Revisión como estaba o 12 de febreiro de 2019 ás 21:30 editar Miguelferig (conversa \| contribucións) 241.989 edicións →‎Secuenciación de escopeta xerárquica ← Edición máis vella		Revisión como estaba o 12 de febreiro de 2019 ás 21:41 editar desfacer Miguelferig (conversa \| contribucións) 241.989 edicións →‎Secuenciación de escopeta xerárquica Edición máis nova →
Liña 150: O xenoma amplificado é primeiramente fragmentado en anacos máis grandes (de 50-200kb) e clonado nun hóspede bacteriano usando [[cromosoma artificial bacteriano\|BACs]] ou [[cromosoma artificial derivado de P1\|PACs]]. Como se fragmentaron múltiples copias de xenomas de forma aleatoria, os fragmentos contidos neses clons teñen extremos diferentges, e con suficiente cobertura (ver sección máis arriba) atopando un '''armazón''' de [[Cóntigo#Cóntigos de cromosomas artificiais bacterianos\|cóntigos de BAC]] que cobre o xenome enteiro é teoricamente posible. Esta armazón denomínase '''camiño de baldosas'''. Unha vez que se encontra un camiño de baldosas, os BACs que forman este camiño son fragmentados ao chou en pequenos fragmentos e pode secuenciarse usando o método de escopeta a escala menor. [[Ficheiro:Tiling path.png\|miniatura\|Un cóntigo BAC que cobre a área xenómica enteira de interese constitúe o camiño de baldosas.]] <!--▼ Although the full sequences of the BAC contigs is not known, their orientations relative to one another are known. There are several methods for deducing this order and selecting the BACs that make up a tiling path. The general strategy involves identifying the positions of the clones relative to one another and then selecting the least number of clones required to form a contiguous scaffold that covers the entire area of interest. The order of the clones is deduced by determining the way in which they overlap.<ref name="genome map">Dear, P. H. ''Genome Mapping''. Encyclopedia of Life Sciences, 2005. {{doi\|10.1038/npg.els.0005353}}.</ref> Overlapping clones can be identified in several ways. A small radioactively or chemically labeled probe containing a [[sequence-tagged site]] (STS) can be hybridized onto a microarray upon which the clones are printed.<ref name="genome map" /> In this way, all the clones that contain a particular sequence in the genome are identified. The end of one of these clones can then be sequenced to yield a new probe and the process repeated in a method called chromosome walking. Aínda que as secuencias completas de cóntigos de BACs non se coñecen, as súas orientacións relativas entre eles si se saben. Hai varios métodos para deducir esta orde e seleccionando os BACs que constitúen o camiño de baldosas. A estratexia xeral supón identificar as posicións de clons unha en relación doutra e despois seleccionando o menor número de clons necesarios para formar un armazón contiguo que cubra toda a área de interese. A orde dos clons dedúcese determinando o modo no cal se solapan.<ref name="genome map">Dear, P. H. ''Genome Mapping''. Encyclopedia of Life Sciences, 2005. {{doi\|10.1038/npg.els.0005353}}.</ref> Os clons que se solapan poden ser identificados de varias maneiras. Unha pequena sonda etiquetada radioactivamente ou quimicamente que contén un [[sitio etiquetado por secuencia]] (STS ou ''sequence-tagged site'') poden hibridarse nunha micromatriz sobre o cal se imprimen os clons.<ref name="genome map" /> Deste modo, identifícanse todos os clons que conteñen un secuencia determinada no xenoma. O extremo dun destes clons pode despois ser secuenciado para render unha nova sonda e o proceso repetido nun método chamado [[chromosome walking]]. ▲<!-- Alternatively, the BAC [[BAC library#Genomic libraries\|library]] can be restriction-digested. Two clones that have several fragment sizes in common are inferred to overlap because they contain multiple similarly spaced restriction sites in common.<ref name="genome map" /> This method of genomic mapping is called restriction fingerprinting because it identifies a set of restriction sites contained in each clone. Once the overlap between the clones has been found and their order relative to the genome known, a scaffold of a minimal subset of these contigs that covers the entire genome is shotgun-sequenced.<ref name="textbook" />

Secuenciación de escopeta: Diferenzas entre revisións