Na tempada [[Segunda división B española 2012/13|2012–13]] o club perdurou na Segunda División B tras conseguir o posto 12º na clasificación. Fíxose tamén oficial a renovación por dúas tempadas do adestrador Luisito.
O [[10 de abril]] do [[2014]] o equipo logrou a súa segunda [[Copa Real Federación Española de Fútbol|Copa Federación]] tras impoñerse ao [[CD Guadalajara (España)|Guadalajara]] na dobre final (perdeu 0–1 na ida en Guadalaxara e venceu 2–0 na volta no Estadio do Couto).<ref>{{Cita novas|title=El Ourense conquista la Copa Federación |url=http://www.marca.com/2014/04/10/futbol/mas_futbol/1397161054.html?a=5f362252e02854dd64de4775e73d3a04&t=1397167012 |publisher=''[[Marca (xornal)|Marca]]'' |date=10 de abril de 2014}}</ref> O [[27 de abril]] dimitiu a directiva encabezada por Alejandro Estévez, logo da petición reiterada por parte do plantelequipo e do persoal do club, logo de meses sen cobrar.<ref>[http://www.lavozdegalicia.es/noticia/deportes/2014/04/27/plantel-ourense-exige-escrito-dimision-directiva/0003_2014041398615775444316.htm El plantel del Ourense exige por escrito la dimisión de su directiva]; ''La Voz de Galicia'', 27 de abril de 2014 {{es}}</ref><ref>[http://www.lavozdegalicia.es/noticia/deportes/2014/04/28/directiva-ourense-dimite-tras-presion-socios/0003_201404G28P32992.htm La directiva del Ourense dimite tras la presión de sus socios]; ''La Voz de Galicia'', 28 de abril de 2014 {{es}}</ref> Pese a quedar 8º clasificado no campionato de Segunda División B na tempada [[Segunda división B española 2013/14|2013–14]], o equipo descendeu a [[Terceira división española|Terceira División]] por impagamentos aos seus xogadores.<ref>[http://www.marca.com/2014/06/30/futbol/mas_futbol/1404149915.html Descenso administrativo del Ourense a Tercera]; ''Marca'', 30 de xuño de 2014 {{es}}</ref> O 15 de xullo de 2014 remitiu un escrito á [[Federación Galega de Fútbol]] renunciando á súa praza en Terceira División, abocando á entidade á liquidación.<ref>[http://www.galiciaconfidencial.com/nova/19965.html Fin a 62 anos de historia]</ref>
