A secuencia orixinal reconstrúese a partir doas lecturas usando software para a [[ensamblaxe de secuencias]]. Primeiro, as lecturas que se solapan recóllense formando secuencias compostas máis longas denominadas ''[[cóntigos]]'' (''contigs''). Os cóntigos poden ser ligados en ''armazóns'' seguindo as conexións entre os paresapareadospares apareados. A distancia entre cóntigos pode inferirse a partir das posicións dos pares apareados se se coñece cal é a lonxitude do fragmento media da biblioteca e ten unha fiestra estreita de desviación. Dependendo do tamaño do oco entre cóntigos, poden utilizarse diferentes técnicasparatécnicas para encontrar a secuecia que hai nos ocos. Se o oco é pequeno (5-20kb) entón cómpre utilizar a [[reacción en cadea da polimerase|PCR]] para amplificar a rexión, seguidoseguida de secuenciación. Se o oco é grande (>20kb) entón clónase o fragmento grande en vectores especiais como un BAC ([[cromosoma bacteriano artificial]]) e seguidamente secuénciase o vector.
