Electroforese en xel bidimensional: Diferenzas entre revisións
Contido eliminado Contido engadido
Liña 39:
[[Ficheiro:2D gel images dual channel warped.PNG|miniatura|200px|Imaxes de dous xeles de electroforese 2D. A primeira imaxe está coloreada de laranxa, a segunda en azul. As manchas correspondentes solápanse despois da deformación. As manchas comúns están coloreadas de negro, as manchas laranxas só están presentes (ou son moito máis fortes) na primeira imaxe, as manchas azuis están só presentes (ou son moito máis fortes) na segunda imaxe.]]
En [[proteómica cuantitativa]], estas ferramentas analizan primariamente biomarcadores para cuenatificar proteínas individuais e mostran a separación entre unha ou máis "manchas " de proteínas nunha imaxe escaneada dun xel bidimensional. Adicionalmente, estas ferramentas establecen as correspondencias ente machas de xeles de mostras similares para mostrar, por exemplo, as diferenzas proteómicas entre os estadios iniciais e avanzados dunha enfermidade. Os paquetes de [[software]] inclúen Delta2D, ImageMaster, Melanie, PDQuest, Progenesis e REDFIN, entre outros.
Os retos aos que se enfronta a análise baseada en software son as manchas incompletamente separadas (solapantes), é dicir, menos definidas ou separadas, as manchas débiles/ruído (por exemplo, as "manchas fantasma"), diferenzas á hora de "correr" diferentes xeles (por exemplo, a proteína migra a diferentes posicións en diferentes xeles), as manchas sen correspondencia/indetectadas, que conducen a [[valores perdidos]],<ref>{{cite journal |vauthors=Pedreschi R, Hertog ML, Carpentier SC, etal |title=Treatment of missing values for multivariate statistical analysis of gel-based proteomics data |journal=Proteomics |volume=8 |issue=7 |pages=1371–83 |date=April 2008 |pmid=18383008 |doi=10.1002/pmic.200700975 }}</ref><ref>[https://web.archive.org/web/20150312131240/http://www.totallab.com/products/samespots/support/faq/missing-values.aspx What are missing values, and why are they a problem?]</ref> manchas sen correspondencia con outras, erros na cuantificación (varias manchas distintas poden detectarse erradamente polo software como unha mancha única ou partes dunha mancha poden ser excluídas da cuantificación), e diferenzas en [[algoritmo]]s de software e, por tanto, nas tendencias de análise.
| |||