Abrir o menú principal

Cambios

[[Ficheiro:Whole genome shotgun sequencing versus Hierarchical shotgun sequencing.png|miniatura|Na secuenciacion de escopeta de xenoma completo (arriba), o xenoma enteiro é roto aleatoriamente en pequenos fragmentos (do tamaño axeitado para a secuenciación) e despois reensamblado. Na secuenciación de escopeta xerárquica (abaixo), o xenoma rómpese primeiro en segmentos máis grandes. Despois de que se deduce a orde destes segmentos, estes son despois rotos en fragmentos de tamaño axeitado para secuenciar.]]
 
Aínda que a secuenciación de escopeta pode en teoría aplicarse a un xenoma de calquera tamaño, a súa aplicación directa á secuenciación de xenomas grandes (por exemplo, o [[xenoma humano]]) estivo limitada ata finais da década de 1990, cando os avances tecnolóxicos fixeron que fose práctico manexar as enormes cantidades de datos complexos implicados no proceso.<ref name="genome sequencing">Dunham, I. ''Genome Sequencing''. Encyclopedia of Life Sciences, 2005. {{doi|10.1038/npg.els.0005378}}</ref> Historicamente, a secuenciación de escopeta de xenoma completo críase que estaba limitada polo tamaño do fragmento dedos grandes xenomas e pola complexidade engadida pola alta porcentaxe de ADN repetitivo (maior do 50% para o xenoma humano) presente en grandes xenomas.<ref name="venter">Venter, J. C. ‘’Shotgunning the Human Genome: A Personal View.’’ Encyclopedia of Life Sciences, 2006.</ref> Non estaba amplamente aceptado que a secuencia de escopeta de xenomas completos proporcionase datos fiables. Por estas razóns, idearonideáronse outras estratexias que rebaixaban a carga computacional de ensamblaxe de secuencias que tiña que ser utilizada antes da secuenciación de escopeta.<ref name="venter" />
Na secuenciación xerárquica, tamén coñecida como secuenciación de arriba a abaixo, faise un [[mapado de xenes|mapa físico]] de baixa resolución do xenoma antes da secuenciación real. A partir deste mapa, selecciónanse para a secuenciación un número mínimo de fragmentos que cobrecobren o [[cromosoma]] enteiro.<ref name="textbook">Gibson, G. and Muse, S. V. ''A Primer of Genome Science''. 3rd ed. P.84</ref> Deste modo, requírese a mínima cantidade de secuenciación de alto rendemento e ensamblae.
 
O xenoma amplificado é primeiramente fragmentado en anacos máis grandes (de 50-200kb) e clonado nun hóspede bacteriano usando [[cromosoma artificial bacteriano|BACs]] ou [[cromosoma artificial derivado de P1|PACs]]. Como se fragmentaron múltiples copias de xenomas de forma aleatoria, os fragmentos contidos neses clons teñen extremos diferentges, e con suficiente cobertura (ver sección máis arriba) atopando un '''armazón''' de [[Cóntigo#Cóntigos de cromosomas artificiais bacterianos|cóntigos de BAC]] que cobre o xenome enteiro é teoricamente posible. Esta armazón denomínase '''camiño de baldosas'''. Unha vez que se encontra un camiño de baldosas, os BACs que forman este camiño son fragmentados ao chou en pequenos fragmentos e pode secuenciarse usando o método de escopeta a escala menor.
174.384

edicións