Diferenzas entre revisións de «Secuenciación de escopeta»

Aínda que a secuenciación de escopeta pode en teoría aplicarse a unn xenoma de calquera tamaño, a súa aplicación directa á secuenciación de xenomas grandes (por exemplo, o [[xenoma humano]]) estivo limitada ata finais da década de 1990, cando os avances tecnolóxicos fan que sexa práctico manexar enormes cantidades de datos complexos implicados no proceso.<ref name="genome sequencing">Dunham, I. ''Genome Sequencing''. Encyclopedia of Life Sciences, 2005. {{doi|10.1038/npg.els.0005378}}</ref> Historicalmente, a secuenciación de escopeta de xenoma completo críase que estaba limitada polo tamaño do fragmento de grandes xenomas e pola complexidade engadida pola alta porcentaxe de ADN repetitivo (maior do 50% para o xenoma humano) presente en grandes xenomas.<ref name="venter">Venter, J. C. ‘’Shotgunning the Human Genome: A Personal View.’’ Encyclopedia of Life Sciences, 2006.</ref> Non estaba amplamente aceptado que a secuencia de escopeta de xenomas completos proporcionase datos fiables. Por estas razóns, idearon outras estratexias que rebaixaban a carga computacional de ensamblaxe de secuencias que tiña que ser utilizada antes da secuenciación de escopeta.<ref name="venter" />
Na secuenciación xerárquica, tamén coñecida como secuenciación de arriba a abaixo, faise un [[mapado de xenes|mapa físico]] de baixa resolución do xenoma antes da secuenciación real. A partir deste mapa, selecciónanse para a secuenciación un número mínimo de fragmentos que cobre o [[cromosoma]] enteiro.<ref name="textbook">Gibson, G. and Muse, S. V. ''A Primer of Genome Science''. 3rd ed. P.84</ref> Deste modo, requírese a mínima cantidade de secuenciación de alto rendemento e ensamblae.
<!--
The amplified genome is first sheared into larger pieces (50-200kb) and cloned into a bacterial host using [[Bacterial artificial chromosome|BACs]] or [[P1-derived artificial chromosome|PACs]]. Because multiple genome copies have been sheared at random, the fragments contained in these clones have different ends, and with enough coverage (see section above) finding a '''scaffold''' of [[Contig#BAC contigs|BAC contigs]] that covers the entire genome is theoretically possible. This scaffold is called a '''tiling path'''.[[File:Tiling path.png|thumb|A BAC contig that covers the entire genomic area of interest makes up the tiling path.]] Once a tiling path has been found, the BACs that form this path are sheared at random into smaller fragments and can be sequenced using the shotgun method on a smaller scale.
 
O xenoma amplificado é primeiramente fragmentado en anacos máis grandes (de 50-200kb) e clonado nun hóspede bacteriano usando [[cromosoma artificial bacteriano|BACs]] ou [[cromosoma artificial derivado de P1|PACs]]. Como se fragmentaron múltiples copias de xenomas de forma aleatoria, os fragmentos contidos neses clons teñen extremos diferentges, e con suficiente cobertura (ver sección máis arriba) atopando un '''armazón''' de [[Cóntigo#Cóntigos de BAC|cóntigos de BAC]] que cobre o xenome enteiro é teoricamente posible. Esta armazón denomínase '''camiño de baldosas'''. Unha vez que se encontra un camiño de baldosas, os BACs que forman este camiño son fragmentados ao chou en pequenos fragmentos e pode secuenciarse usando o método de escopeta a escala menor.
[[Ficheiro:Tiling path.png|miniatura|Un cóntigo BAC que cobre a área xenómica enteira de interese constitúe o camiño de baldosas.]]
<!--
Although the full sequences of the BAC contigs is not known, their orientations relative to one another are known. There are several methods for deducing this order and selecting the BACs that make up a tiling path. The general strategy involves identifying the positions of the clones relative to one another and then selecting the least number of clones required to form a contiguous scaffold that covers the entire area of interest. The order of the clones is deduced by determining the way in which they overlap.<ref name="genome map">Dear, P. H. ''Genome Mapping''. Encyclopedia of Life Sciences, 2005. {{doi|10.1038/npg.els.0005353}}.</ref> Overlapping clones can be identified in several ways. A small radioactively or chemically labeled probe containing a [[sequence-tagged site]] (STS) can be hybridized onto a microarray upon which the clones are printed.<ref name="genome map" /> In this way, all the clones that contain a particular sequence in the genome are identified. The end of one of these clones can then be sequenced to yield a new probe and the process repeated in a method called chromosome walking.
 
190.249

edicións