Abrir o menú principal

Cambios

 
[[Ficheiro:Whole genome shotgun sequencing versus Hierarchical shotgun sequencing.png|miniatura|Na secuenciacion de escopeta de xenoma completo (arriba), o xenoma enteiro é roto aleatoriamente en pequenos fragmentos (do tamaño axeitado para a secuenciación) e despois reensamblado Na secuenciación de escopeta xerárquica (abaixo), o xenoma rómpese primeiro en segmentos máis grandes. Despois de que se deduce a orde destes segmentos, son despois rotos en fragmentos de tamaño axeitado para secuenciar.]]
<!--
Although shotgun sequencing can in theory be applied to a genome of any size, its direct application to the sequencing of large genomes (for instance, the [[human genome]]) was limited until the late 1990s, when technological advances made practical the handling of the vast quantities of complex data involved in the process.<ref name="genome sequencing">Dunham, I. ''Genome Sequencing''. Encyclopedia of Life Sciences, 2005. {{doi|10.1038/npg.els.0005378}}</ref> Historically, full-genome shotgun sequencing was believed to be limited by both the sheer size of large genomes and by the complexity added by the high percentage of repetitive DNA (greater than 50% for the human genome) present in large genomes.<ref name="venter">Venter, J. C. ‘’Shotgunning the Human Genome: A Personal View.’’ Encyclopedia of Life Sciences, 2006.</ref> It was not widely accepted that a full-genome shotgun sequence of a large genome would provide reliable data. For these reasons, other strategies that lowered the computational load of sequence assembly had to be utilized before shotgun sequencing was performed.<ref name="venter" />
In hierarchical sequencing, also known as top-down sequencing, a low-resolution [[Gene mapping#Physical Mapping|physical map]] of the genome is made prior to actual sequencing. From this map, a minimal number of fragments that cover the entire chromosome are selected for sequencing.<ref name="textbook">Gibson, G. and Muse, S. V. ''A Primer of Genome Science''. 3rd ed. P.84</ref> In this way, the minimum amount of high-throughput sequencing and assembly is required.
 
Aínda que a secuenciación de escopeta pode en teoría aplicarse a unn xenoma de calquera tamaño, a súa aplicación directa á secuenciación de xenomas grandes (por exemplo, o [[xenoma humano]]) estivo limitada ata finais da década de 1990, cando os avances tecnolóxicos fan que sexa práctico manexar enormes cantidades de datos complexos implicados no proceso.<ref name="genome sequencing">Dunham, I. ''Genome Sequencing''. Encyclopedia of Life Sciences, 2005. {{doi|10.1038/npg.els.0005378}}</ref> Historicalmente, a secuenciación de escopeta de xenoma completo críase que estaba limitada polo tamaño do fragmento de grandes xenomas e pola complexidade engadida pola alta porcentaxe de ADN repetitivo (maior do 50% para o xenoma humano) presente en grandes xenomas.<ref name="venter">Venter, J. C. ‘’Shotgunning the Human Genome: A Personal View.’’ Encyclopedia of Life Sciences, 2006.</ref> Non estaba amplamente aceptado que a secuencia de escopeta de xenomas completos proporcionase datos fiables. Por estas razóns, idearon outras estratexias que rebaixaban a carga computacional de ensamblaxe de secuencias que tiña que ser utilizada antes da secuenciación de escopeta.<ref name="venter" />
Na secuenciación xerárquica, tamén coñecida como secuenciación de arriba a abaixo, faise un [[mapado de xenes|mapa físico]] de baixa resolución do xenoma antes da secuenciación real. A partir deste mapa, selecciónanse para a secuenciación un número mínimo de fragmentos que cobre o [[cromosoma]] enteiro.<ref name="textbook">Gibson, G. and Muse, S. V. ''A Primer of Genome Science''. 3rd ed. P.84</ref> Deste modo, requírese a mínima cantidade de secuenciación de alto rendemento e ensamblae.
<!--
The amplified genome is first sheared into larger pieces (50-200kb) and cloned into a bacterial host using [[Bacterial artificial chromosome|BACs]] or [[P1-derived artificial chromosome|PACs]]. Because multiple genome copies have been sheared at random, the fragments contained in these clones have different ends, and with enough coverage (see section above) finding a '''scaffold''' of [[Contig#BAC contigs|BAC contigs]] that covers the entire genome is theoretically possible. This scaffold is called a '''tiling path'''.[[File:Tiling path.png|thumb|A BAC contig that covers the entire genomic area of interest makes up the tiling path.]] Once a tiling path has been found, the BACs that form this path are sheared at random into smaller fragments and can be sequenced using the shotgun method on a smaller scale.
 
Because it involves first creating a low-resolution map of the genome, hierarchical shotgun sequencing is slower than whole-genome shotgun sequencing, but relies less heavily on computer algorithms than whole-genome shotgun sequencing. The process of extensive BAC library creation and tiling path selection, however, make hierarchical shotgun sequencing slow and labor-intensive. Now that the technology is available and the reliability of the data demonstrated,<ref name="venter" /> and the speed and cost efficiency of whole-genome shotgun sequencing has made it the primary method for genome sequencing.
-->
 
== Secuenciación de seguinte xeración ==
A secuenciación de escopeta clásica estaba b aseada no método de secuenciación de Sanger: esta foi a técnica máis avanzada para a secuenciación de xenomas aproximadamente durante o período 1995–2005. A estratexia de escopeta ou ''shotgun'' aínda se aplica hoxe en día; porén, usando outras tecnoloxías de secuenciación, chamadas [[secuenciación do ADN#Métodos de seguinte xeración|secuenciación de seguinte xeración]]. Estas tecnoloxías producen lecturas máis curtas (de aproximadamente 25–500 pares de bases), pero moitos milleiros ou millóns de lecturas nun tempo relativamente curto (da orde dun día).<ref>{{cite journal
174.382

edicións