Secuenciación de escopeta: Diferenzas entre revisións

A [[cobertura (xenética)|cobertura]] (profundidade de lectura ou profundidade) é o número medio delecturas que representan un determinado [[nucleótido]] na secuencias reconstruída. Pode calcularse a partir da lonxitude do xenoma orixinal (''G''), o número delecturas (''N''), e a lonxitude media das lecturas (''L'') como <math>N\times L/G</math>. Por exemplo, un xenoma hipotético de 2.000 pares de bases reconstruído a partir de 8 lecturas cunha lonxitude media de 500 nucleótidos terá unha redundancia de 2x. Este prámetro tamén permite estimar outras cantidades, como a porcentaxe do xenoma cuberto polas lecturas (ás veces tamén chamada cobertura). Unha alta cobertura na secuenciación de escopeta é moi interesante porque pode superar os erros na chamada de bases (ou ''[[base calling]]'', a asignación de nucleobases a picos do cromatograma) e de ensamblaxe. A [[teoría de secuenciación do DN trta das relacións estes estas cantidades.

<!--

 

== Secuenciación de escopeta xerárquica ==

[[File:Whole genome shotgun sequencing versus Hierarchical shotgun sequencing.png|thumb|In whole genome shotgun sequencing (top), the entire genome is sheared randomly into small fragments (appropriately sized for sequencing) and then reassembled. In hierarchical shotgun sequencing (bottom), the genome is first broken into larger segments. After the order of these segments is deduced, they are further sheared into fragments appropriately sized for sequencing.]]