón identificar as posicións de clons unha en relación doutra e despois seleccionar o menor número de clons necesarios para formar un armazón contiguo que cubra toda a área de interese. A orde dos clons dedúcese determinando o modo no cal se solapan.<ref name="genome map">Dear, P. H. ''Genome Mapping''. Encyclopedia of Life Sciences, 2005. {{doi|10.1038/npg.els.0005353}}.</ref> Os clons que se solapan poden ser identificados de varias maneiras. Pode hibridarse unha pequena sonda etiquetada radioactivamente ou quimicamente que contén un [[sitio etiquetado por secuencia]] (STS ou ''sequence-tagged site'') nunha micromatriz sobre a cal se imprimen os clons.<ref name="genome map" /> Deste modo, identifícanse todos os clons que conteñen un secuencia determinada no xenoma. O extremo dun destes clons pode despois ser secuenciado para render unha nova sonda e o repetirse o proceso nun método chamado [[chromosome walking]].
 
Alternativamente, a [[biblioteca de BACs]] pode ser dixerida por [[encima de restrición|restrición]]. Infírese que dous clons que teñen varios tamaños de fragmentos en común se solapan porque conteñen múltiples sitios de restrición espallados regularmente en común.<ref name="genome map" /> Este método de mapado xenómico denomínase pegada dactilar de restrición porque identifica un conxunto de sitios de restrición contidos en cada clon. Unha vez que se atopou o solapamento entre os clons e se coñece a súa orde relativa no xenoma, secuénciase polo mátodométodo da escopeta un armazón dun subconxunto mínimo destes cóntigos[[cóntigo]]s que cobre todo o xenoma.<ref name="textbook" />
 
Dado que implica que primeiro hai que crear un mapa de baixa resolución do xenoma, a secuenciación de escopeta xerárquica é máis lenta que a secuenciación de escopeta de xenoma completo, pero depende menos fortemente de [[algoritmo]]s de computación que a secuenciación de escopeta de xenoma completo. Porén, o proceso da creación de bibliotecas de BACs amplas e a selección do camiño de baldosas fan que a secuenciación de escopeta xerárquica sexa lenta e requira moito traballo. Agora que se dispón da tecnoloxía, que a fiabilidade dos datos está demostrada,<ref name="venter" /> a velocidade e eficiencia de custo da secuenciación de escopeta de xenoma completo converteuna no método primario para a secuenciación de xenomas.
190.249

edicións